| 中文摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1 前言 | 第9-18页 |
| 1.1 转录组学 | 第9-11页 |
| 1.1.1 RNA研究 | 第9页 |
| 1.1.2 测序技术与转录组研究 | 第9-10页 |
| 1.1.3 转录组在植物研究中的应用 | 第10-11页 |
| 1.2 种子 | 第11-13页 |
| 1.2.1 种子的重要性 | 第11页 |
| 1.2.2 种子萌发的定义以及一般过程 | 第11-12页 |
| 1.2.3 种子萌发过程的影响因素 | 第12-13页 |
| 1.3 植物耐盐 | 第13-14页 |
| 1.3.1 高盐胁迫对植物的影响 | 第13页 |
| 1.3.2 植物响应盐胁迫 | 第13-14页 |
| 1.4 杨树以及耐盐杨树胡杨和灰杨 | 第14-15页 |
| 1.4.1 杨树的研究和重要地位 | 第14页 |
| 1.4.2 胡杨和灰杨作为木本抗逆研究的模式 | 第14-15页 |
| 1.5 胡杨和灰杨种子的特点以及重要性 | 第15-16页 |
| 1.5.1 种子特点 | 第15-16页 |
| 1.5.2 种子是胡杨和灰杨适应沙漠环境重要的手段 | 第16页 |
| 1.6 研究意义和拟解决的关键科学问题 | 第16-18页 |
| 1.6.1 胡杨和灰杨与盐敏感性杨树盐胁迫下的基因表达差异 | 第16-17页 |
| 1.6.2 胡杨和灰杨种子转录表达谱共同性和差异性的鉴定 | 第17-18页 |
| 2 盐耐受和盐敏感杨树物种的基因表达差异 | 第18-30页 |
| 2.1 材料与方法 | 第18-20页 |
| 2.1.1 植物材料和处理 | 第18页 |
| 2.1.2 RNA提取，cDNA文库构建和测序 | 第18页 |
| 2.1.3 reads过滤和组装 | 第18页 |
| 2.1.4 同源基因的构建 | 第18-19页 |
| 2.1.5 鉴定差异表达基因 | 第19页 |
| 2.1.6 层级聚类 | 第19-20页 |
| 2.1.7 分子进化分析 | 第20页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第20-30页 |
| 2.2.1 Reads的比对 | 第20-21页 |
| 2.2.2 同源基因的鉴定差异表达基因鉴定 | 第21-25页 |
| 2.2.3 差异表达基因的层级聚类 | 第25-28页 |
| 2.2.4 盐耐受杨树和盐敏感杨树对响应盐胁迫的典型基因 | 第28-29页 |
| 2.2.5 盐胁迫响应基因的进化分析 | 第29-30页 |
| 3 胡杨和灰杨盐胁迫种子萌发转录组比较 | 第30-68页 |
| 3.1 研究材料与方法 | 第30-41页 |
| 3.1.1 采样地自然概况 | 第30页 |
| 3.1.2 种子收集与处理 | 第30页 |
| 3.1.3 种子萌发率的测定 | 第30-31页 |
| 3.1.4 盐处理下胡杨和灰杨萌发种子转录组建库，测序和组装 | 第31-33页 |
| 3.1.5 StringTie完成转录本注释以及表达量计算 | 第33-35页 |
| 3.1.6 Ballgown鉴定不同浓度差异表达转录本 | 第35-37页 |
| 3.1.7 用Ballgown鉴定两个物种对盐胁迫响应有差异的基因 | 第37-38页 |
| 3.1.8 转录本功能注释 | 第38-39页 |
| 3.1.9 生物学样本重复性检测 | 第39页 |
| 3.1.10 差异表达基因的共表达分析 | 第39-40页 |
| 3.1.11 差异表达基因的功能富集 | 第40页 |
| 3.1.12 差异表达转录本的层级聚类分析 | 第40-41页 |
| 3.2 结果和讨论 | 第41-68页 |
| 3.2.1 材料的收集以及基本生理数据的测定 | 第41-42页 |
| 3.2.2 转录组材料处理的盐胁迫浓度选取 | 第42-43页 |
| 3.2.3 材料收集及测序 | 第43页 |
| 3.2.4 Reads数据的过滤 | 第43页 |
| 3.2.5 利用Hisat2将Reads比对到基因组 | 第43页 |
| 3.2.6 利用Stringtie做转录本注释 | 第43-44页 |
| 3.2.7 转录本的功能注释 | 第44-45页 |
| 3.2.8 差异表达基因的鉴定 | 第45-48页 |
| 3.2.9 差异表达基因的功能富集 | 第48-68页 |
| 4 主要结论 | 第68-70页 |
| 参考文献 | 第70-75页 |
| 在学期间的研究成果 | 第75-76页 |
| 致谢 | 第76页 |
