| 中文摘要 | 第10-13页 |
| Abstract | 第13-15页 |
| 1 前言 | 第16-35页 |
| 1.1 真菌在昆虫中的研究概况 | 第16-21页 |
| 1.2 研究昆虫体内真菌菌群所采用的方法、技术 | 第21-27页 |
| 1.2.1 真菌DNA提取的方法 | 第21页 |
| 1.2.2 真菌物种鉴定所使用的保守基因 | 第21-23页 |
| 1.2.3 真菌菌群检测方法 | 第23-27页 |
| 1.2.3.1 纯培养法研究真菌菌群 | 第23页 |
| 1.2.3.2 现代分子生物学方法研究真菌菌群 | 第23-27页 |
| 1.3 榕树-榕小蜂体系 | 第27-30页 |
| 1.4 榕树-榕小蜂真菌研究概况 | 第30-33页 |
| 1.4.1 榕果内生真菌研究概况 | 第30-32页 |
| 1.4.2 榕小蜂体内真菌研究概况 | 第32-33页 |
| 1.4.3 传粉榕小蜂C.solmsi基因组和转录组数据 | 第33页 |
| 1.5 立题依据 | 第33-35页 |
| 2 材料与方法 | 第35-44页 |
| 2.1 传粉榕小蜂Ceratosolen solmsi基因组、转录组中非宿主序列 | 第35-36页 |
| 2.1.1 传粉榕小蜂C. solmsi材料的处理 | 第35-36页 |
| 2.1.2 获取非宿主序列 | 第36页 |
| 2.2 参考数据库选取及相关信息 | 第36-38页 |
| 2.3 数据分析流程 | 第38-44页 |
| 2.3.1 基因组非宿主数据与ITS、LSU、真菌全基因组参考数据库进行比对分析 | 第38-40页 |
| 2.3.1.1 最优参数的确定 | 第39页 |
| 2.3.1.2 最优参考数据库的确定 | 第39-40页 |
| 2.3.1.3 非宿主序列与已公布的真菌基因组进行比对分析 | 第40页 |
| 2.3.1.4 非宿主序列与已公布的榕果-榕小蜂体内的真菌序列比对分析 | 第40页 |
| 2.3.2 转录组非宿主序列与真菌ITS、全基因组和mRNA参考数据库进行比对分析 | 第40-44页 |
| 2.3.2.1 最优参数的选取 | 第41-42页 |
| 2.3.2.2 最优参考数据库的选取 | 第42页 |
| 2.3.2.3 构建统一的分析标准 | 第42页 |
| 2.3.2.4 分析处于不同发育阶段的榕小蜂体内真菌多样性 | 第42页 |
| 2.3.2.5 分析榕小蜂体内真菌菌群的动态变化情况 | 第42-43页 |
| 2.3.2.6 榕小蜂体内真菌功能与小蜂的相关性 | 第43-44页 |
| 3 结果与分析 | 第44-67页 |
| 3.1 基因组非宿主序列中真菌信息分析 | 第44-54页 |
| 3.1.1 选取最优参数 | 第44-47页 |
| 3.1.2 最优参考数据库的选取 | 第47-48页 |
| 3.1.3 NHRG-CS所揭示的宿主中真菌多样性 | 第48-51页 |
| 3.1.4 NHRG-CS与已知真菌基因组数据进行比对分析 | 第51-52页 |
| 3.1.5 比较分析NHRG-CS、已公布的榕果-榕小蜂体内的真菌菌群 | 第52-54页 |
| 3.2 宿主转录组的非宿主序列所包含的真菌信息 | 第54-67页 |
| 3.2.1 转录组的非宿主序列信息 | 第54页 |
| 3.2.2 最适参考数据库的选取 | 第54-57页 |
| 3.2.3 最优参数的设置 | 第57-60页 |
| 3.2.4 榕小蜂C. solmsi不同发育阶段中的真菌菌群结构 | 第60-61页 |
| 3.2.5 榕小蜂C. solmsi体内真菌菌群动态变化情况 | 第61-64页 |
| 3.2.6 真菌功能与榕小蜂C. solmsi的相关性 | 第64-67页 |
| 4 讨论 | 第67-76页 |
| 4.1 基因组非宿主序列中真菌菌群研究 | 第67-72页 |
| 4.1.1 首次检测NHRG-CS中存在的真菌信息 | 第67-68页 |
| 4.1.2 NHRG-CS中存在的真菌序列数量 | 第68-69页 |
| 4.1.3 NHRG-CS中真菌多样性 | 第69页 |
| 4.1.4 真菌功能与榕小蜂之间的相关性 | 第69-70页 |
| 4.1.5 该方法的准确性 | 第70-72页 |
| 4.2 转录组非宿主序列中真菌菌群研究 | 第72-76页 |
| 4.2.1 应用NHRT-CS研究宿主中真菌菌群的可行性 | 第72-73页 |
| 4.2.2 ITS参考数据库分析NHRT-CS中真菌多样性时方法的优势 | 第73-74页 |
| 4.2.3 不同发育阶段中真菌序列的数量及菌群 | 第74页 |
| 4.2.4 不同发育阶段中真菌菌群动态变化情况 | 第74-75页 |
| 4.2.5 性别对真菌菌群的影响 | 第75-76页 |
| 5 结论 | 第76-78页 |
| 5.1 宿主基因组的非宿主序列研究真菌多样性 | 第76-77页 |
| 5.2 宿主转录组的非宿主序列研究真菌多样性 | 第77-78页 |
| 6 参考文献 | 第78-87页 |
| 7 附录 | 第87-123页 |
| 附录一 成虫-雄性的基因组的非宿主序列能够匹配到真菌的序列(部分) | 第87-100页 |
| 附录二 雄虫转录组非宿主序列所对应的真菌分类情况(部分) | 第100-109页 |
| 附录三 雌虫转录组非宿主序列所对应的真菌分类情况(部分) | 第109-118页 |
| 附录四 转录组非宿主序列与三个参考数据库进行比对后结果 | 第118-119页 |
| 附录五 基因组和转录组非宿主序列：一条序列仅匹配一个真菌分类信息 | 第119-120页 |
| 附录六 在所有发育阶段中存在的top 11真菌属的信息 | 第120-121页 |
| 附录七 转录组非宿主序列的八个样品中所包含的真菌属信息 | 第121-123页 |
| 8 致谢 | 第123-125页 |
| 9 攻读学位期间发表论文情况 | 第125页 |
