| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第一章 综述 | 第10-16页 |
| 1.1 分子动力学模拟简介 | 第10-13页 |
| 1.2 本文结构 | 第13-14页 |
| 参考文献 | 第14-16页 |
| 第二章 理论基础 | 第16-34页 |
| 2.1 原子间与分子间作用力 | 第16-18页 |
| 2.1.1 氢键 | 第16-17页 |
| 2.1.2 静电相互作用 | 第17页 |
| 2.1.3 范德华相互作用 | 第17页 |
| 2.1.4 疏水相互作用 | 第17-18页 |
| 2.2 分子力场 | 第18-20页 |
| 2.3 极化效应 | 第20-22页 |
| 2.4 极化蛋白质专一性电荷拟合过程 | 第22-24页 |
| 2.5 桥梁水分子 | 第24-25页 |
| 2.6 结合自由能计算方法 | 第25-29页 |
| 参考文献 | 第29-34页 |
| 第三章 CDK2-配体结合亲和力的相关研究 | 第34-56页 |
| 3.1 细胞周期素依赖性激酶2简介 | 第34-35页 |
| 3.2 体系的选取、初始化与MD模拟过程 | 第35-36页 |
| 3.3 分析与讨论 | 第36-54页 |
| 3.3.1 限制性分子动力学模拟对CDK2-配体-Wat145复合物的影响 | 第36-39页 |
| 3.3.2 分析CDK2-配体复合物的稳定性 | 第39-40页 |
| 3.3.3 结合自由能分析 | 第40-47页 |
| 3.3.4 分析CDK2与其配体之间的相互作用机制 | 第47-50页 |
| 3.3.5 分析CDK2-配体-Wat145复合物的氢键网络 | 第50-52页 |
| 3.3.6 桥梁水分子对结合自由能的贡献 | 第52-54页 |
| 参考文献 | 第54-56页 |
| 第四章 静电极化效应对凝血酶-抑制剂结合的影响 | 第56-66页 |
| 4.1 凝血酶简介 | 第56-57页 |
| 4.2 体系的选取、初始化与MD模拟过程 | 第57-58页 |
| 4.3 分析与讨论 | 第58-63页 |
| 4.3.1 静电极化效应对结构稳定性的影响 | 第58-59页 |
| 4.3.2 静电极化效应对凝血酶内部氢键网络的影响 | 第59-60页 |
| 4.3.3 静电极化效应对凝血酶-抑制剂结合自由能的影响 | 第60-61页 |
| 4.3.4 静电极化效应对凝血酶-抑制剂氢键网络的影响 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-66页 |
| 第五章 总结与展望 | 第66-68页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第68-70页 |
| 致谢 | 第70页 |
