| 中文摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 研究背景 | 第10-42页 |
| 1.1 自然选择与适应性进化 | 第10-24页 |
| 1.1.1 自然选择理论 | 第10-11页 |
| 1.1.2 自然选择驱动适应性进化 | 第11-13页 |
| 1.1.3 适应性进化的机制 | 第13-15页 |
| 1.1.4 基因功能的适应性进化 | 第15-19页 |
| 1.1.5 基因表达调控的适应性进化 | 第19-22页 |
| 1.1.6 适应性进化与物种形成 | 第22-24页 |
| 1.2 植物基因组学和转录组学研究概述 | 第24-30页 |
| 1.2.1 测序技术的发展和应用 | 第24-25页 |
| 1.2.2 植物基因组学研究进展 | 第25-29页 |
| 1.2.3 植物转录组学研究进展 | 第29-30页 |
| 1.3 灰杨的研究基础 | 第30-40页 |
| 1.3.1 杨属概况 | 第31-32页 |
| 1.3.2 杨属基因组研究 | 第32-37页 |
| 1.3.3 灰杨：植物基因组适应性进化研究的优秀模式 | 第37-38页 |
| 1.3.4 灰杨和胡杨表型、生理及生态比较 | 第38-40页 |
| 1.4 研究目的与意义 | 第40-42页 |
| 第二章 材料与方法 | 第42-51页 |
| 2.1 灰杨基因组测序、组装和注释 | 第42-45页 |
| 2.1.1 DNA文库构建和测序 | 第42页 |
| 2.1.2 基因组组装 | 第42-43页 |
| 2.1.3 基因组测序深度、大小和杂合度估计 | 第43-44页 |
| 2.1.4 基因组注释 | 第44-45页 |
| 2.2 灰杨基因功能的适应性进化分析 | 第45-49页 |
| 2.2.1 杨柳科其他物种基因数据的获取 | 第45-46页 |
| 2.2.2 同源基因集构建 | 第46页 |
| 2.2.3 系统发育分析与分化时间估计 | 第46-47页 |
| 2.2.4 灰杨和胡杨祖先支基因功能的适应性进化分析 | 第47-48页 |
| 2.2.5 灰杨和胡杨两个谱系分支各自基因功能的适应性进化分析 | 第48页 |
| 2.2.6 灰杨与胡杨物种形成模式推断 | 第48-49页 |
| 2.3 灰杨基因表达调控的适应性进化分析 | 第49-51页 |
| 2.3.1 转录组测序 | 第49页 |
| 2.3.2 灰杨和胡杨祖先支基因表达的适应性进化分析 | 第49页 |
| 2.3.3 灰杨与胡杨种间基因表达调控的适应性分化研究 | 第49-51页 |
| 第三章 研究结果 | 第51-77页 |
| 3.1 灰杨基因组测序、组装及注释 | 第51-57页 |
| 3.1.1 基因组测序数据 | 第51页 |
| 3.1.2 基因组组装 | 第51-52页 |
| 3.1.3 灰杨基因组测序深度、GC含量及基因组大小 | 第52-54页 |
| 3.1.4 基因组注释 | 第54-57页 |
| 3.2 灰杨基因功能的适应性进化 | 第57-69页 |
| 3.2.1 杨柳科其他物种基因数据的获取 | 第57-59页 |
| 3.2.2 同源基因集构建 | 第59页 |
| 3.2.3 系统发育分析和分化时间估计 | 第59-61页 |
| 3.2.4 灰杨和胡杨祖先支基因功能的适应性进化 | 第61-63页 |
| 3.2.5 灰杨和胡杨种间基因功能的适应性分化 | 第63-68页 |
| 3.2.6 灰杨和胡杨物种形成模式推断 | 第68-69页 |
| 3.3 灰杨基因表达调控的适应性进化 | 第69-77页 |
| 3.3.1 灰杨和胡杨祖先支基因表达的适应性进化 | 第69-74页 |
| 3.3.2 灰杨与胡杨种间基因表达调控的适应性分化 | 第74-77页 |
| 第四章 讨论 | 第77-84页 |
| 4.1 灰杨和胡杨祖先支对沙漠环境的适应性进化 | 第77-80页 |
| 4.2 灰杨和胡杨适应性分化及物种形成 | 第80-84页 |
| 第五章 总结与展望 | 第84-86页 |
| 5.1 主要结论 | 第84-85页 |
| 5.2 研究展望 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-102页 |
| 在学期间的研究成果 | 第102-103页 |
| 致谢 | 第103-104页 |
