| 致谢 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第一章 绪论 | 第13-31页 |
| 1.1 研究背景 | 第13-27页 |
| 1.1.1 蛋白质-肽相互作用的基本特征 | 第14-19页 |
| 1.1.2 肽抑制剂的开发 | 第19-22页 |
| 1.1.3 小分子抑制剂的开发 | 第22-23页 |
| 1.1.4 蛋白质-肽相互作用的相关数据库 | 第23-26页 |
| 1.1.5 发现新的蛋白质-肽相互作用 | 第26-27页 |
| 1.2 本文研究提要 | 第27-29页 |
| 1.2.1 蛋白质-肽识别过程中的肽链的柔性 | 第28页 |
| 1.2.2 EHD1 EH domain与多条肽链相互作用的分子动力学模拟 | 第28-29页 |
| 1.3 研究方法 | 第29-31页 |
| 第二章 分子动力学基本理论 | 第31-47页 |
| 2.1 基本原理 | 第31-32页 |
| 2.2 牛顿运动方程式的数值算法 | 第32-34页 |
| 2.2.1 标准Verlet算法 | 第32-33页 |
| 2.2.2 蛙跳法 | 第33页 |
| 2.2.3 速度Verlet算法 | 第33-34页 |
| 2.3 周期边界条件 | 第34-35页 |
| 2.4 最小镜像和截断半径 | 第35-36页 |
| 2.5 温度和压力耦合方法 | 第36-40页 |
| 2.5.1 温度耦合方法 | 第36-38页 |
| 2.5.2 压力耦合方法 | 第38-40页 |
| 2.6 键长约束方法 | 第40-42页 |
| 2.6.1 SHAKE算法 | 第40-41页 |
| 2.6.2 LINCS算法 | 第41-42页 |
| 2.7 势能函数和分子力场 | 第42-45页 |
| 2.7.1 分子力场中势能函数的一般形式 | 第42-43页 |
| 2.7.2 常见力场 | 第43-45页 |
| 2.8 分子动力学模拟的基本步骤 | 第45-47页 |
| 第三章 蛋白质-肽识别过程中的肽链的柔性 | 第47-85页 |
| 3.1 引言 | 第47-49页 |
| 3.2 材料和方法 | 第49-62页 |
| 3.2.1 数据集 | 第49页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟 | 第49-60页 |
| 3.2.3 直接读出能和间接读出能的计算 | 第60-62页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第62-83页 |
| 3.3.1 模拟结果的基本描述 | 第62-74页 |
| 3.3.2 结合自由能与解离常数之间的相关性分析 | 第74页 |
| 3.3.3 Z-值和W-值 | 第74-75页 |
| 3.3.4 肽链构型熵惩罚 | 第75-76页 |
| 3.3.5 肽链构型熵惩罚与熵效应 | 第76-77页 |
| 3.3.6 结构与残基平均熵惩罚 | 第77-79页 |
| 3.3.7 2KFF复合物中肽链的柔性 | 第79-82页 |
| 3.3.8 自由状态下肽链柔性的氨基酸倾向 | 第82-83页 |
| 3.4 本章小结 | 第83-85页 |
| 第四章 EHD1 EH domain与多条肽链相互作用的分子动力学模拟 | 第85-103页 |
| 4.1 引言 | 第85-86页 |
| 4.2 材料和方法 | 第86-88页 |
| 4.2.1 分子动力学模拟 | 第86-87页 |
| 4.2.2 结合自由能计算 | 第87-88页 |
| 4.2.3 FoldX丙氨酸扫描实验 | 第88页 |
| 4.3 结果和讨论 | 第88-101页 |
| 4.3.1 MD模拟过程中体系的稳定性 | 第88-89页 |
| 4.3.2 结合自由能 | 第89-91页 |
| 4.3.3 结构分析 | 第91-92页 |
| 4.3.4 相互作用界面上的氢键 | 第92页 |
| 4.3.5 FoldX丙氨酸扫描和残基能量分解 | 第92-97页 |
| 4.3.6 149号残基对蛋白质-肽结合的影响 | 第97-98页 |
| 4.3.7 侧面残基对蛋白质-肽结合的影响 | 第98-99页 |
| 4.3.8 综合考虑序列差异、结构差异和能量贡献的重要性 | 第99-100页 |
| 4.3.9 提高EHD1 EH domain与肽链配体之间亲和力的途径 | 第100-101页 |
| 4.4 本章小结 | 第101-103页 |
| 第五章 总结与展望 | 第103-107页 |
| 5.1 总结 | 第103页 |
| 5.2 展望 | 第103-107页 |
| 参考文献 | 第107-129页 |
| 附录：攻读博士期间发表的学术论文 | 第129页 |
