| 第一章 前言 | 第8-24页 |
| 1.1 氨基酸 | 第8-9页 |
| 1.2 蛋白质的结构 | 第9-11页 |
| 1.3 蛋白质结构预测的必要性 | 第11-13页 |
| 1.4 蛋白质结构预测的发展 | 第13-15页 |
| 1.5 研究目的和论文内容 | 第15-17页 |
| 参考文献 | 第17-24页 |
| 第二章 理论基础和计算方法 | 第24-71页 |
| 2.1 同源模建 | 第24-36页 |
| 2.1.1 序列比对 | 第25-30页 |
| 2.1.2 建立模型 | 第30-36页 |
| 2.2 分子力场 | 第36-43页 |
| 2.3 分子力学 | 第43-44页 |
| 2.4 分子动力学 | 第44-60页 |
| 2.4.1 积分方法 | 第45-50页 |
| 2.4.2 初始化 | 第50-53页 |
| 2.4.3 粒子受力的计算 | 第53-60页 |
| 2.5 分子对接方法 | 第60-65页 |
| 2.5.1 分子对接的理论基础 | 第60-61页 |
| 2.5.2 分子对接方法的分类 | 第61-65页 |
| 参考文献 | 第65-71页 |
| 第三章 细胞周期依赖性激酶10 的三维结构模建及其与小分子的对接研究 | 第71-93页 |
| 3.1 引言 | 第71-74页 |
| 3.2 理论和方法 | 第74-77页 |
| 3.2.1 CDK10 的三维结构模建 | 第74-76页 |
| 3.2.2 活性位点的确定 | 第76页 |
| 3.2.3 与小分子的对接研究 | 第76-77页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第77-87页 |
| 3.3.1 构象分析 | 第77-80页 |
| 3.3.2 活性位点的确定 | 第80-81页 |
| 3.3.3 与ATP 形成的复合物研究 | 第81-84页 |
| 3.3.4 与抑制剂的对接研究 | 第84-87页 |
| 3.4 小结 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-93页 |
| 第四章 细胞色素P450 2f1 和251 的三维结构模建及其与小分子对接研究 | 第93-117页 |
| 4.1 引言 | 第93-96页 |
| 4.2 理论和方法 | 第96-100页 |
| 4.2.1 三维结构模建 | 第96-98页 |
| 4.2.2 活性位点的确定 | 第98-100页 |
| 4.2.3 与小分子的对接研究 | 第100页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第100-112页 |
| 4.3.1 构象分析 | 第100-105页 |
| 4.3.2 活性位点的确定 | 第105-107页 |
| 4.3.3 与小分子的对接研究 | 第107-112页 |
| 4.4 小结 | 第112-113页 |
| 参考文献 | 第113-117页 |
| 第五章 磷酸甘露糖异构化酶的三维结构模建及其与小分子的对接研究 | 第117-142页 |
| 5.1 引言 | 第117-118页 |
| 5.2 理论和方法 | 第118-123页 |
| 5.2.1 三维结构模建 | 第118-120页 |
| 5.2.2 活性位点的确定 | 第120页 |
| 5.2.3 与小分子的对接研究 | 第120-123页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第123-135页 |
| 5.3.1 构象分析 | 第123-125页 |
| 5.3.2 活性位点的确定 | 第125-127页 |
| 5.3.3 与底物形成的复合物研究 | 第127-130页 |
| 5.3.4 与抑制剂的对接研究 | 第130-135页 |
| 5.4 小结 | 第135-136页 |
| 参考文献 | 第136-142页 |
| 攻读博士期间发表的论文 | 第142-143页 |
| 论文摘要 | 第143-147页 |
| 致谢 | 第147页 |
