| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 目录 | 第7-10页 |
| 第1章 引言 | 第10-18页 |
| 1.1 类弹性蛋白多肽 | 第10-13页 |
| 1.1.1 类弹性蛋白多肽简介 | 第10-11页 |
| 1.1.2 类弹性蛋白多肽的应用 | 第11页 |
| 1.1.3 类弹性蛋白多肽的相变机理 | 第11-13页 |
| 1.2 木聚糖酶 | 第13-15页 |
| 1.2.1 木聚糖及木聚糖酶简介 | 第13-14页 |
| 1.2.2 木聚糖酶的应用 | 第14-15页 |
| 1.3 分子动力学模拟 | 第15-16页 |
| 1.3.1 分子动力学模拟简介 | 第15页 |
| 1.3.2 分子动力学模拟的应用 | 第15-16页 |
| 1.4 论文背景与目的 | 第16页 |
| 1.5 研究意义 | 第16页 |
| 1.6 论文创新点 | 第16-18页 |
| 第2章 分子动力学模拟基础 | 第18-26页 |
| 2.1 分子动力学模拟软件 | 第18-19页 |
| 2.2 分子动力学模拟体系设定 | 第19-24页 |
| 2.2.1 分子动力学模拟力场 | 第19-21页 |
| 2.2.2 系综的选择 | 第21-22页 |
| 2.2.3 PME 的选择 | 第22页 |
| 2.2.4 截断距离及过渡函数 | 第22页 |
| 2.2.5 步长的选择 | 第22-23页 |
| 2.2.6 能量最小化 | 第23页 |
| 2.2.7 边界条件的选择 | 第23页 |
| 2.2.8 ELPs 长度的选择 | 第23-24页 |
| 2.3 分子动力学模拟基本步骤 | 第24-26页 |
| 第3章 ELPS20 的分子动力学模拟 | 第26-46页 |
| 3.1 体系选择与参数的确定 | 第26-27页 |
| 3.1.1 温度的选择 | 第26页 |
| 3.1.2 盐溶液体系的选择 | 第26页 |
| 3.1.3 溶液体系晶格的大小选择 | 第26-27页 |
| 3.1.4 模拟时长的选择 | 第27页 |
| 3.1.5 预实验 | 第27页 |
| 3.2 实验方法 | 第27-29页 |
| 3.2.1 初始 PDB 的取得与处理 | 第27-28页 |
| 3.2.2 为大分子添加水环境 | 第28页 |
| 3.2.3 为体系添加溶剂离子 | 第28-29页 |
| 3.2.4 NAMD 配置文件的设定 | 第29页 |
| 3.2.5 使用 NAMD 进行分子动力学模拟 | 第29页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第29-44页 |
| 3.3.1 RMSD 值的分析 | 第29-36页 |
| 3.3.2 末端距值的分析 | 第36-38页 |
| 3.3.3 溶剂可及性表面的分析 | 第38-39页 |
| 3.3.4 ELPs 形成氢键的分析 | 第39-43页 |
| 3.3.5 可视化分析 | 第43-44页 |
| 3.4 小结 | 第44-46页 |
| 第4章 ELPS40 的分子动力学模拟 | 第46-60页 |
| 4.1 体系选择与参数的确定 | 第46页 |
| 4.1.1 温度的选择 | 第46页 |
| 4.1.2 盐溶液体系的选择 | 第46页 |
| 4.2 实验与操作步骤 | 第46-51页 |
| 4.2.1 ELPs40 的构建 | 第46-51页 |
| 4.2.2 ELPs40 的预处理与分子动力学模拟 | 第51页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第51-58页 |
| 4.3.1 RMSD 值的分析 | 第51-53页 |
| 4.3.2 末端距值的分析 | 第53页 |
| 4.3.3 溶剂可及性表面的分析 | 第53-54页 |
| 4.3.4 ELPs 形成氢键的分析 | 第54-56页 |
| 4.3.5 可视化分析 | 第56-58页 |
| 4.4 小结 | 第58-60页 |
| 第5章 ELPS20-木聚糖酶的分子动力学模拟 | 第60-70页 |
| 5.1 材料与方法 | 第60-62页 |
| 5.1.1 模型的简化 | 第60页 |
| 5.1.2 木聚糖酶与 ELPs 的分子对接 | 第60-61页 |
| 5.1.3 木聚糖酶与 ELPs 的分子对接 | 第61-62页 |
| 5.2 分子动力学模拟前的准备 | 第62页 |
| 5.3 结果与分析 | 第62-68页 |
| 5.3.1 RMSD 值的分析 | 第62-64页 |
| 5.3.2 融合酶中 ELPs 的末端距值分析 | 第64-65页 |
| 5.3.3 溶剂可及性表面的分析 | 第65页 |
| 5.3.4 氢键的分析 | 第65-67页 |
| 5.3.5 融合酶模拟结果的可视化分析 | 第67-68页 |
| 5.4 小结 | 第68-70页 |
| 第6章 结论与展望 | 第70-72页 |
| 6.1 结论 | 第70-71页 |
| 6.2 展望 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-78页 |
| 致谢 | 第78-80页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第80页 |