| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 研究背景与文献综述 | 第12-30页 |
| 1.1 多尺度模型 | 第12-15页 |
| 1.2 计算溶剂化自由能的意义 | 第15-18页 |
| 1.2.1 配分系数 | 第15-17页 |
| 1.2.2 解离常数 | 第17-18页 |
| 1.2.3 检测模型 | 第18页 |
| 1.3 溶剂化自由能计算方法 | 第18-19页 |
| 1.4 选题意义及本论文工作 | 第19-21页 |
| 1.4.1 选题意义 | 第19-20页 |
| 1.4.2 本论文工作 | 第20-21页 |
| 参考文献 | 第21-30页 |
| 第二章 溶剂化自由能计算方法与分子动力学模拟 | 第30-50页 |
| 2.1 引言 | 第30-31页 |
| 2.2 隐式溶剂模型 | 第31-33页 |
| 2.2.1 Poisson-Boltzman (PB)方程 | 第32-33页 |
| 2.2.2 Generalized Born (GB)方程 | 第33页 |
| 2.2.3 非极性作用 | 第33页 |
| 2.3 显式溶剂模型 | 第33-36页 |
| 2.3.1 自由能微扰(FEP) | 第34-35页 |
| 2.3.2 热力学积分(TI) | 第35页 |
| 2.3.3 Bennett acceptance ratio (BAR) | 第35页 |
| 2.3.4 Soft-core potential | 第35-36页 |
| 2.4 分子动力学模拟方法 | 第36-43页 |
| 2.4.1 分子力场 | 第36-38页 |
| 2.4.2 分子动力学基本原理 | 第38-39页 |
| 2.4.3 运动方程求解 | 第39-40页 |
| 2.4.4 周期性边界条件 | 第40-41页 |
| 2.4.5 统计系综 | 第41-43页 |
| 参考文献 | 第43-50页 |
| 第三章 GAFF预测有机溶剂溶剂化自由能 | 第50-78页 |
| 3.1 引言 | 第50-51页 |
| 3.2 计算方法 | 第51-57页 |
| 3.2.1 理论基础 | 第51-52页 |
| 3.2.2 TI模拟设置 | 第52-55页 |
| 3.2.3 COSMO-RS计算 | 第55-56页 |
| 3.2.4 系统误差分析 | 第56-57页 |
| 3.3 结果 | 第57-66页 |
| 3.3.1 整体相关性与统计分析 | 第57-62页 |
| 3.3.2 TI中的异常值 | 第62-65页 |
| 3.3.3 QSPR | 第65页 |
| 3.3.4 COSMO-RS | 第65-66页 |
| 3.4 讨论 | 第66-68页 |
| 3.5 小结 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-78页 |
| 第四章 隐式溶剂模型计算溶剂化自由能及与显式溶剂模型的对比研究 | 第78-111页 |
| 4.1 引言 | 第78-81页 |
| 4.2 计算方法 | 第81-84页 |
| 4.2.1 体系设置 | 第81-82页 |
| 4.2.2 PB与GB计算的构像取样 | 第82页 |
| 4.2.3 计算自由能差 | 第82-84页 |
| 4.2.4 统计分析 | 第84页 |
| 4.3 结果 | 第84-98页 |
| 4.3.1 整体相关性 | 第84-87页 |
| 4.3.2 评估△G_(polar) | 第87-94页 |
| 4.3.3 评估△G_(apolar) | 第94-98页 |
| 4.4 讨论 | 第98-100页 |
| 4.5 小结 | 第100-101页 |
| 参考文献 | 第101-111页 |
| 第五章 环境污染物的溶剂化自由能计算 | 第111-127页 |
| 5.1 引言 | 第111-114页 |
| 5.2 体系设置 | 第114-115页 |
| 5.3 计算方法 | 第115-116页 |
| 5.3.1 TI/BAR计算 | 第115-116页 |
| 5.3.2 PB计算 | 第116页 |
| 5.4 TI与BAR计算结果对比 | 第116-118页 |
| 5.5 PB与TI计算结果对比 | 第118-121页 |
| 5.5.1 PB与TI计算△G_(polar)结果对比 | 第120-121页 |
| 5.5.2 PB与TI计算△G_(apolar)结果对比 | 第121页 |
| 5.6 小结 | 第121-122页 |
| 参考文献 | 第122-127页 |
| 第六章 总结与展望 | 第127-129页 |
| 6.1 工作小结 | 第127-128页 |
| 6.2 展望 | 第128-129页 |
| 致谢 | 第129-131页 |
| 博士期间的学术研究成果 | 第131页 |
