| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-23页 |
| ·蛋白质结构及其研究意义 | 第9-10页 |
| ·蛋白质结构的层次 | 第10-15页 |
| ·蛋白质的基本组成单位 | 第10-11页 |
| ·蛋白质的结构层次 | 第11-15页 |
| ·蛋白质结构分类 | 第15-18页 |
| ·SCOP 分类及折叠子（Fold） | 第15-17页 |
| ·CATH 分类及拓扑（Topology） | 第17-18页 |
| ·FSSP 自动分类 | 第18页 |
| ·蛋白质序列自动分类、识别方法概述 | 第18-23页 |
| ·序列比较 | 第20页 |
| ·Profile 方法 | 第20-21页 |
| ·NN 方法 | 第21页 |
| ·SVM 方法 | 第21-23页 |
| 第2章 Profile HMM 折叠类型识别 | 第23-31页 |
| ·引言 | 第23页 |
| ·Profile HMM 概述 | 第23-25页 |
| ·算法基础 | 第25-28页 |
| ·向前-向后算法 | 第25-26页 |
| ·Viterbi 算法 | 第26-27页 |
| ·期望最大(EM)算法 | 第27-28页 |
| ·Profile HMM 在家族和超家族识别中的应用 | 第28-30页 |
| ·本章小结 | 第30-31页 |
| 第3章 LIFCA：非冗余蛋白折叠核心分类数据库 | 第31-41页 |
| ·引言 | 第31-32页 |
| ·蛋白质折叠核心结构(Protein Fold Core Structures) | 第32-33页 |
| ·蛋白质的二级结构序列 | 第32-33页 |
| ·蛋白质折叠的核心区 | 第33页 |
| ·蛋白质折叠核心注释数据库的构建 | 第33-35页 |
| ·材料与方法 | 第33-34页 |
| ·空间方位信息及标定文件 | 第34-35页 |
| ·分类与命名 | 第35-38页 |
| ·LIFCA 与SCOP 比较 | 第38-39页 |
| ·本章小结 | 第39-41页 |
| 第4章 基于结构比对的蛋白质Profile HMM 识别 | 第41-53页 |
| ·引言 | 第41-42页 |
| ·数据集筛选 | 第42页 |
| ·结构比对方法 | 第42-43页 |
| ·训练Profile HMM | 第43-45页 |
| ·结果检验 | 第45-49页 |
| ·单模型识别效果检验 | 第45-47页 |
| ·全库识别效果检验 | 第47-48页 |
| ·结果比较 | 第48-49页 |
| ·识别方法的软件实现 | 第49-52页 |
| ·软件功能 | 第49页 |
| ·开发工具与环境 | 第49-50页 |
| ·界面设计 | 第50-52页 |
| ·本章小结 | 第52-53页 |
| 结论与展望 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第59-61页 |
| 致谢 | 第61页 |
