基于新一代测序技术的选择性启动子和双向启动子识别研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-22页 |
| 1.1 课题背景及研究的目的和意义 | 第9-11页 |
| 1.1.1 研究背景 | 第9页 |
| 1.1.2 研究的目的及意义 | 第9-11页 |
| 1.2 国内外该方向的研究现状及分析 | 第11-20页 |
| 1.2.1 选择性启动子的研究现状 | 第11-13页 |
| 1.2.2 双向启动子的研究现状 | 第13-15页 |
| 1.2.3 启动子识别方法的研究现状 | 第15-20页 |
| 1.3 主要研究内容 | 第20页 |
| 1.4 本文的内容安排 | 第20-22页 |
| 第2章 基于新一代测序技术的选择性启动子识别 | 第22-32页 |
| 2.1 引言 | 第22-23页 |
| 2.2 ChIP-seq数据的优势 | 第23-24页 |
| 2.3 选择性启动子的模式学习 | 第24-26页 |
| 2.4 选择性启动子的参数优化 | 第26-28页 |
| 2.5 搜索选择性启动子 | 第28-30页 |
| 2.6 与 MetaProm识别方法的对比 | 第30-31页 |
| 2.7 本章小结 | 第31-32页 |
| 第3章 基于新一代测序技术的双向启动子识别 | 第32-40页 |
| 3.1 引言 | 第32-33页 |
| 3.2 双向启动子的学习模式 | 第33-35页 |
| 3.3 双向启动子的四种模型 | 第35-36页 |
| 3.4 模型选择 | 第36-38页 |
| 3.4.1 模型选择解决的问题 | 第36-37页 |
| 3.4.2 AIC准则与 BIC准则的比较 | 第37-38页 |
| 3.4.3 模型选择识别启动子区域类型 | 第38页 |
| 3.5 本章小结 | 第38-40页 |
| 第4章 实验过程及结果 | 第40-56页 |
| 4.1 引言 | 第40页 |
| 4.2 选择性启动子的识别结果 | 第40-41页 |
| 4.3 模拟数据的生成 | 第41-43页 |
| 4.4 模型选择结果举例 | 第43-46页 |
| 4.5 识别准确率与距离的关系 | 第46-50页 |
| 4.6 识别准确率与基因表达量的关系 | 第50-51页 |
| 4.7 判别不准确的其他原因分析 | 第51-53页 |
| 4.7.1. 模拟双峰被判别成单峰 | 第51页 |
| 4.7.2 模拟单峰被判别成双峰 | 第51-53页 |
| 4.8 Hela 细胞中识别的结果 | 第53-54页 |
| 4.9 本章小结 | 第54-56页 |
| 结论 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-63页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文及其它成果 | 第63-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
