| 摘要 | 第1-13页 |
| ABSTRACT | 第13-17页 |
| 第一章 绪论 | 第17-34页 |
| 一、概述 | 第17-18页 |
| 二、本课题的研究背景 | 第18-19页 |
| 三、有关鸟嘌呤碱基及碱基对的研究进展 | 第19-22页 |
| 四、计算方法 | 第22-23页 |
| 五、本论文开展的主要工作 | 第23-25页 |
| 参考文献 | 第25-34页 |
| 第二章 单电子氧化和Li~+耦合引起的鸟嘌呤-胞嘧啶碱基对的离解能和氢键性质的显著变化 | 第34-58页 |
| 1.理论方法 | 第36-37页 |
| 2.结果与讨论 | 第37-49页 |
| ·平衡构型 | 第37-40页 |
| ·IR光谱性质 | 第40-42页 |
| ·电离势和Li~+阳离子结合能 | 第42页 |
| ·离解能 | 第42-46页 |
| ·质子转移 | 第46-49页 |
| 3.结论 | 第49-51页 |
| Reference | 第51-58页 |
| 第三章 DNA核苷对及其阳离子的结构和能量性质:脱氧鸟苷(dG)-脱氧胞苷(dC) | 第58-78页 |
| 1.计算细节 | 第59-60页 |
| 2.结果与讨论 | 第60-70页 |
| ·电离势 | 第60-63页 |
| ·结构 | 第63-66页 |
| ·成对能 | 第66页 |
| ·质子转移过程 | 第66-69页 |
| ·振动频率 | 第69-70页 |
| 3.结论 | 第70-72页 |
| References | 第72-78页 |
| 第四章 不同个数的水分子结合到M~+和N1-H质子上引起的G-M~+(M=Li,Na)质子离解能的显著变化 | 第78-101页 |
| 1.计算细节 | 第79-80页 |
| 2.结果与讨论 | 第80-95页 |
| ·裸露的碱金属阳离子对H单元释放的催化作用 | 第80-81页 |
| ·结合水分子到G-M~+上 | 第81-89页 |
| ·一个水分子结合到G-M~+上 | 第82-85页 |
| ·两个水分子结合到G-M~+离子上 | 第85-88页 |
| ·三个水分子结合到G-M~+上 | 第88-89页 |
| ·质子离解能 | 第89-95页 |
| 3.结论 | 第95-96页 |
| References | 第96-101页 |
| 第五章 鸟嘌呤电离和去质子化对碱基对形成的作用以及对DNA内空穴转移的影响 | 第101-126页 |
| 1.理论方法 | 第102-103页 |
| 2.结果与讨论 | 第103-117页 |
| ·结构 | 第103-109页 |
| ·Watson-Crick碱基对 | 第103-105页 |
| ·Hoogsteen碱基对 | 第105-109页 |
| ·电离势 | 第109-115页 |
| ·Watson-Crick模式碱基对 | 第109-110页 |
| ·Hoogsteen模式碱基对 | 第110-111页 |
| ·由单电子氧化所引起的DNA碱基对内的质子转移 | 第111-113页 |
| ·电离势对空穴转移的影响 | 第113-115页 |
| ·碱基成对能 | 第115-117页 |
| ·Watson-Crick模式碱基对 | 第115页 |
| ·Hoogsteen模式碱基对 | 第115-117页 |
| 3.结论 | 第117-119页 |
| Reference | 第119-126页 |
| 第六章 改善DNA成功保守性复制的调节因素:从即将引入的dNTP的活化位点切除水分子以及与聚合酶的相互作用 | 第126-147页 |
| 1.计算方法 | 第128-130页 |
| 2.结果与讨论 | 第130-139页 |
| ·DNA形成的驱动力——吉布斯自由能 | 第130-131页 |
| ·水分子的作用 | 第131-133页 |
| ·聚合酶对DNA碱基结构的选择 | 第133-134页 |
| ·聚合酶中氨基酸668的作用 | 第134-139页 |
| 3.结论 | 第139-140页 |
| References | 第140-147页 |
| Marked Variations of Dissociation Energy and H-Bond Character of Guanine-Cytosine Base Pair Induced by One-Electron Oxidation andLi~+ Cation Coupling | 第147-173页 |
| 1. Introduction | 第147-151页 |
| 2. Theoretical Methods | 第151-152页 |
| 3. Results and Discussion | 第152-167页 |
| ·Equilibrium geometries | 第152-156页 |
| ·IR spectroscopic character | 第156-157页 |
| ·Ionization potential and Li~+ binding energy | 第157-158页 |
| ·Dissociation energy | 第158-163页 |
| ·Proton Transfer | 第163-167页 |
| 4. Conclusion | 第167-169页 |
| Reference | 第169-173页 |
| Factors Determining the Deriving Force of DNA Formation: Geometrical Differences of Base Pairs,Dehydration of Bases and the Arginine Assisting | 第173-195页 |
| Ⅰ. Introduction | 第174-177页 |
| Ⅱ. Computational Methods | 第177-179页 |
| Ⅲ. Results and Discussion | 第179-189页 |
| A. The Driving Force of the Formation of the DNA-Gibbs free energy | 第179-180页 |
| B. The effect of the water molecules | 第180-182页 |
| C. The selectivity of the polymerase on the DNA base geometries | 第182-184页 |
| D. The Effect of the Amino Acid-Arg668 of the Polymerase | 第184-189页 |
| Ⅳ. Conclusions | 第189-191页 |
| References | 第191-195页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第195-197页 |
| 致谢 | 第197-198页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第198页 |
