| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 上篇 文献综述 | 第12-35页 |
| 第一章 彩色马蹄莲细菌性软腐病研究与防控概述 | 第13-21页 |
| 1 彩色马蹄莲细菌性软腐病发生情况 | 第13-14页 |
| 1.1 彩色马蹄莲简介 | 第13页 |
| 1.2 植物病原细菌 | 第13-14页 |
| 1.3 彩色马蹄莲细菌性软腐病 | 第14页 |
| 2 胡萝卜、软腐果胶杆菌简介 | 第14-16页 |
| 2.1 病原菌形态特征及生理生化特性 | 第14-15页 |
| 2.2 病原菌危害症状及特点 | 第15-16页 |
| 3 病原菌致病因子 | 第16-18页 |
| 3.1 胞外水解酶类 | 第16-17页 |
| 3.2 次级代谢产物 | 第17-18页 |
| 3.3 鞭毛 | 第18页 |
| 4 马蹄莲细菌软腐病的综合防治 | 第18-21页 |
| 4.1 农业防治 | 第18页 |
| 4.2 化学防治 | 第18页 |
| 4.3 抗性品种防治 | 第18-21页 |
| 第二章 全基因组测序概述 | 第21-25页 |
| 1 基因组学历史 | 第21页 |
| 2 DNA测序 | 第21-22页 |
| 3 生物信息学 | 第22-25页 |
| 第三章 第二代测序技术 | 第25-31页 |
| 1 第二代DNA测序技术简介 | 第25页 |
| 2 四种第二代测序技术概述 | 第25-31页 |
| 2.1 454测序技术 | 第25-26页 |
| 2.2 Illumina测序技术 | 第26-27页 |
| 2.3 ABI SOLID测序技术 | 第27-28页 |
| 2.4 Ion Torrent测序技术 | 第28-31页 |
| 第四章 第三代测序技术 | 第31-35页 |
| 1 第三代测序技术简介 | 第31页 |
| 2 三种第三代测序技术概述 | 第31-35页 |
| 2.1 HeliScope测序技术 | 第31-32页 |
| 2.2 SMRT测序技术 | 第32-33页 |
| 2.3 Oxford纳米孔测序技术 | 第33-35页 |
| 下篇 研究内容 | 第35-67页 |
| 第一章 第二代测序技术对胡萝卜软腐果胶杆菌全基因组测序 | 第37-55页 |
| 1 实验材料 | 第37-38页 |
| 1.1 供试菌株 | 第37页 |
| 1.2 菌株培养条件和保存 | 第37-38页 |
| 1.3 培养基 | 第38页 |
| 2 试验方法 | 第38-40页 |
| 2.1 细菌基因组DNA提取 | 第38-39页 |
| 2.2 DNA凝胶电泳、DNA片段浓度、大小测算 | 第39页 |
| 2.3 第二代测序技术 | 第39-40页 |
| 3 结果与分析 | 第40-53页 |
| 3.1 样品检测结果 | 第40-41页 |
| 3.2 数据概况 | 第41页 |
| 3.3 基因组概况 | 第41-45页 |
| 3.4 基因组组分 | 第45-48页 |
| 3.5 基因功能注释 | 第48-51页 |
| 3.6 病原细菌致病性和耐药性分析 | 第51-53页 |
| 4 讨论 | 第53-55页 |
| 第二章 第三代测序技术对胡萝卜软腐果胶杆菌全基因组测序 | 第55-61页 |
| 1 实验材料 | 第55页 |
| 1.1 供试菌株 | 第55页 |
| 1.2 菌株培养条件和保存 | 第55页 |
| 1.3 培养基 | 第55页 |
| 2 试验方法 | 第55-56页 |
| 2.1 细菌基因组DNA提取 | 第55页 |
| 2.2 DNA凝胶电泳、DNA片段浓度、大小测算 | 第55页 |
| 2.3 第三代测序技术 | 第55-56页 |
| 3 结果与分析 | 第56-60页 |
| 3.1 基因组分析 | 第56-57页 |
| 3.2 基因功能注释 | 第57-60页 |
| 4 讨论 | 第60-61页 |
| 第三章 两种测序方式对胡萝卜软腐果胶杆菌全基因测序的初步比较 | 第61-67页 |
| 1 两种测序技术优缺点比较 | 第61页 |
| 2 基因组序列结果比较 | 第61-62页 |
| 3 两种测序方式测得DNA序列整体比较 | 第62页 |
| 4 COG分类比较 | 第62-63页 |
| 5 KEGG分类比较 | 第63-65页 |
| 6 讨论 | 第65-67页 |
| 参考文献 | 第67-71页 |
| 致谢 | 第71页 |
