| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 前言 | 第11-15页 |
| 1. 立项依据 | 第11-12页 |
| 2. 研究路线、内容及意义 | 第12-15页 |
| 第一章 材料和方法 | 第15-58页 |
| 1.1 材料 | 第15-19页 |
| 1.1.1 菌株 | 第15页 |
| 1.1.2 质粒和载体 | 第15页 |
| 1.1.3 引物 | 第15页 |
| 1.1.4 酶、抗生素、化学试剂和试剂盒 | 第15-16页 |
| 1.1.5 培养基和缓冲液 | 第16页 |
| 1.1.6 实验所用部分仪器 | 第16-19页 |
| 1.2 方法 | 第19-58页 |
| 1.2.1 菌株的鉴定、培养及命名 | 第19页 |
| 1.2.2 全基因组结构研究方法和策略 | 第19-27页 |
| 1.2.3 菌株的发酵及产物检测 | 第27-30页 |
| 1.2.4 发酵产物抗真菌活性检测 | 第30-31页 |
| 1.2.5 大肠杆菌与链霉菌的分子生物学和遗传学操作 | 第31-41页 |
| 1.2.6 金黄色链霉菌突变株构建 | 第41-47页 |
| 1.2.7 突变株互补质粒构建 | 第47-48页 |
| 1.2.8 RT-PCR检测基因的表达 | 第48-50页 |
| 1.2.9 血红蛋白基因在金黄色链霉菌中的整合表达 | 第50页 |
| 1.2.10 金黄色链霉菌调控蛋白表达纯化 | 第50-54页 |
| 1.2.11 凝胶阻滞 | 第54-58页 |
| 第二章 结果和讨论 | 第58-162页 |
| 2.1 S.auratus AGR0001基因组测序及生物信息学分析 | 第58-88页 |
| 2.1.1 金黄色链霉菌的重鉴定和命名 | 第59-60页 |
| 2.1.2 基因组DNA的提取 | 第60-61页 |
| 2.1.3 全基因组测序、组装结果 | 第61-64页 |
| 2.1.4 基因预测、功能注释及功能分类 | 第64-66页 |
| 2.1.5 差异基因与代谢通路差异分析 | 第66-69页 |
| 2.1.6 基因组全部信息作图(环形图) | 第69-70页 |
| 2.1.7 基因组序列提交 | 第70页 |
| 2.1.8 金黄色链霉菌的初级代谢 | 第70-74页 |
| 2.1.9 S.auratus AGR0001的次级代谢 | 第74-85页 |
| 2.1.10 非编码RNA查找 | 第85-88页 |
| 2.2 磷氮霉素生物合成基因簇的查找和分析 | 第88-111页 |
| 2.2.1 磷氮霉素生物合成基因簇的查找和定位 | 第88-91页 |
| 2.2.2 磷氮霉素生物合成基因簇的修正 | 第91-93页 |
| 2.2.3 磷氮霉素生物合成基因簇的注释及比较 | 第93-108页 |
| 2.2.4 PKS模块功能分析及磷氮霉素生物合成路线图 | 第108-111页 |
| 2.3 金黄色链霉菌遗传操作体系的建立 | 第111-144页 |
| 2.3.1 金黄色链霉菌产孢培养基筛选 | 第111-113页 |
| 2.3.2 金黄色链霉菌抗生素敏感性测定 | 第113-115页 |
| 2.3.3 外源DNA导入金黄色链霉菌 | 第115-117页 |
| 2.3.4 磷氮霉素生物合成相关基因的敲除 | 第117-135页 |
| 2.3.5 金黄色链霉菌基因敲除突变株的互补 | 第135-138页 |
| 2.3.6 突变株的生物活性检测 | 第138-139页 |
| 2.3.7 RT-PCR分析调控蛋白Orf5和NsdA调控的靶基因 | 第139-144页 |
| 2.4 血红蛋白vhb基因在S.auratus AGR0001中的整合表达 | 第144-148页 |
| 2.4.1 vhb基因质粒载体构建及转化 | 第144-145页 |
| 2.4.2 构建含有血红蛋白vhb基因的S.auratus AGR0001 | 第145-148页 |
| 2.5 磷氮霉素生物合成调控蛋白的研究 | 第148-159页 |
| 2.5.1 表达质粒的构建及筛选 | 第148-152页 |
| 2.5.2 调控蛋白的表达及纯化 | 第152-153页 |
| 2.5.3 蛋白Orf1、Orf4和Orf5调控的靶目标分析 | 第153-159页 |
| 2.6 总结与展望 | 第159-162页 |
| 2.6.1 本论文工作总结 | 第159-161页 |
| 2.6.2 后续工作展望 | 第161-162页 |
| 第三章 文献综述 | 第162-202页 |
| 3.1 引言 | 第162-163页 |
| 3.2 新资源、新技术在抗生素新药开发中的应用 | 第163-171页 |
| 3.2.1 未培养微生物是开发新药的新资源 | 第165-166页 |
| 3.2.2 新生境是新药的另一大宝库 | 第166页 |
| 3.2.3 新筛选模型与抗生素的开发 | 第166-167页 |
| 3.2.4 组学技术与新药开发 | 第167页 |
| 3.2.5 生物合成学、组合生物合成学在新药开发中的应用 | 第167-171页 |
| 3.3 链霉菌聚酮类抗生素的生物合成 | 第171-179页 |
| 3.3.1 Ⅰ型PKS聚酮的生物合成 | 第173-177页 |
| 3.3.2 Ⅱ型聚酮的生物合成 | 第177-178页 |
| 3.3.3 Ⅲ型聚酮的生物合成 | 第178-179页 |
| 3.4 链霉菌抗生素生物合成的调控机制研究 | 第179-190页 |
| 3.4.1 途径专一性调控因子对链霉菌次级代谢产物的调控 | 第180-183页 |
| 3.4.2 全局性调控因子对抗生素生物合成的调控 | 第183-190页 |
| 3.5 CRISPR-Cas9技术在链霉菌遗传操作中的应用 | 第190-192页 |
| 3.6 磷氮霉素的研究进展 | 第192-202页 |
| 附录 | 第202-236页 |
| 附录1 本论文所用菌株 | 第202-206页 |
| 附录2 本论文所用质粒和载体 | 第206页 |
| 附录3 本论文所用引物 | 第206-230页 |
| 附录4 本论文所用培养基和缓冲液 | 第230-236页 |
| 参考文献 | 第236-253页 |
| 攻读博士学位期间完成的科研成果 | 第253-254页 |
| 致谢 | 第254页 |
