| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 英文缩略表 | 第8-13页 |
| 第1章 综述 | 第13-25页 |
| 1.1 AM真菌概述 | 第13页 |
| 1.2 菌根的历史(1809-现在) | 第13-15页 |
| 1.3 AM真菌分类和生态学功能 | 第15-17页 |
| 1.3.1 AM真菌分类系统 | 第15-16页 |
| 1.3.2 AM真菌生态学功能 | 第16-17页 |
| 1.4 AM真菌研究方法 | 第17-21页 |
| 1.4.1 形态学方法 | 第17-18页 |
| 1.4.2 分子生物学方法 | 第18-19页 |
| 1.4.3 DGGE方法 | 第19-20页 |
| 1.4.4 高通量测序方法 | 第20-21页 |
| 1.5 研究样地及植物概况 | 第21-23页 |
| 1.6 立题背景及研究意义 | 第23-24页 |
| 1.7 技术路线 | 第24-25页 |
| 第2章 DGGE技术分析羊柴AM真菌群落结构和物种多样性 | 第25-43页 |
| 2.1 材料与方法 | 第25-29页 |
| 2.1.1 样品采集和预处理 | 第25页 |
| 2.1.2 土壤理化性质测定 | 第25页 |
| 2.1.3 土壤总DNA提取 | 第25页 |
| 2.1.4 Nested PCR扩增及产物检测和回收 | 第25-26页 |
| 2.1.5 DGGE分析 | 第26-27页 |
| 2.1.5.1 银染 | 第26-27页 |
| 2.1.6 凝胶成像及条带回收检测 | 第27页 |
| 2.1.7 DGGE凝胶图像分析 | 第27-28页 |
| 2.1.8 感受态细胞制备 | 第28页 |
| 2.1.9 目的片段连接与转化 | 第28-29页 |
| 2.1.10 菌液检测和测序 | 第29页 |
| 2.2 结果与分析 | 第29-40页 |
| 2.2.1 土壤总DNA提取与PCR产物检测 | 第29-30页 |
| 2.2.2 DGGE指纹图谱建立及分析 | 第30-31页 |
| 2.2.3 AM真菌聚类分析 | 第31-33页 |
| 2.2.4 DGGE条带测序及系统发育分析 | 第33-36页 |
| 2.2.5 DGGE图谱条带的优势度 | 第36-38页 |
| 2.2.6 DGGE图谱的丰度与多样性指数 | 第38-39页 |
| 2.2.7 AM真菌群落多样性与土壤因子的关系 | 第39-40页 |
| 2.3 讨论 | 第40-43页 |
| 2.3.1 AM真菌遗传多样性 | 第40-41页 |
| 2.3.2 引物对AM真菌群落分析的影响 | 第41页 |
| 2.3.3 不同样地群落结构差异 | 第41-43页 |
| 第3章 高通量测序分析AM真菌群落组成和物种多样性 | 第43-71页 |
| 3.1 材料与方法 | 第43-47页 |
| 3.1.1 样品采集和预处理 | 第43页 |
| 3.1.2 土壤理化性质测定 | 第43页 |
| 3.1.3 土壤基因组DNA的提取和PCR扩增 | 第43-44页 |
| 3.1.4 PCR产物的混样和纯化 | 第44页 |
| 3.1.5 文库构建和上机测序 | 第44页 |
| 3.1.6 高通量测序信息分析 | 第44-47页 |
| 3.1.6.1 测序数据处理 | 第44页 |
| 3.1.6.2 OTU聚类和物种注释 | 第44-45页 |
| 3.1.6.3 样品复杂度分析(Alpha Diversity) | 第45-46页 |
| 3.1.6.4 多样品比较分析(Beta Diversity) | 第46页 |
| 3.1.6.5 群落结构差异分析(Statistics) | 第46-47页 |
| 3.2 结果与分析 | 第47-66页 |
| 3.2.1 土壤因子 | 第47页 |
| 3.2.2 Illumina HiSeq2500测序平台测序结果 | 第47-48页 |
| 3.2.3 OTU分析和物种注释 | 第48-53页 |
| 3.2.3.1 OTU聚类及物种注释概况 | 第48-49页 |
| 3.2.3.2 基于OTU的Venn图 | 第49-51页 |
| 3.2.3.3 OTU的分类注释 | 第51-53页 |
| 3.2.4 AM真菌多样性 | 第53-57页 |
| 3.2.5 AM真菌群落结构组成 | 第57-65页 |
| 3.2.6 AM真菌群落结构组成与土壤因子的关系 | 第65-66页 |
| 3.3 讨论 | 第66-69页 |
| 3.3.1 Illumina HiSeq 2500 扩增子测序平台 | 第66-67页 |
| 3.3.2 采样点对AM真菌多样性的影响 | 第67-68页 |
| 3.3.3 土壤因子对AM真菌群落结构的影响 | 第68-69页 |
| 3.4 AM真菌群落结构分析方法技术评价 | 第69-71页 |
| 第4章 结论与展望 | 第71-73页 |
| 4.1 研究特色及创新点 | 第71页 |
| 4.2 结论 | 第71页 |
| 4.3 展望 | 第71-73页 |
| 参考文献 | 第73-85页 |
| 致谢 | 第85-87页 |
| 攻读学位期间取得的科研成果 | 第87页 |
