| 中文摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 缩略词表(ABBREVIATIONS) | 第11-13页 |
| 1 前言 | 第13-27页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第13-14页 |
| 1.2 文献综述 | 第14-25页 |
| 1.2.1 DNA甲基化 | 第14-16页 |
| 1.2.2 DNA去甲基化 | 第16-18页 |
| 1.2.3 DNMT基因家族成员概览 | 第18-21页 |
| 1.2.4 DNMT1 基因研究进展 | 第21-23页 |
| 1.2.5 猪DNMT1 基因研究进展 | 第23-25页 |
| 1.3 当前猪DNMT1 基因研究的不足 | 第25-26页 |
| 1.3.1 猪DNMT1 基因研究报道数量很少，研究深度不够 | 第25页 |
| 1.3.2 从免疫角度开展的研究仍属空白 | 第25-26页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第26-27页 |
| 2 实验材料与方法 | 第27-33页 |
| 2.1 技术路线 | 第27页 |
| 2.2 实验材料 | 第27-28页 |
| 2.2.1 试验猪群 | 第27-28页 |
| 2.2.2 分子生物学试剂与试剂盒 | 第28页 |
| 2.2.3 主要仪器设备 | 第28页 |
| 2.3 主要实验方法 | 第28-31页 |
| 2.3.1 基因芯片杂交样本的制作 | 第28-29页 |
| 2.3.2 实时荧光定量PCR（Real-Time PCR）实验流程 | 第29-31页 |
| 2.4 转录组统计分析方法 | 第31-33页 |
| 2.4.1 芯片试验 | 第31页 |
| 2.4.2 R软件包与CEL文件分析的参数设置 | 第31-32页 |
| 2.4.3 非负矩阵因子化与相关和回归分析 | 第32-33页 |
| 3 结果与分析 | 第33-50页 |
| 3.1 DNMT1 基因进化树分析结果 | 第33-34页 |
| 3.2 DNMT1 基因在不同免疫组织/细胞中的可变剪切分析结果 | 第34-35页 |
| 3.3 猪DNMT1 基因的偶联转录组分析结果 | 第35-50页 |
| 3.3.1 芯片质控及DNMT1 探针组的描述性统计分析结果 | 第35-39页 |
| 3.3.2 基于DNMT1 基因表达值两尾的差异表达基因分析 | 第39-42页 |
| 3.3.3 差异表达基因的GO注释结果 | 第42-47页 |
| 3.3.4 DNMT1 基因对其他基因表达的影响 | 第47-50页 |
| 4 讨论 | 第50-55页 |
| 4.1 关于DNMT1 基因系统发生树的讨论 | 第50-51页 |
| 4.2 关于DNMT1 基因在不同免疫组织/细胞中的可变剪切 | 第51-52页 |
| 4.3 关于DNMT1 基因的偶联转录组 | 第52-54页 |
| 4.4 对于进一步开展研究的思考 | 第54-55页 |
| 5 小结 | 第55-56页 |
| 5.1 已获得的主要研究结果 | 第55页 |
| 5.2 本研究的创新或特色 | 第55页 |
| 5.3 本研究的不足 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-62页 |
| 附录 | 第62-63页 |
| 1. IQR非特异性过滤的R分析程序 | 第62页 |
| 2. 两维聚类作图的R程序 | 第62页 |
| 3. 研究生期间参加的其他活动和奖励 | 第62-63页 |
| 致谢 | 第63页 |
