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矿物风化细菌的生物学特性和Dyella jiangningensis SBZ3-12全基因组分析

摘要第7-9页
ABSTRACT第9-10页
第一章 文献综述第11-23页
    1 矿物与微生物相互作用研究第11-16页
        1.1 矿物对微生物的作用第11-12页
        1.2 微生物对矿物的作用第12-13页
        1.3 微生物的成矿作用第13-14页
        1.4 微生物风化矿物的机制第14-16页
    2 微生物基因组学第16-20页
        2.1 微生物基因组学的发展历史第16-17页
        2.2 微生物基因组学研究的内容第17-18页
        2.3 基因组学测序方法第18-20页
    3 Dvella属基因组研究现状第20-21页
    4 CsrA研究现状第21-22页
    5 立题依据与研究意义第22-23页
第二章 矿物风化细菌的生物学特性第23-45页
    第一节 矿物风化细菌的生物学特性第23-30页
        1 材料第23页
            1.1 供试菌株第23页
            1.2 培养基与试剂第23页
        2 方法第23-25页
            2.1 供试菌株产生物膜情况测定第23页
            2.2 供试菌株产铁载体能力测定第23-24页
            2.3 供试菌株对抗生素抗性试验第24页
            2.4 供试菌株对黑云母的溶解试验第24-25页
            2.5 发酵液中有机酸的测定第25页
        3 结果与分析第25-30页
            3.1 供试菌株产生物膜情况第25-26页
            3.2 供试菌株产铁载体能力第26-27页
            3.3 供试菌株对抗生素抗性试验第27页
            3.4 供试菌株对黑云母的溶解作用第27-28页
            3.5 发酵液中有机酸的测定第28-30页
    第二节 矿物风化细菌Sinomonas sp.A31的分类地位研究第30-45页
        1 材料第30-31页
            1.1 供试菌株第30页
            1.2 培养基与试剂第30-31页
        2 方法第31-36页
            2.1 菌体形态观察第31页
            2.2 菌株生理生化特性测定第31页
            2.3 API鉴定系统分析第31-32页
            2.4 菌体极性脂类成分分析第32页
            2.5 全细胞脂肪酸成分分析第32-33页
            2.6 菌体醌型分析第33-34页
            2.7 细菌16S rRNA基因序列分析第34页
            2.8 细菌DNA G+C mol%含量测定第34-35页
            2.9 DNA-DNA同源性测定第35-36页
        3 结果与分析第36-42页
            3.1 菌体形态观察第36页
            3.2 菌株的生理生化特性第36-38页
            3.3 菌体极性脂类成分分析第38-39页
            3.4 全细胞脂肪酸成分分析第39-40页
            3.5 菌体醌型分析第40页
            3.6 细菌16S rRNA基因序列分析第40-41页
            3.7 细菌DNA G+C mol%含量测定第41-42页
            3.8 DNA-DNA同源性测定第42页
        4 讨论第42-43页
        5 本章小结第43-45页
第三章 Dyella jiangningensis SBZ3-12全基因组de novo测序第45-61页
    1 材料第45-46页
        1.1 供试菌株第45页
        1.2 培养基与试剂第45-46页
    2 方法第46-55页
        2.1 菌株D. jiangningensis SBZ3-12的培养与基因组DNA抽提第46-47页
        2.2 基因组DNA纯度检测第47-48页
        2.3 基因组文库构建第48-53页
        2.4 基因组序列测定与序列拼装第53-54页
        2.5 基因组补洞第54-55页
        2.6 基因组数据格式化及GenBank数据库提交第55页
    3 结果与分析第55-58页
        3.1 菌株D.jiangningensis SBZ3-12的培养和基因组DNA的抽提第55-56页
        3.2 基因组DNA纯度检测第56-57页
        3.3 基因组文库构建第57页
        3.4 基因组序列测定与序列拼装第57-58页
        3.5 基因组补洞第58页
        3.6 基因组数据格式化及GenBank数据库提交第58页
    4 讨论第58-60页
    5 本章小结第60-61页
第四章 Dyella.jiangningensis SBZ3-12全基因组注释及比较基因组分析第61-93页
    1 材料第61页
        1.1 注释所用软件第61页
        1.2 注释所用在线数据库第61页
    2 方法第61-65页
        2.1 基因组结构预测第61-62页
        2.2 基因组功能注释第62-63页
        2.3 代谢途径分析第63页
        2.4 比较基因组分析第63-64页
        2.5 菌株D.jiangningensis SBZ3- 12 CsrA分析第64-65页
    3 结果与分析第65-90页
        3.1 基因组基本结构和特征第65-67页
        3.2 基因组功能注释第67-72页
        3.3 代谢途径分析第72-77页
        3.4 比较基因组分析第77-83页
        3.5 菌株D.jiangningensis SBZ3-12 CsrA分析第83-90页
    4 讨论第90-91页
    5 本章小结第91-93页
全文总结第93-95页
研究展望第95-97页
本文创新之处第97-99页
参考文献第99-109页
附录第109-121页
    一、培养基配方第109页
    二、主要试剂配方第109-110页
    三、系统发育树第110-112页
    四、菌株D.jiangningensisSBZ3-12代谢途径第112-121页
攻读硕士学位期间发表的论文第121-123页
致谢第123页

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