| 中文摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-11页 |
| 英文缩略词 | 第11-12页 |
| 前言 | 第12-13页 |
| 文献综述 | 第13-21页 |
| 1 转录组学概述 | 第13页 |
| 2 高通量测序技术的发展 | 第13-16页 |
| 3 鹿茸转录组学研究 | 第16-20页 |
| ·鹿茸概述 | 第16-18页 |
| ·鹿茸快速生长的研究 | 第18页 |
| ·鹿茸转录组学研究概况 | 第18-20页 |
| 4. 本研究的内容和意义 | 第20-21页 |
| 实验研究 | 第21-52页 |
| 一、实验材料 | 第21-22页 |
| ·实验药材 | 第21页 |
| ·实验试剂 | 第21-22页 |
| ·实验仪器 | 第22页 |
| 二、实验方法 | 第22-30页 |
| ·样品采集 | 第22-23页 |
| ·总 RNA 的提取 | 第23页 |
| ·总 RNA 质量检测 | 第23-24页 |
| ·Illumina/Solexa 测序文库制备及测序 | 第24-25页 |
| ·Illumina/Solexa 测序组装和比对 | 第25页 |
| ·Illumina/Solexa 测序数据分析 | 第25-27页 |
| ·荧光定量 qPCR 差异表达基因验证 | 第27-30页 |
| 三、实验结果 | 第30-52页 |
| ·RNA 样品的制备及质量评价 | 第30-31页 |
| ·测序产量统计及质量评价 | 第31-32页 |
| ·Illumina/Solexa 序列组装结果 | 第32-34页 |
| ·组装序列质量评价 | 第34-35页 |
| ·序列比对结果 | 第35-38页 |
| ·数据分析结果 | 第38-52页 |
| 讨论 | 第52-65页 |
| 1 Hiseq2000 测序平台鹿茸转录组 Illumina/Solexa 测序 | 第52页 |
| 2 鹿茸转录组序列比对分析 | 第52-53页 |
| 3 鹿茸转录组序列功能注释以及代谢信号通路分析 | 第53-54页 |
| ·Unigenes 的 GO 功能分类 | 第53-54页 |
| ·Unigenes 的 COG 功能分类 | 第54页 |
| ·Unigenes 的 KEGG 代谢信号通路分析 | 第54页 |
| 4 差异表达基因功能及代谢通路分析 | 第54-56页 |
| 5 10 天和 60 天鹿茸生长过程中高表达基因筛选 | 第56页 |
| 6 10 天和 60 天鹿茸快速生长过程中差异表达基因筛选 | 第56-65页 |
| ·差异表达转录因子 | 第57-58页 |
| ·差异表达生长因子 | 第58-60页 |
| ·差异表达细胞外基质基因 | 第60-61页 |
| ·差异表达软骨细胞增殖、肥大以及软骨发育相关基因 | 第61-65页 |
| 结语 | 第65-66页 |
| 致谢 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-81页 |
| 附录 A | 第81-97页 |
