| 摘要 | 第1-13页 |
| Abstract | 第13-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-34页 |
| 1 前言 | 第16页 |
| 2 寻找主基因的方法 | 第16-18页 |
| ·基因组扫描法 | 第16-17页 |
| ·候选基因法 | 第17-18页 |
| 3 猪繁殖性状的QTL研究进展 | 第18-22页 |
| ·排卵率 | 第18-19页 |
| ·黄体数 | 第19页 |
| ·产仔数 | 第19页 |
| ·初生重 | 第19-20页 |
| ·初情期 | 第20页 |
| ·妊娠期 | 第20页 |
| ·子宫长度 | 第20页 |
| ·卵巢重 | 第20页 |
| ·乳头数 | 第20-22页 |
| 4 猪繁殖性状的候选基因研究进展 | 第22-25页 |
| ·雌激素受体基因 | 第22-23页 |
| ·促卵泡激素β亚基基因 | 第23页 |
| ·视黄酸受体γ亚基和视黄醇结合蛋白4基因 | 第23-24页 |
| ·催乳素受体基因 | 第24页 |
| ·骨桥蛋白位点 | 第24页 |
| ·其它与繁殖性状相关的候选基因 | 第24-25页 |
| 5 单核苷酸多态概述 | 第25-27页 |
| 6 拟分离基因的研究进展 | 第27-34页 |
| ·环指蛋白4(Ring finger protein 4,RNF4)基因 | 第27-28页 |
| ·17β—羟基类固醇脱氢酶(Hydroxysteroid(17-beta)dehydrogenase,HSD17B)基因 | 第28-29页 |
| ·基质金属蛋白酶(Matrix metalloproteinase,MMP)基因 | 第29-31页 |
| ·输卵管特异性糖蛋白(Oviduct-specific glycoprotein,OVGP1)基因 | 第31-32页 |
| ·精子相关抗原1(Sperm associated antigen 1,SPAG1)基因 | 第32-33页 |
| ·着床前蛋白3(Preimplantation protein 3,PRE13)基因 | 第33页 |
| ·Bystin-like(BYSL)基因 | 第33-34页 |
| 第二章 研究的目的和意义 | 第34-35页 |
| 第三章 材料与方法 | 第35-51页 |
| 1 试验材料 | 第35-38页 |
| ·试验样品 | 第35页 |
| ·DNA样品 | 第35页 |
| ·组织样品 | 第35页 |
| ·主要仪器和设备 | 第35-36页 |
| ·主要试剂及溶液 | 第36-38页 |
| ·主要试剂 | 第36-37页 |
| ·主要溶液 | 第37-38页 |
| 2 试验方法 | 第38-51页 |
| ·基因组DNA的提取 | 第38-39页 |
| ·猪基因组DNA的提取 | 第38-39页 |
| ·基因组DNA浓度的测定和质量检测 | 第39页 |
| ·总RNA的提取 | 第39-40页 |
| ·猪卵巢组织总RNA的提取 | 第39-40页 |
| ·猪卵巢组织总RNA浓度的测定和质量检测 | 第40页 |
| ·候选基因引物的设计与合成 | 第40-44页 |
| ·候选基因片段的扩增 | 第44-45页 |
| ·cDNA扩增 | 第44-45页 |
| ·基因组扩增 | 第45页 |
| ·候选基因的克隆及序列分析 | 第45-48页 |
| ·PCR产物回收、纯化 | 第45-46页 |
| ·PCR扩增片段的克隆 | 第46-48页 |
| ·阳性克隆子的鉴定及序列测定 | 第48页 |
| ·序列分析 | 第48页 |
| ·候选基因多态性分析 | 第48页 |
| ·数据处理分析 | 第48-49页 |
| ·统计软件 | 第49页 |
| ·基因效应统计分析模型 | 第49页 |
| ·候选基因组织表达谱分析 | 第49页 |
| ·RNA的制备 | 第49页 |
| ·RT-PCR反应 | 第49页 |
| ·荧光定量PCR分析 | 第49-51页 |
| 第四章 结果与分析 | 第51-107页 |
| 1 猪基因组DNA以及总RNA的提取与质量检测结果 | 第51页 |
| 2 猪RNF4基因 | 第51-63页 |
