| 中文摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 第一章 研究基础 | 第11-38页 |
| ·蛋白质结构、功能与演化 | 第11-12页 |
| ·复杂网络及其在生物领域的应用 | 第12-14页 |
| ·氨基酸网络的构建 | 第14-21页 |
| ·氨基酸网络的性质 | 第21-24页 |
| ·氨基酸网络的应用 | 第24-37页 |
| ·蛋白质折叠及其动力学 | 第24-25页 |
| ·蛋白质天然结构与非天然结构的区分 | 第25-26页 |
| ·蛋白质相互作用 | 第26-27页 |
| ·蛋白质-蛋白质分子对接 | 第27-28页 |
| ·识别蛋白质重要功能位点 | 第28页 |
| ·分子内与分子间的通信 | 第28-30页 |
| ·蛋白质热稳定性 | 第30-37页 |
| ·本文框架 | 第37-38页 |
| 第二章 氨基酸接触能网络 | 第38-50页 |
| ·数据集 | 第38-39页 |
| ·研究方法 | 第39-41页 |
| ·接触能（contact energy） | 第39-40页 |
| ·AACEN 的构建 | 第40-41页 |
| ·软件 | 第41页 |
| ·结果与分析 | 第41-50页 |
| ·度与度分布 | 第41-44页 |
| ·聚类系数与平均最短路径长度 | 第44-45页 |
| ·AAN 的网络参数与螺旋/折叠密度（HSd: helix/strand density）关系 | 第45-48页 |
| ·AAN 网络参数与蛋白质演化的关系 | 第48-50页 |
| 第三章 点加权氨基酸接触能网络 | 第50-57页 |
| ·数据与方法 | 第50-53页 |
| ·数据集 | 第50-51页 |
| ·NWAACEN 的构建 | 第51-52页 |
| ·NWAACEN 的网络参数 | 第52页 |
| ·蛋白质-蛋白质相互作用界面残基的定义 | 第52页 |
| ·支持向量机 | 第52-53页 |
| ·软件 | 第53页 |
| ·结果与分析 | 第53-57页 |
| ·蛋白质热点残基在 NWAACEN 中的网络性质 | 第53-55页 |
| ·利用 NWAACEN 预测蛋白质界面热点 | 第55-57页 |
| 第四章 AANW：氨基酸网络的构建与分析的工具 | 第57-58页 |
| 第五章 结论与展望 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-77页 |
| 附件 | 第77-95页 |
| 附件一：数据集 II 中残基的点加权参数 | 第77-90页 |
| 附件二：数据集 III 的预测结果 | 第90-94页 |
| 附件三：WNT4 功能下降将会导致卵巢早衰 | 第94-95页 |
| 博士期间发表论文及获奖 | 第95-97页 |
| 一、发表及待发表的论文 | 第95-96页 |
| 二、课题资助 | 第96页 |
| 三、获奖情况 | 第96-97页 |
| 致谢 | 第97-98页 |