| 中文摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第一章 绪论 | 第8-16页 |
| 1.1 研究背景 | 第8-12页 |
| 1.2 蛋白质结构 | 第12-14页 |
| 1.3 蛋白质结构比对意义 | 第14页 |
| 1.4 蛋白质结构比对现存的问题 | 第14-15页 |
| 1.5 本课题工作 | 第15-16页 |
| 第二章 蛋白质结构比对 | 第16-23页 |
| 2.1 蛋白质结构表示 | 第17页 |
| 2.2 蛋白质结构观察视角 | 第17-18页 |
| 2.3 如何构建蛋白质结构对齐 | 第18-23页 |
| 2.3.1 相似性打分函数 | 第19-20页 |
| 2.3.2 搜索算法 | 第20-23页 |
| 第三章 序列无关蛋白质结构比对算法 | 第23-29页 |
| 3.1 序列无关蛋白质结构比对 | 第23页 |
| 3.2 目前主流的序列无关蛋白质结构比对算法 | 第23-29页 |
| 3.2.1 MASS | 第23-24页 |
| 3.2.2 GANGSTA+ | 第24-25页 |
| 3.2.3 SCALI | 第25页 |
| 3.2.4 SNAP | 第25-26页 |
| 3.2.5 SAMO | 第26页 |
| 3.2.6 DEDAL | 第26-27页 |
| 3.2.7 MICAN | 第27-29页 |
| 第四章 一种新的基于AFP的序列无关蛋白质结构比对算法 | 第29-45页 |
| 4.1 引言 | 第29-30页 |
| 4.2 算法的实现 | 第30-38页 |
| 4.2.1 变长AFP | 第30-33页 |
| 4.2.2 通过最大团得到蛋白质结构初始对齐 | 第33-36页 |
| 4.2.3 蛋白质结构对齐迭代优化过程 | 第36-38页 |
| 4.3 实验结果及性能评估 | 第38-45页 |
| 4.3.1 数据集 | 第39页 |
| 4.3.2 评价标准 | 第39-40页 |
| 4.3.3 参数选择 | 第40-42页 |
| 4.3.4 实验结果评价 | 第42-45页 |
| 第五章 总结与展望 | 第45-47页 |
| 5.1 总结 | 第45-46页 |
| 5.2 展望 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-52页 |
| 在学期间的研究成果 | 第52-53页 |
| 致谢 | 第53页 |