| ·猪RNF4基因编码区序列克隆及序列分析 | 第51-55页 |
| ·猪RNF4基因cDNA克隆 | 第51-52页 |
| ·猪RNF4基因cDNA序列分析 | 第52-54页 |
| ·猪RNF4基因组织表达谱分析 | 第54-55页 |
| ·猪RNF4基因部分基因组序列克隆及序列分析 | 第55-56页 |
| ·猪RNF4基因多态性检测 | 第56-58页 |
| ·猪RNF4基因第5内含子SacⅡ酶切位点多态性的检测结果 | 第56-57页 |
| ·猪RNF4基因第8外显子AluⅠ酶切位点多态性的检测结果 | 第57-58页 |
| ·猪RNF4基因基因型与猪繁殖性状的关联分析 | 第58-62页 |
| ·SacⅡ多态位点基因型与猪繁殖性状的关联分析 | 第58-60页 |
| ·SacⅡ多态位点基因型与猪繁殖组分性状的关联分析 | 第60页 |
| ·AluⅠ多态位点基因型与猪繁殖性状的关联分析 | 第60-62页 |
| ·猪RNF4基因AluⅠ多态位点不同基因型个体间的表达差异 | 第62-63页 |
| 3 猪HSD17B8,HSD17B7基因 | 第63-74页 |
| ·猪HSD17B8基因的克隆及序列分析 | 第63-69页 |
| ·RT-PCR扩增结果 | 第63页 |
| ·猪HSD17B8基因启动子序列扩增结果 | 第63-64页 |
| ·猪HSD17B8基因基因组序列扩增结果 | 第64页 |
| ·猪HSD17B8基因cDNA序列分析 | 第64-66页 |
| ·猪HSD17B8基因组织表达谱分析 | 第66页 |
| ·猪HSD17B8基因启动子序列分析 | 第66-68页 |
| ·猪HSD17B8基因基因组结构分析 | 第68-69页 |
| ·猪HSD17B8基因多态性检测 | 第69-70页 |
| ·猪HSD17B8基因第2外显子cSNP1位点多态性的检测结果 | 第69页 |
| ·猪HSD17B8基因第2外显子cSNP2位点多态性的检测结果 | 第69-70页 |
| ·不同品种猪HSD17B8基因启动子区序列测序结果及序列比较 | 第70页 |
| ·猪HSD17B8基因基因型频率和等位基因频率在不同猪种中的分布 | 第70-72页 |
| ·猪HSD17B8基因基因型与猪繁殖性状的关联分析 | 第72-74页 |
| ·cSNP1多态位点基因型与猪繁殖性状的关联分析 | 第72-73页 |
| ·cSNP2多态位点基因型与猪繁殖组分性状的关联分析 | 第73-74页 |
| ·猪HSD17B7基因克隆及序列分析 | 第74页 |
| 4 猪MMP9,MMP2,MMP23基因 | 第74-88页 |
| ·猪MMP9基因克隆及序列分析 | 第74-78页 |
| ·猪MMP9基因基因组序列扩增结果 | 第74-75页 |
| ·猪MMP9基因启动子序列扩增结果 | 第75-76页 |
| ·猪MMP9基因启动子序列分析 | 第76-78页 |
| ·猪MMP9基因基因组结构分析 | 第78页 |
| ·猪MMP9基因多态性检测 | 第78-80页 |
| ·猪MMP9基因启动子区域RsaⅠ酶切位点多态性的检测结果 | 第78-79页 |
| ·猪MMP9基因第12内含子AccⅡ酶切位点多态性的检测结果 | 第79页 |
| ·猪MMP9基因第7外显子MspⅠ酶切位点多态性的检测结果 | 第79-80页 |
| ·猪MMP9基因第10内含子SmaⅠ酶切位点多态性的检测结果 | 第80页 |
| ·猪MMP9基因基因型与猪繁殖性状的相关分析 | 第80-85页 |
| ·RsaⅠ多态位点基因型与猪繁殖性状的关联分析 | 第81-82页 |
| ·RsaⅠ多态位点基因型与猪繁殖组分性状的关联分析 | 第82-83页 |
| ·AccⅡ多态位点基因型与猪繁殖性状的关联分析 | 第83-84页 |
| ·AccⅡ多态位点基因型与猪繁殖组分性状的关联分析 | 第84页 |
| ·MspⅠ多态位点基因型与猪繁殖性状的关联分析 | 第84-85页 |
| ·SmaⅠ多态位点基因型与猪繁殖性状的关联分析 | 第85页 |
| ·猪MMP2基因克隆及序列分析 | 第85-86页 |
| ·猪MMP2基因基因组序列扩增结果 | 第85-86页 |
| ·猪MMP2基因基因组序列分析 | 第86页 |
