| 中文摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 英文缩写词表 | 第9-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-20页 |
| 1 手足口病及其相关病原体的概述 | 第13-15页 |
| 1.1 手足口病的概述 | 第13-14页 |
| 1.2 手足口病病原体特征 | 第14-15页 |
| 2 柯萨奇病毒A16(CVA16)的病原学基础 | 第15-17页 |
| 2.1 CVA16的基因组学特征 | 第15-16页 |
| 2.2 CVA16的生物学特性 | 第16页 |
| 2.3 CVA16的流行状况 | 第16-17页 |
| 3 生物信息学及分子进化研究 | 第17-20页 |
| 3.1 生物信息学简述 | 第17页 |
| 3.2 系统发育分析 | 第17-20页 |
| 第二章 病毒培养与鉴定 | 第20-30页 |
| 1 实验材料 | 第20-21页 |
| 1.1 细胞株与病毒株 | 第20页 |
| 1.2 主要试剂 | 第20-21页 |
| 1.3 主要仪器设备 | 第21页 |
| 2 实验方法 | 第21-26页 |
| 2.1 临床病毒标本收集 | 第21页 |
| 2.2 病毒的分离、鉴定 | 第21-23页 |
| 2.3 病毒的PCR扩增 | 第23-25页 |
| 2.4 PCR产物回收纯化及测序 | 第25-26页 |
| 3 结果 | 第26-30页 |
| 3.1 接种病毒后的细胞病变结果 | 第26-27页 |
| 3.2 CVA16 PCR扩增结果 | 第27-28页 |
| 3.3 CVA16 VP1基因的测序分析 | 第28-30页 |
| 第三章 病毒的分子进化研究 | 第30-45页 |
| 1 实验材料 | 第30页 |
| 2 实验方法 | 第30-33页 |
| 2.1 病毒序列的收集、整理 | 第30-31页 |
| 2.2 序列数据集预处理 | 第31-32页 |
| 2.3 应用BEAST方法对CVA16 VP1基因进行进化分析 | 第32-33页 |
| 3 结果 | 第33-45页 |
| 3.1 病毒序列的收集、整理结果 | 第33-34页 |
| 3.2 CVA16数据预处理结果 | 第34-35页 |
| 3.3 全球CVA16 VP1基因构建的最大分支可信树（MCC） | 第35-38页 |
| 3.4 对日本、马来西亚和中国的CVA16基因型分布的进一步分析 | 第38-41页 |
| 3.5 Bayesian skyline plot动态分析CVA16 VP1基因的进化特征 | 第41-43页 |
| 3.6 CVA16 VP1基因的进化率和密码子突变率 | 第43-45页 |
| 第四章 讨论 | 第45-49页 |
| 第五章 结论 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-56页 |
| 作者简介 | 第56-57页 |
| 致谢 | 第57页 |
