| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-15页 |
| ·研究背景 | 第12页 |
| ·研究问题的提出 | 第12-13页 |
| ·研究的意义 | 第13页 |
| ·研究的主要内容 | 第13-14页 |
| ·论文的研究框架 | 第14-15页 |
| 第二章 Tiling Array技术基础知识 | 第15-26页 |
| ·Tiling Array的概念 | 第15页 |
| ·Tiling Array与传统基因芯片的差异 | 第15-16页 |
| ·Tiling Array基因芯片实验流程 | 第16-17页 |
| ·Tiling Array的芯片设计工艺 | 第17-18页 |
| ·Tiling Array的芯片与探针制备工艺 | 第18-19页 |
| ·Tiling Array工作原理 | 第19-21页 |
| ·实验噪声 | 第20页 |
| ·假阳性 | 第20-21页 |
| ·Tiling Array经典信号识别算法 | 第21-25页 |
| ·滑窗算法(sliding window,SW) | 第21-22页 |
| ·亮度分布(signal distribution,SD) | 第22-23页 |
| ·基于HMM的信号识别算法 | 第23-24页 |
| ·三种算法比较及结论 | 第24-25页 |
| ·Tiling Array应用研究 | 第25-26页 |
| 第三章 拟南芥及参考算法简介 | 第26-34页 |
| ·研究拟南芥的原因 | 第26页 |
| ·拟南芥芯片数据标准化技术 | 第26-29页 |
| ·什么是标准化 | 第26-27页 |
| ·基本标准化的方法 | 第27页 |
| ·芯片间的数据标准化(Cross slide normalization) | 第27-28页 |
| ·平行实验数据的标准化 | 第28-29页 |
| ·参考zeller的算法的原因 | 第29-30页 |
| ·标准化与分段算法 | 第30-34页 |
| ·序列分位数标准化(SQN) | 第31-32页 |
| ·分段算法介绍 | 第32-34页 |
| 第四章 拟南芥基因分段的数据准备 | 第34-53页 |
| ·拟南芥基因芯片数据获取 | 第34-35页 |
| ·芯片的结构 | 第34页 |
| ·原始数据的获取 | 第34-35页 |
| ·原始数据的处理 | 第35页 |
| ·原始拟南芥基因数据文件 | 第35-37页 |
| ·CEL文件 | 第36页 |
| ·bpMap文件 | 第36页 |
| ·Gff文件 | 第36-37页 |
| ·rda文件 | 第37页 |
| ·zeller程序中的数据结构 | 第37-39页 |
| ·数据文件 | 第37页 |
| ·程序加载后的数据结构分析 | 第37-39页 |
| ·分析数据对应文件 | 第39-44页 |
| ·frBPprobes(对应探针文件genomic_probes.mat) | 第39-41页 |
| ·TairGff500(对应注释基因信息文件genic_probes_TAIR7.mat) | 第41-42页 |
| ·WT野生型探针文件 | 第42页 |
| ·注释文件数据元素对应表 | 第42-44页 |
| ·数据构造过程与方法 | 第44-49页 |
| ·构造frBPprobes(对应探针文件genomic_probes.mat) | 第44-45页 |
| ·构造TairGff500(对应注释基因信息文件genic_probes_TAIR7.mat) | 第45-48页 |
| ·构造WT(对应T_003_tB_R_A_QN.mat) | 第48-49页 |
| ·基因结构图 | 第49-50页 |
| ·探针标准化程序测试结果对比 | 第50-53页 |
| 第五章 拟南芥Tiling Array分段识别实验 | 第53-64页 |
| ·实验的目标 | 第53-54页 |
| ·实验总体思路 | 第54-55页 |
| ·实验具体设计流程 | 第55-57页 |
| ·操作流程 | 第57-59页 |
| ·数据的转换和构造 | 第57页 |
| ·调用main-train主程序 | 第57页 |
| ·利用程序的结果进行标准化画图 | 第57-58页 |
| ·利用注释信息文件画出分段图 | 第58-59页 |
| ·操作流程图 | 第59页 |
| ·实验结果与分析 | 第59-64页 |
| 第六章 总结与展望 | 第64-65页 |
| ·全文总结 | 第64页 |
| ·后续展望 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-68页 |
| 致谢 | 第68页 |
