| 前言 | 第1-22页 |
| 1 石蒜属植物概况 | 第18-19页 |
| 2 石蒜属植物花型、花色变异特征 | 第19-20页 |
| 3 石蒜属植物资源的开发利用 | 第20页 |
| 4 研究目的及实验流程 | 第20-22页 |
| 第一章 国内外研究进展 | 第22-47页 |
| 1 基因文库 | 第22-26页 |
| 1．1 基因组文库 | 第22页 |
| 1．2 cDNA文库 | 第22-26页 |
| 1．2．1 cDNA文库的载体系统 | 第23-24页 |
| 1．2．2 构建cDNA文库的方法 | 第24页 |
| 1．2．3 cDNA文库的质量 | 第24-25页 |
| 1．2．4 cDNA文库的应用 | 第25-26页 |
| 2 自动DNA测序技术 | 第26-27页 |
| 2．1 自动DNA测序原理(以ABI全自动DNA测序仪3d00型为例) | 第26-27页 |
| 2．2 数据的收集与分析 | 第27页 |
| 3 EST技术及其应用 | 第27-33页 |
| 3．1 EST技术的原理 | 第28页 |
| 3．2 EST技术的形成与发展 | 第28-30页 |
| 3．3 EST技术的应用 | 第30-32页 |
| 3．3．1 构建遗传学图谱 | 第30页 |
| 3．3．2 分离与鉴定新基因 | 第30-31页 |
| 3．3．3 基因差异表达的研究 | 第31页 |
| 3．3．4 比较基因组学研究 | 第31页 |
| 3．3．5 用于制备DNA芯片 | 第31-32页 |
| 3．4 EST研究的主要步骤 | 第32-33页 |
| 3．4．1 cDNA文库的构建 | 第32页 |
| 3．4．2 cDNA文库中阳性克隆的单向测序 | 第32页 |
| 3．4．3 EST数据分析 | 第32-33页 |
| 4 生物信息学在EST研究中的应用 | 第33-38页 |
| 4．1 生物信息学 | 第33页 |
| 4．2 公共数据库 | 第33页 |
| 4．3 生物信息学在EST数据分析中的应用 | 第33-38页 |
| 4．3．1 原始数据的预处理 | 第34页 |
| 4．3．2 EST序列的聚类、拼接及非冗余EST序列的获得 | 第34-35页 |
| 4．3．3 经拼接处理的序列与已有数据库进行序列同源性比较分析 | 第35-37页 |
| 4．3．4 EST序列最高分同源产物的功能分类 | 第37-38页 |
| 5 植物开花相关基因研究 | 第38-42页 |
| 5．1 植物成花机理 | 第38-40页 |
| 5．2 花色调控机理 | 第40-42页 |
| 5．3 花卉EST研究 | 第42页 |
| 6 植物叶发育研究 | 第42-47页 |
| 6．1 植物叶发育调控机理 | 第42-45页 |
| 6．1．1 叶原基的形成 | 第43页 |
| 6．1．2 叶极性的建立 | 第43-44页 |
| 6．1．3 细胞分裂对叶形态建成的影响 | 第44-45页 |
| 6．2 叶发育相关基因研究 | 第45-47页 |
| 第二章 忽地笑野生型和突变型叶片cDNA文库构建与分析 | 第47-66页 |
| 1 实验材料 | 第47-49页 |
| 1．1 植物材料 | 第47页 |
| 1．2 样品采集 | 第47页 |
| 1．3 实验试剂与仪器设备 | 第47-49页 |
| 1．3．1 试剂 | 第47-48页 |
| 1．3．2 仪器设备 | 第48-49页 |
| 2 方法 | 第49-59页 |
| 2．1 忽地笑叶片总RNA提取 | 第49-50页 |
| 2．1．1 实验准备 | 第49页 |
| 2．1．2 总RNA的提取 | 第49-50页 |
| 2．2 mRNA的分离 | 第50页 |
| 2．2．1 冲冼链霉亲和素磁珠 | 第50页 |
| 2．2．2 探针退火 | 第50页 |
| 2．2．3 捕获并清洗已退火的Oligo(dT)-mRNA杂合体 | 第50页 |
| 2．2．4 mRNA的洗脱 | 第50页 |
| 2．3 cDNA文库的构建 | 第50-59页 |
| 2．3．1 cDNA文库的载体系统 | 第50-51页 |
| 2．3．2 第一链cDNA的合成 | 第51页 |
| 2．3．3 第二链cDNA的合成 | 第51页 |