| ·猪MMP2基因多态性检测 | 第86-87页 |
| ·猪MMP2基因基因型与猪繁殖性状的关联分析 | 第87-88页 |
| ·猪MMP23基因克隆及序列分析 | 第88页 |
| 5 猪OVGP1基因 | 第88-93页 |
| ·猪OVGP1基因部分片段的分离鉴定 | 第88-89页 |
| ·猪OVGP1基因第6内含子PstⅠ酶切位点多态性的检测结果 | 第89页 |
| ·PstⅠ酶切位点基因型频率和基因频率在不同猪种中的分布 | 第89-90页 |
| ·猪OVGP1基因第9内含子EcoRⅠ酶切位点多态性的检测结果 | 第90页 |
| ·EcoRⅠ酶切位点基因型频率和基因频率在不同猪种中的分布 | 第90-91页 |
| ·EcoRⅠ多态位点基因型与猪繁殖性状的关联分析 | 第91-92页 |
| ·EcoRⅠ多态位点基因型与猪繁殖组分性状的关联分析 | 第92-93页 |
| 6 猪PREI3基因 | 第93-98页 |
| ·猪PREI3基因cDNA的克隆 | 第93页 |
| ·猪PREI3基因部分基因组序列的克隆及序列分析 | 第93-94页 |
| ·猪PREI3基因组织表达谱分析 | 第94页 |
| ·猪PREI3基因多态性检测 | 第94-95页 |
| ·MspⅠ酶切位点基因型频率和基因频率在不同猪种中的分布 | 第95-96页 |
| ·MspⅠ多态位点基因型与猪繁殖性状的关联分析 | 第96-97页 |
| ·MspⅠ多态位点基因型与猪繁殖组分性状的关联分析 | 第97-98页 |
| 7 猪SPAG1基因 | 第98-101页 |
| ·猪SPAG1基因cDNA的克隆 | 第98页 |
| ·猪SPAG1基因组织表达谱分析 | 第98页 |
| ·猪SPAG1基因部分基因组序列的克隆及序列分析 | 第98-99页 |
| ·猪SPAG1基因多态性检测 | 第99-100页 |
| ·Sau3AⅠ酶切位点基因型频率和基因频率在不同猪种中的分布 | 第100页 |
| ·Sau3AⅠ多态位点基因型与猪繁殖性状的关联分析 | 第100-101页 |
| 8 猪BYSL基因 | 第101-107页 |
| ·猪BYSL基因编码区序列的克隆及序列分析 | 第101-104页 |
| ·猪BYSL基因cDNA克隆 | 第101-102页 |
| ·猪BYSL基因cDNA序列分析 | 第102-104页 |
| ·猪BYSL基因组织表达谱分析 | 第104页 |
| ·猪BYSL基因部分基因组序列的克隆及序列分析 | 第104-105页 |
| ·猪BYSL基因多态性检测 | 第105页 |
| ·MspⅠ酶切位点基因型频率和等位基因频率在不同猪种中的分布 | 第105-106页 |
| ·MspⅠ多态位点基因型与猪繁殖性状的关联分析 | 第106-107页 |
| 第五章 讨论 | 第107-116页 |
| 1 关于候选基因策略 | 第107-108页 |
| 2 用于扩增基因的引物序列分析 | 第108-109页 |
| 3 候选基因编码区序列、启动子序列以及基因结构的分析 | 第109-110页 |
| ·编码区序列的分析 | 第109页 |
| ·启动子序列的分析 | 第109页 |
| ·基因组结构的分析 | 第109-110页 |
| 4 候选基因预测的蛋白结构域、功能位点的分析 | 第110页 |
| 5 候选基因的SNPs研究 | 第110-111页 |
| 6 候选基因的遗传效应分析 | 第111-113页 |
| ·RNF4基因遗传效应分析 | 第111页 |
| ·HSD17B8基因遗传效应分析 | 第111-112页 |
| ·MMP9基因遗传效应分析 | 第112页 |
| ·MMP2基因遗传效应分析 | 第112-113页 |
| ·OVGP1基因遗传效应分析 | 第113页 |
| ·PREI3基因遗传效应分析 | 第113页 |
| ·SPAG1基因遗传效应分析 | 第113页 |
| 7 基因调控区SNP的功能分析 | 第113-114页 |
| 8 关于RT-PCR和定量PCR | 第114-115页 |
| 9 下一步工作 | 第115-116页 |
| 小结 | 第116-117页 |
| 参考文献 | 第117-133页 |
| 致谢 | 第133页 |
