| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-13页 |
| 英文缩写说明 | 第13-14页 |
| 第一部分 文献综述 | 第14-22页 |
| 1 奶牛乳质相关基因的研究进展 | 第14-18页 |
| ·参与乳腺发育和泌乳调控的乳质相关基因 | 第14-16页 |
| ·脂肪合成与次生物质代谢通路内的乳质相关基因 | 第16-18页 |
| ·其他与乳质性状相关的功能基因 | 第18页 |
| 2 基因芯片技术研究现状 | 第18-20页 |
| ·基因芯片简介 | 第19页 |
| ·基因芯片在奶牛养殖中的应用 | 第19-20页 |
| ·小结 | 第20页 |
| 3 研究目的及意义 | 第20-22页 |
| 第二部分 试验研究 | 第22-78页 |
| 试验一 牛全基因组表达谱芯片检测与数据分析 | 第22-46页 |
| 1 材料与方法 | 第22-30页 |
| ·试验动物与采样方法 | 第22页 |
| ·主要仪器设备 | 第22页 |
| ·主要试剂 | 第22页 |
| ·芯片的制备及数据分析 | 第22-30页 |
| 2 结果 | 第30-42页 |
| ·试验样品总RNA的检测 | 第30-31页 |
| ·cRNA质控结果 | 第31页 |
| ·cDNA芯片的原始灰度图 | 第31-33页 |
| ·芯片检测质量判断 | 第33-34页 |
| ·芯片杂交结果 | 第34-35页 |
| ·散点图 | 第35-36页 |
| ·基因芯片检测不同泌乳时期的差异表达基因分析 | 第36-42页 |
| 3 讨论 | 第42-46页 |
| ·基因芯片的选择 | 第42页 |
| ·试验设计 | 第42-43页 |
| ·芯片数据分析方法 | 第43-44页 |
| ·JAK-STAT信号通路中主要差异表达基因的功能分析 | 第44-46页 |
| 试验二 中国荷斯坦奶牛STAT1的基因克隆与序列分析 | 第46-64页 |
| 1 材料与方法 | 第46-51页 |
| ·试验材料与采样方法 | 第46页 |
| ·奶牛外周血总RNA的提取 | 第46页 |
| ·RNA的反转录 | 第46-47页 |
| ·用于中国荷斯坦奶牛STAT1基因克隆的引物设计 | 第47页 |
| ·STAT1基因cDNA末端的快速扩增 | 第47-48页 |
| ·目的片段的纯化、克隆和鉴定 | 第48-50页 |
| ·STAT1全长序列拼接和Spidey分析 | 第50页 |
| ·中国荷斯坦奶牛STAT1全序列与标准序列(NM_001077900)的多重比对 | 第50页 |
| ·中国荷斯坦奶牛STAT1蛋白的多重比对及其生物信息学分析 | 第50-51页 |
| 2 结果 | 第51-61页 |
| ·中国荷斯坦奶牛STAT1 mRNA序列克隆 | 第51-52页 |
| ·STAT 1序列拼接及ORF分析 | 第52-55页 |
| ·荷斯坦奶牛STAT1基因与标准序列的多重比对结果 | 第55-56页 |
| ·中国荷斯坦奶牛STAT1蛋白序列与初级结构分析 | 第56-58页 |
| ·哺乳动物STAT1蛋白的多重比较 | 第58页 |
| ·中国荷斯坦奶牛STAT1蛋白功能分析 | 第58-61页 |
| 3 讨论 | 第61-64页 |
| ·STAT1的基因克隆与分析 | 第61-62页 |
| ·STAT1的蛋白分析 | 第62-63页 |
| ·STAT1与细胞凋亡 | 第63-64页 |
| 试验三中国荷斯坦奶牛STAT1、STAT4的单核苷酸多态性与产奶性状的关联分析 | 第64-78页 |
| 1 材料与方法 | 第64-69页 |
| ·试验动物及采样方法 | 第64页 |
| ·DNA提取 | 第64-66页 |
| ·PCR扩增及检测 | 第66页 |
| ·PCR-SSCP分析 | 第66-67页 |
| ·PCR产物的纯化回收及克隆及测序 | 第67-68页 |
| ·序列分析 | 第68页 |
| ·统计分析 | 第68-69页 |
| 2 结果 | 第69-74页 |
| ·目的基因片段扩增结果 | 第69页 |
| ·目的基因片段扩增结果 | 第69页 |
| ·P1的SSCP检测及不同基因型的测序 | 第69-71页 |
| ·P2的SSCP检测及不同基因型的测序 | 第71-72页 |
| ·SNPs的群体遗传学分析 | 第72-73页 |
| ·STAT4基因内的SNP基因效应与泌乳性状的关联分析 | 第73-74页 |
| 3 讨论 | 第74-78页 |
| ·试验群体STAT4基因突变分析 | 第74页 |
| ·中国荷斯坦奶牛STAT4基因群体Hardy-Weinberg平衡 | 第74-75页 |
| ·试验群体STAT4-intron 20 SNP与泌乳性状的关联分析 | 第75-78页 |
| 全文结论 | 第78-80页 |
| 参考文献 | 第80-88页 |
| 附录 | 第88-106页 |
| 附录1 差异表达基因KEGG通路分析 | 第88-90页 |
| 附录2 JAK-STAT信号通路中差异表达基因参与的生物学过程 | 第90-91页 |
| 附录3 JAK-STAT信号通路中差异表达基因参与的细胞组成 | 第91-92页 |
| 附录4 差异表达基因在不同时期的表达差异倍数 | 第92-93页 |
| 附录5 中国荷斯坦奶牛STAT1基因与标准序列的多重比(Clustalx 1.83) | 第93-102页 |
| 附录6 哺乳动物STAT1蛋白的多重比对(Clustalx 1.83) | 第102-106页 |
| 致谢 | 第106-108页 |
| 在读学位期间发表论文 | 第108页 |
