| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 引言 | 第10-11页 |
| 1 综述 | 第11-17页 |
| 1.1 环糊精概述 | 第11-13页 |
| 1.1.1 环糊精的结构和性质 | 第11-12页 |
| 1.1.2 环糊精衍生物 | 第12页 |
| 1.1.3 环糊精及其衍生物的应用 | 第12-13页 |
| 1.2 持久性有机污染物概述 | 第13-16页 |
| 1.2.1 持久性有机污染物来源及分类 | 第13-14页 |
| 1.2.2 持久性有机污染物在土壤中的污染现状 | 第14-15页 |
| 1.2.3 持久性有机污染土壤的微生物修复 | 第15-16页 |
| 1.3 环糊精在持久性有机污染物修复方面的研究进展 | 第16-17页 |
| 2 主客体分子相互作用的计算方法 | 第17-31页 |
| 2.1 量子化学简介 | 第17-19页 |
| 2.1.1 量子化学计算方法 | 第17-18页 |
| 2.1.2 常用量子化学软件简介 | 第18-19页 |
| 2.2 分子对接方法简介 | 第19-23页 |
| 2.2.1 基本原理 | 第20-22页 |
| 2.2.2 基本步骤 | 第22页 |
| 2.2.3 常用分子对接软件简介 | 第22-23页 |
| 2.3 分子动力学方法简介 | 第23-26页 |
| 2.3.1 基本原理 | 第24-25页 |
| 2.3.2 基本步骤 | 第25页 |
| 2.3.3 常用分子动力学软件简介 | 第25-26页 |
| 2.4 分子力场及其补充 | 第26-29页 |
| 2.4.1 力场简介 | 第26-27页 |
| 2.4.2 常用力场简介 | 第27-28页 |
| 2.4.3 力场参数的补充 | 第28-29页 |
| 2.5 Bash命令与批处理 | 第29-31页 |
| 3 CDs与POPs初始结构的预备 | 第31-38页 |
| 3.1 软件与优化方法的选择 | 第31-34页 |
| 3.1.1 理论和方法 | 第31页 |
| 3.1.2 不同优化方法的考察 | 第31-33页 |
| 3.1.3 优化结果讨论 | 第33-34页 |
| 3.2 CDs的结构预备 | 第34-37页 |
| 3.2.1 侧链的结构优化 | 第35页 |
| 3.2.2 CDs结构预备与优化 | 第35-37页 |
| 3.3 POPs的结构预备 | 第37页 |
| 3.4 小结 | 第37-38页 |
| 4 20种优化来源CDs与POPs的对接 | 第38-53页 |
| 4.1 引言 | 第38页 |
| 4.2 利用PyRx进行批量对接 | 第38-39页 |
| 4.2.1 受体与配体介绍 | 第38-39页 |
| 4.2.2 格点能量计算 | 第39页 |
| 4.2.3 分子对接 | 第39页 |
| 4.3 对接数据批处理 | 第39-43页 |
| 4.3.1 最佳对接构象批量生成 | 第40-41页 |
| 4.3.2 最佳对接构象物性参数批量计算 | 第41-43页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第43-52页 |
| 4.4.1 CDs与POPs结合能分析 | 第43-46页 |
| 4.4.2 CDs与POPs尺寸之间关系 | 第46-48页 |
| 4.4.3 CDs脂水分配系数考察 | 第48-50页 |
| 4.4.4 CDs溶剂化可及面积的考察 | 第50-51页 |
| 4.4.5 包合物脂水分配系数分析 | 第51-52页 |
| 4.5 小结 | 第52-53页 |
| 5 10种晶体来源CDs与POPs的对接 | 第53-59页 |
| 5.1 引言 | 第53页 |
| 5.2 利用PyRx进行批量对接 | 第53-54页 |
| 5.2.1 受体与配体介绍 | 第53页 |
| 5.2.2 格点能量计算 | 第53-54页 |
| 5.2.3 分子对接 | 第54页 |
| 5.3 对接数据批处理 | 第54页 |
| 5.4 结果与讨论 | 第54-58页 |
| 5.4.1 CDs与POPs结合能分析 | 第54-55页 |
| 5.4.2 CDs脂水分配系数考察 | 第55-56页 |
| 5.4.3 CDs与PAH对接结果 | 第56-57页 |
| 5.4.4 磺酸基修饰促进环糊精包合能力分析 | 第57-58页 |
| 5.5 小结 | 第58-59页 |
| 6 CDs与POPs包合物的分子动力学模拟 | 第59-67页 |
| 6.1 引言 | 第59页 |
| 6.2 力场与配置文件的准备 | 第59-63页 |
| 6.2.1 力场文件的准备 | 第59-62页 |
| 6.2.2 psf与pdb文件的准备 | 第62页 |
| 6.2.3 CDs与POPs的在周期性溶液环境的结构合并 | 第62页 |
| 6.2.4 NAMD动力学计算 | 第62-63页 |
| 6.3 典型CDs与POPs动力学模拟 | 第63页 |
| 6.3.1 β-环糊精与芘的动力学计算 | 第63页 |
| 6.3.2 2-O-磺丁基-β-环糊精与芘的动力学计算 | 第63页 |
| 6.4 结果与讨论 | 第63-66页 |
| 6.4.1 相互作用直观分析 | 第63-65页 |
| 6.4.2 质心距离的考察 | 第65-66页 |
| 6.5 小结 | 第66-67页 |
| 结论 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-73页 |
| 附录A PyRx结果生成最优复合物结构Bash批处理脚本 | 第73-76页 |
| 附录B logP参数在线批量计算与数据汇总Bash批处理脚本 | 第76-78页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第78-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |
