| 缩略词表 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 第一章前言 | 第12-20页 |
| ·前言 | 第12页 |
| ·病毒编码的miRNA 及其功能 | 第12-15页 |
| ·病毒编码以自身基因为靶标的miRNA | 第12-14页 |
| ·病毒编码以人的基因为靶标的miRNA | 第14-15页 |
| ·与病毒生命活动相关的人编码的miRNA | 第15-17页 |
| ·人编码靶向病毒基因的miRNA | 第15页 |
| ·人编码靶向自身基因并影响病毒感染的miRNA | 第15-16页 |
| ·miRNA/siRNA 参与抗病毒的RNAi | 第16页 |
| ·IFN 相关的涉及miRNA 的抗病毒作用 | 第16-17页 |
| ·miRNA 介导的病毒-人相互作用模式的系统生物学解决方案 | 第17页 |
| 参考文献 | 第17-20页 |
| 第二章 基于人类PIN 的疱疹病毒miRNA 调控模式分析 | 第20-31页 |
| ·前言 | 第20-21页 |
| ·材料与方法 | 第21-23页 |
| ·miRNA 的来源 | 第21页 |
| ·miRNA 靶标预测 | 第21页 |
| ·PPI 数据 | 第21页 |
| ·拓扑参数的定义和计算 | 第21-22页 |
| ·随机测试 | 第22页 |
| ·置换检验 | 第22页 |
| ·PIN 的k-core 分析 | 第22页 |
| ·GO 富集分析 | 第22-23页 |
| ·结果 | 第23-27页 |
| ·疱疹病毒miRNA 倾向于靶向中心节点和桥节点 | 第23-24页 |
| ·共同靶标与特异靶标的比较 | 第24-25页 |
| ·疱疹病毒miRNA 共同靶标的拓扑分析 | 第25-27页 |
| ·讨论 | 第27-28页 |
| ·结论 | 第28-29页 |
| 参考文献 | 第29-31页 |
| 第三章病毒宿主因子与宿主miRNA 共调控模式分析 | 第31-50页 |
| ·前言 | 第31-32页 |
| ·材料与方法 | 第32-33页 |
| ·人类PPI 数据集 | 第32页 |
| ·病毒-宿主PPI 数据集 | 第32页 |
| ·已验证的miRNA-靶标数据集 | 第32-33页 |
| ·GO 语义相似性的计算 | 第33页 |
| ·拓扑参数的计算 | 第33页 |
| ·随机测试 | 第33页 |
| ·k-core 与ER（Excess Retention）分析 | 第33页 |
| ·结果 | 第33-45页 |
| ·病毒-宿主PPI 数据的基本分析 | 第33-34页 |
| ·病毒关系网络的构建及分析 | 第34-36页 |
| ·miRNA 关系网络的构建与分析 | 第36-37页 |
| ·病毒宿主因子与miRNA 靶标的重叠分析 | 第37-38页 |
| ·病毒与宿主miRNA 重叠靶标的拓扑性质及GO 分析 | 第38-40页 |
| ·病毒-宿主miRNA 功能关系对的预测 | 第40-45页 |
| ·讨论 | 第45-46页 |
| ·结论 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-50页 |
| 第四章 结束语 | 第50-52页 |
| ·全文总结 | 第50页 |
| ·研究课题展望 | 第50-52页 |
| 综述 | 第52-57页 |
| 个人简历 | 第57-58页 |
| 致谢 | 第58页 |
