| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-23页 |
| 1 矿物与微生物相互作用研究 | 第11-16页 |
| 1.1 矿物对微生物的作用 | 第11-12页 |
| 1.2 微生物对矿物的作用 | 第12-13页 |
| 1.3 微生物的成矿作用 | 第13-14页 |
| 1.4 微生物风化矿物的机制 | 第14-16页 |
| 2 微生物基因组学 | 第16-20页 |
| 2.1 微生物基因组学的发展历史 | 第16-17页 |
| 2.2 微生物基因组学研究的内容 | 第17-18页 |
| 2.3 基因组学测序方法 | 第18-20页 |
| 3 Dvella属基因组研究现状 | 第20-21页 |
| 4 CsrA研究现状 | 第21-22页 |
| 5 立题依据与研究意义 | 第22-23页 |
| 第二章 矿物风化细菌的生物学特性 | 第23-45页 |
| 第一节 矿物风化细菌的生物学特性 | 第23-30页 |
| 1 材料 | 第23页 |
| 1.1 供试菌株 | 第23页 |
| 1.2 培养基与试剂 | 第23页 |
| 2 方法 | 第23-25页 |
| 2.1 供试菌株产生物膜情况测定 | 第23页 |
| 2.2 供试菌株产铁载体能力测定 | 第23-24页 |
| 2.3 供试菌株对抗生素抗性试验 | 第24页 |
| 2.4 供试菌株对黑云母的溶解试验 | 第24-25页 |
| 2.5 发酵液中有机酸的测定 | 第25页 |
| 3 结果与分析 | 第25-30页 |
| 3.1 供试菌株产生物膜情况 | 第25-26页 |
| 3.2 供试菌株产铁载体能力 | 第26-27页 |
| 3.3 供试菌株对抗生素抗性试验 | 第27页 |
| 3.4 供试菌株对黑云母的溶解作用 | 第27-28页 |
| 3.5 发酵液中有机酸的测定 | 第28-30页 |
| 第二节 矿物风化细菌Sinomonas sp.A31的分类地位研究 | 第30-45页 |
| 1 材料 | 第30-31页 |
| 1.1 供试菌株 | 第30页 |
| 1.2 培养基与试剂 | 第30-31页 |
| 2 方法 | 第31-36页 |
| 2.1 菌体形态观察 | 第31页 |
| 2.2 菌株生理生化特性测定 | 第31页 |
| 2.3 API鉴定系统分析 | 第31-32页 |
| 2.4 菌体极性脂类成分分析 | 第32页 |
| 2.5 全细胞脂肪酸成分分析 | 第32-33页 |
| 2.6 菌体醌型分析 | 第33-34页 |
| 2.7 细菌16S rRNA基因序列分析 | 第34页 |
| 2.8 细菌DNA G+C mol%含量测定 | 第34-35页 |
| 2.9 DNA-DNA同源性测定 | 第35-36页 |
| 3 结果与分析 | 第36-42页 |
| 3.1 菌体形态观察 | 第36页 |
| 3.2 菌株的生理生化特性 | 第36-38页 |
| 3.3 菌体极性脂类成分分析 | 第38-39页 |
| 3.4 全细胞脂肪酸成分分析 | 第39-40页 |
| 3.5 菌体醌型分析 | 第40页 |
| 3.6 细菌16S rRNA基因序列分析 | 第40-41页 |
| 3.7 细菌DNA G+C mol%含量测定 | 第41-42页 |
| 3.8 DNA-DNA同源性测定 | 第42页 |
| 4 讨论 | 第42-43页 |
| 5 本章小结 | 第43-45页 |
| 第三章 Dyella jiangningensis SBZ3-12全基因组de novo测序 | 第45-61页 |
| 1 材料 | 第45-46页 |
| 1.1 供试菌株 | 第45页 |
| 1.2 培养基与试剂 | 第45-46页 |
| 2 方法 | 第46-55页 |
| 2.1 菌株D. jiangningensis SBZ3-12的培养与基因组DNA抽提 | 第46-47页 |
| 2.2 基因组DNA纯度检测 | 第47-48页 |
| 2.3 基因组文库构建 | 第48-53页 |
| 2.4 基因组序列测定与序列拼装 | 第53-54页 |
| 2.5 基因组补洞 | 第54-55页 |
| 2.6 基因组数据格式化及GenBank数据库提交 | 第55页 |
| 3 结果与分析 | 第55-58页 |
| 3.1 菌株D.jiangningensis SBZ3-12的培养和基因组DNA的抽提 | 第55-56页 |
| 3.2 基因组DNA纯度检测 | 第56-57页 |
| 3.3 基因组文库构建 | 第57页 |
| 3.4 基因组序列测定与序列拼装 | 第57-58页 |
| 3.5 基因组补洞 | 第58页 |
| 3.6 基因组数据格式化及GenBank数据库提交 | 第58页 |
| 4 讨论 | 第58-60页 |
| 5 本章小结 | 第60-61页 |
| 第四章 Dyella.jiangningensis SBZ3-12全基因组注释及比较基因组分析 | 第61-93页 |
| 1 材料 | 第61页 |
| 1.1 注释所用软件 | 第61页 |
| 1.2 注释所用在线数据库 | 第61页 |
| 2 方法 | 第61-65页 |
| 2.1 基因组结构预测 | 第61-62页 |
| 2.2 基因组功能注释 | 第62-63页 |
| 2.3 代谢途径分析 | 第63页 |
| 2.4 比较基因组分析 | 第63-64页 |
| 2.5 菌株D.jiangningensis SBZ3- 12 CsrA分析 | 第64-65页 |
| 3 结果与分析 | 第65-90页 |
| 3.1 基因组基本结构和特征 | 第65-67页 |
| 3.2 基因组功能注释 | 第67-72页 |
| 3.3 代谢途径分析 | 第72-77页 |
| 3.4 比较基因组分析 | 第77-83页 |
| 3.5 菌株D.jiangningensis SBZ3-12 CsrA分析 | 第83-90页 |
| 4 讨论 | 第90-91页 |
| 5 本章小结 | 第91-93页 |
| 全文总结 | 第93-95页 |
| 研究展望 | 第95-97页 |
| 本文创新之处 | 第97-99页 |
| 参考文献 | 第99-109页 |
| 附录 | 第109-121页 |
| 一、培养基配方 | 第109页 |
| 二、主要试剂配方 | 第109-110页 |
| 三、系统发育树 | 第110-112页 |
| 四、菌株D.jiangningensisSBZ3-12代谢途径 | 第112-121页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第121-123页 |
| 致谢 | 第123页 |
