| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 第1章 文献综述 | 第12-31页 |
| ·毕赤酵母表达系统及AOX1启动子的调控 | 第12-15页 |
| ·毕赤酵母表达系统及其发展 | 第12页 |
| ·毕赤酵母表达系统的优缺点 | 第12-13页 |
| ·毕赤酵母AOX1启动子的调控机理研究 | 第13-14页 |
| ·AOX1启动子的两个阻遏因子PpMig1和PpMig2 | 第14-15页 |
| ·酵母中蛋白亚细胞定位的研究方法 | 第15-17页 |
| ·目标蛋白的标记方法 | 第16-17页 |
| ·细胞器的标记方法 | 第17页 |
| ·毕赤酵母基因组测序、注释情况及研究进展 | 第17-20页 |
| ·毕赤酵母基因组测序情况 | 第17页 |
| ·毕赤酵母基因组注释情况及研究进展 | 第17-20页 |
| ·转录组学研究及RNA-Seq技术 | 第20-30页 |
| ·转录组学研究简介 | 第20-21页 |
| ·用于转录组学研究的技术 | 第21-24页 |
| ·使用RNA-Seq技术进行转录组学研究的步骤与工具 | 第24-29页 |
| ·应用RNA-Seq技术的转录组学研究实例 | 第29-30页 |
| ·本课题的研究背景及意义 | 第30-31页 |
| 第2章 毕赤酵母PpMig1及PpMig2的亚细胞定位 | 第31-45页 |
| ·前言 | 第31页 |
| ·实验材料 | 第31-32页 |
| ·菌株及质粒 | 第31页 |
| ·培养基及培养条件 | 第31-32页 |
| ·分子生物学试剂 | 第32页 |
| ·仪器设备 | 第32页 |
| ·实验方法 | 第32-35页 |
| ·引物设计及PCR反应体系与条件 | 第32-33页 |
| ·大肠杆菌Top10感受态细胞的制备及转化 | 第33-34页 |
| ·毕赤酵母感受态细胞的制备与电穿孔转化 | 第34-35页 |
| ·毕赤酵母基因组的提取 | 第35页 |
| ·大肠杆菌质粒抽提 | 第35页 |
| ·使用DAPI标记细胞核 | 第35页 |
| ·结果与讨论 | 第35-43页 |
| ·GFP-PpMig1融合表达载体pGAP-GFP-MIG1的构建 | 第35-39页 |
| ·毕赤酵母GFP-PpMig1融合表达菌株WT-GM1的构建 | 第39-40页 |
| ·GFP-PpMig2融合表达载体pGAP-GFP-MIG2的构建 | 第40-42页 |
| ·毕赤酵母GFP-PpMig2融合表达菌株WT-GM2的构建 | 第42-43页 |
| ·PpMig1和PpMig2的亚细胞定位 | 第43页 |
| ·小结 | 第43-45页 |
| 第3章 毕赤酵母RNA提取及RNA-Seq测序 | 第45-48页 |
| ·前言 | 第45页 |
| ·实验材料 | 第45页 |
| ·菌株 | 第45页 |
| ·培养基及培养条件 | 第45页 |
| ·分子生物学试剂 | 第45页 |
| ·仪器设备 | 第45页 |
| ·实验方法 | 第45-46页 |
| ·毕赤酵母预培养及碳源转移 | 第45-46页 |
| ·毕赤酵母RNA提取及纯化 | 第46页 |
| ·RNA样品质量检测 | 第46页 |
| ·Illumina高通量RNA-Seq测序 | 第46页 |
| ·结果与讨论 | 第46-47页 |
| ·毕赤酵母RNA样品的制备 | 第46页 |
| ·RNA样品质量分析 | 第46-47页 |
| ·RNA-Seq测序 | 第47页 |
| ·小结 | 第47-48页 |
| 第4章 毕赤酵母RNA-Seq测序数据预处理 | 第48-51页 |
| ·前言 | 第48页 |
| ·实验材料 | 第48页 |
| ·RNA-Seq测序的原始数据 | 第48页 |
| ·毕赤酵母GS115的rDNA序列 | 第48页 |
| ·实验方法 | 第48-49页 |
| ·测序质量较差的序列的去除 | 第48-49页 |
| ·rRNA来源的污染数据的去除 | 第49页 |
| ·结果与讨论 | 第49页 |
| ·RNA-Seq测序数据预处理 | 第49页 |
| ·小结 | 第49-51页 |
| 第5章 毕赤酵母基因组修正及重注释 | 第51-56页 |
| ·前言 | 第51页 |
| ·实验材料 | 第51-52页 |
| ·Clean-reads | 第51页 |
| ·毕赤酵母GS115原基因组序列 | 第51页 |
| ·毕赤酵母GS115原基因组注释 | 第51-52页 |
| ·实验方法 | 第52页 |
| ·读段对基因组序列的匹配 | 第52页 |
| ·SNP及InDel分析 | 第52页 |
| ·转录本的组装及分析 | 第52页 |
| ·结果与讨论 | 第52-55页 |
| ·毕赤酵母原基因组序列的修正 | 第52-53页 |
| ·Clean-reads在毕赤酵母基因组上的匹配及匹配结果统计 | 第53-54页 |
| ·毕赤酵母转录本的组装及分析 | 第54-55页 |
| ·小结 | 第55-56页 |
| 第6章 毕赤酵母的比较转录组学分析 | 第56-63页 |
| ·前言 | 第56页 |
| ·实验材料 | 第56页 |
| ·实验方法 | 第56页 |
| ·基因表达水平的确定及差异分析 | 第56页 |
| ·结果与讨论 | 第56-62页 |
| ·高表达转录本及高表达启动子的发现 | 第56-59页 |
| ·差异表达基因分析 | 第59-61页 |
| ·毕赤酵母AOX1启动子关键调节因子的表达差异 | 第61-62页 |
| ·小结 | 第62-63页 |
| 第7章 结论与展望 | 第63-65页 |
| ·结论 | 第63-64页 |
| ·展望 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-72页 |
| 致谢 | 第72页 |
