| 缩略词表 | 第5-7页 |
| 中文摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-13页 |
| 前言 | 第14-16页 |
| 第一章 细菌高通量测序数据中溶原性噬菌体的分析 | 第16-41页 |
| 1.1 引言 | 第16页 |
| 1.2 材料与方法 | 第16-21页 |
| 1.2.1 材料 | 第16页 |
| 1.2.2 基因组序列组装 | 第16-17页 |
| 1.2.3 前噬菌体预测 | 第17-18页 |
| 1.2.4 活化的前噬菌体基因组及相关序列拼接与注释 | 第18-21页 |
| 1.2.5 进化树构建 | 第21页 |
| 1.3 结果 | 第21-39页 |
| 1.3.1 序列组装与前噬菌体预测 | 第21-26页 |
| 1.3.2 活化的前噬菌体拼接结果 | 第26-28页 |
| 1.3.3 整合位点序列与整合酶的关系 | 第28-30页 |
| 1.3.4 同一整合位点的前噬菌体分析 | 第30-37页 |
| 1.3.5 14 株前噬菌体的基因组结构 | 第37-39页 |
| 1.4 小结与讨论 | 第39-41页 |
| 第二章 复杂测序样品中的病毒发现及基因组分析 | 第41-56页 |
| 2.1 引言 | 第41页 |
| 2.2 材料与方法 | 第41-45页 |
| 2.2.1 材料 | 第41页 |
| 2.2.2 高通量测序数据中的病毒发现方法 | 第41-45页 |
| 2.2.3 病毒全基因组获取与注释方法 | 第45页 |
| 2.2.4 进化树构建 | 第45页 |
| 2.2.5 末端序列分析方法 | 第45页 |
| 2.3 结果 | 第45-54页 |
| 2.3.1 裂谷热病例分析结果 | 第45-48页 |
| 2.3.2 勐海弹状病毒分析 | 第48-49页 |
| 2.3.3 病毒基因组拼接 | 第49-50页 |
| 2.3.4 勐海弹状病毒基因组分析 | 第50-54页 |
| 2.4 小结与讨论 | 第54-56页 |
| 结论 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-60页 |
| 附录 | 第60-66页 |
| 个人简历 | 第66-68页 |
| 致谢 | 第68页 |