| 摘要 | 第10-12页 |
| ABSTRACT | 第12-14页 |
| 重要符号表 | 第15-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-46页 |
| 1.1 研究背景和意义 | 第16-18页 |
| 1.2 国内外研究现状及面临的主要问题 | 第18-39页 |
| 1.2.1 多核集群及其特点 | 第18-20页 |
| 1.2.2 多线程并行离散事件仿真研究现状 | 第20-32页 |
| 1.2.3 随机反应扩散仿真算法及其并行化研究现状 | 第32-34页 |
| 1.2.4 细胞内钙离子动力学简介 | 第34-37页 |
| 1.2.5 面向随机反应扩散系统的多核PDES面临的主要问题 | 第37-39页 |
| 1.3 研究内容和主要创新点 | 第39-43页 |
| 1.3.1 论文主要研究工作 | 第39-40页 |
| 1.3.2 论文主要创新点 | 第40-43页 |
| 1.4 论文组织结构 | 第43-46页 |
| 第二章 面向随机反应扩散系统的多线程PDES体系架构 | 第46-70页 |
| 2.1 引言 | 第46-47页 |
| 2.2 相关研究与局限性 | 第47-51页 |
| 2.3 可扩展可配置的多线程PDES架构SConMA | 第51-59页 |
| 2.3.1 SConMA结构组成 | 第51-53页 |
| 2.3.2 层次化的事件异步排序机制 | 第53-57页 |
| 2.3.3 无锁的事件内存分配机制 | 第57-59页 |
| 2.4 实验结果与分析 | 第59-68页 |
| 2.4.1 实验环境 | 第59页 |
| 2.4.2 实验模型 | 第59-61页 |
| 2.4.3 仿真目标系统 | 第61-62页 |
| 2.4.4 性能分析 | 第62-68页 |
| 2.5 本章小结 | 第68-70页 |
| 第三章 面向随机反应扩散系统的异步GVT算法 | 第70-84页 |
| 3.1 引言 | 第70页 |
| 3.2 相关研究与局限性 | 第70-73页 |
| 3.3 基于大规模多核集群的混合异步GVT算法HAGVT | 第73-78页 |
| 3.3.1 问题分析 | 第73-74页 |
| 3.3.2 算法描述 | 第74-78页 |
| 3.4 正确性证明、复杂性分析和实验验证 | 第78-83页 |
| 3.4.1 正确性证明 | 第78-80页 |
| 3.4.2 复杂性分析 | 第80-81页 |
| 3.4.3 实验验证 | 第81-83页 |
| 3.5 本章小结 | 第83-84页 |
| 第四章 大规模随机反应扩散仿真负载平衡和乐观控制技术 | 第84-104页 |
| 4.1 引言 | 第84-85页 |
| 4.2 相关研究与局限性 | 第85-89页 |
| 4.2.1 负载平衡 | 第85-88页 |
| 4.2.2 乐观控制 | 第88-89页 |
| 4.3 自适应负载平衡与乐观窗口控制算法ALBW | 第89-99页 |
| 4.3.1 问题描述与分析 | 第89-90页 |
| 4.3.2 初始划分 | 第90-91页 |
| 4.3.3 初次运行：基于模拟退火的负载平衡与窗口控制算法 | 第91-95页 |
| 4.3.4 后续多次运行：改进的基于强化学习的负载平衡算法 | 第95-99页 |
| 4.4 实验结果与分析 | 第99-103页 |
| 4.4.1 进程内负载迁移和混合负载迁移 | 第99-101页 |
| 4.4.2 扩展性和敏感性验证 | 第101-103页 |
| 4.5 本章小结 | 第103-104页 |
| 第五章 随机反应扩散仿真消息发送时戳与接收时戳相结合的回滚机制 | 第104-118页 |
| 5.1 引言 | 第104页 |
| 5.2 相关研究与局限性 | 第104-107页 |
| 5.3 消息发送时戳与接收时戳相结合的回滚机制SRTRB | 第107-111页 |
| 5.3.1 问题分析 | 第107-108页 |
| 5.3.2 算法描述 | 第108-111页 |
| 5.4 实验结果与分析 | 第111-116页 |
| 5.4.1 正确性验证 | 第111-113页 |
| 5.4.2 回滚分析 | 第113-116页 |
| 5.4.3 适应性讨论 | 第116页 |
| 5.5 本章小结 | 第116-118页 |
| 第六章 面向随机反应扩散系统的多核并行仿真框架及应用 | 第118-136页 |
| 6.1 引言 | 第118页 |
| 6.2 面向随机反应扩散系统的多核并行仿真框架RD-PDES | 第118-129页 |
| 6.2.1 系统组成和内部交互关系 | 第118-125页 |
| 6.2.2 主要模块实现 | 第125-129页 |
| 6.3 基于RD-PDES的综合测试与应用 | 第129-133页 |
| 6.3.1 实验平台与配置 | 第129页 |
| 6.3.2 基于RD-PDES的大规模强化CICR模型应用效果 | 第129-132页 |
| 6.3.3 基于RD-PDES的双稳态生化系统应用效果 | 第132-133页 |
| 6.4 本章小结 | 第133-136页 |
| 第七章 结束语 | 第136-142页 |
| 7.1 论文工作总结 | 第137-140页 |
| 7.2 进一步工作 | 第140-142页 |
| 致谢 | 第142-144页 |
| 参考文献 | 第144-156页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第156-158页 |
| 附录A 简化CICR模型在一维几何构造上的离子浓度演化 | 第158-160页 |
| 附录B 小鼠海马体C91662神经元及其实验区域三维图像 | 第160-162页 |
| 附录C 子空间长度选择 | 第162-164页 |
| 附录D 对CA1神经元进行划分和命名的代码及结果 | 第164-165页 |