| 2．3．4 cDNA末端的补平 | 第51-52页 |
| 2．3．5 EcoRⅠ接头的连接 | 第52页 |
| 2．3．6 EcoRⅠ末端磷酸化 | 第52页 |
| 2．3．7 用XhoⅠ消化 | 第52-53页 |
| 2．3．8 cDNA大小片段的分级 | 第53页 |
| 2．3．9 大片段cDNA组份的处理 | 第53-54页 |
| 2．3．10 cDNA与ZAP载体的连接 | 第54页 |
| 2．3．11 文库的包装 | 第54-55页 |
| 2．3．12 初级cDNA文库滴度的测定 | 第55-56页 |
| 2．3．13 文库扩增 | 第56页 |
| 2．3．14 扩增文库滴度的测定 | 第56-57页 |
| 2．3．15 从ZAP表达载体上剪切pBK-CMV噬菌粒 | 第57-58页 |
| 2．3．16 文库cDNA片段大小的检测 | 第58-59页 |
| 3 结果与分析 | 第59-64页 |
| 3．1 RNA定量与质量 | 第59-60页 |
| 3．2 mRNA的定量与质量 | 第60页 |
| 3．3 cDNA大小片段的过柱分离 | 第60-61页 |
| 3．4 文库滴度的测定 | 第61-62页 |
| 3．5 cDNA文库的片段大小 | 第62-64页 |
| 3．5．1 小量质粒提取 | 第62页 |
| 3．5．2 利用双酶切检测cDNA片段的大小 | 第62-64页 |
| 4 讨论 | 第64-66页 |
| 4．1 RNA的稳定性 | 第64页 |
| 4．2 cDNA文库质量检测 | 第64-65页 |
| 4．3 cDNA文库用途 | 第65-66页 |
| 第三章 忽地笑野生型和突变型叶片EST序列测定 | 第66-75页 |
| 1 材料与方法 | 第66-71页 |
| 1．1 实验材料 | 第66页 |
| 1．2 实验方法 | 第66-71页 |
| 1．2．1 2×YT(Yeast Typtone)培养基的配制 | 第66-67页 |
| 1．2．2 将pBK-CMV噬菌粒亚克隆于空菌XLOLR | 第67页 |
| 1．2．3 转化菌株的培养 | 第67页 |
| 1．2．4 大规模质粒提取 | 第67-69页 |
| 1．2．5 大规模EST测定 | 第69-71页 |
| 2 结果与分析 | 第71-73页 |
| 2．1 大规模质粒提取 | 第71-72页 |
| 2．2 大规模序列测定 | 第72-73页 |
| 3 讨论 | 第73-75页 |
| 3．1 关于质粒提取 | 第73页 |
| 3．1．1 菌株活力对质粒提取的影响 | 第73页 |
| 3．1．2 质粒DNA的多带现象 | 第73页 |
| 3．2 关于测序 | 第73-75页 |
| 3．2．1 模板用量 | 第73-74页 |
| 3．2．2 引物用量 | 第74页 |
| 3．2．3 染料峰问题 | 第74-75页 |
| 第四章 石蒜属植物表达序列标签(EST)分析 | 第75-93页 |
| 1 实验材料与方法 | 第75-78页 |
| 1．1 分析材料 | 第75页 |
| 1．2 生物信息学分析 | 第75-78页 |
| 1．2．1 序列编辑 | 第75-77页 |
| ·序列格式转化及GenBank数据库提交 | 第77页 |
| 1．2．3 EST序列拼接及归类 | 第77-78页 |
| 1．2．4 EST序列同源性比较及注释结果的功能分类 | 第78页 |
| 2 结果与分析 | 第78-90页 |
| 2．1 有效EST的获得 | 第78-80页 |
| 2．2 序列提交 | 第80-82页 |
| 2．3 片段重叠群分析及基因表达丰度分析 | 第82-83页 |
| 2．4 长筒石蒜花苞EST序列同源性比较分析 | 第83-86页 |
| 2．5 忽地笑叶片野生型和突变型的EST序列同源性比较分析 | 第86-90页 |
| 2．5．1 对已知功能的EST分析 | 第86页 |
| 2．5．2 高丰度表达中已知功能基因分析 | 第86-90页 |
| 3 讨论 | 第90-93页 |
| 3．1 连续重叠群与EST的聚类 | 第90-91页 |
| 3．2 EST与数据库同源性比较 | 第91-93页 |
| 参考文献 | 第93-103页 |
| 图版 | 第103-107页 |
