| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 第一部分 前言 | 第10-30页 |
| 1 蜻蜒目系统学研究概况 | 第10-14页 |
| ·基于形态特征的系统发育研究 | 第10-12页 |
| ·基于分子数据的系统发育研究 | 第12页 |
| ·共同支持的观点 | 第12-13页 |
| ·蜻科昆虫简介 | 第13-14页 |
| 2 动物线粒体基因组和COI基因 | 第14-15页 |
| ·动物线粒体基因组特征和基因序列特征 | 第14-15页 |
| ·动物COI基因分子进化和系统学应用概况 | 第15页 |
| 3 分子系统学研究方法 | 第15-29页 |
| ·形态学方法和分子方法的比较 | 第16页 |
| ·分子系统学序列数据的取样 | 第16-19页 |
| ·分类单元的选择(taxonsampling) | 第16-18页 |
| ·DNA序列的取样 | 第18-19页 |
| ·序列比对 | 第19-21页 |
| ·比对概念及一般比对原则 | 第19-20页 |
| ·不同比对程序的比较 | 第20-21页 |
| ·DNA序列加权 | 第21-22页 |
| ·外群(outgroup)的选择 | 第22-23页 |
| ·不同基因和不同建树方法在重建系统发育中的效率 | 第23-25页 |
| ·评估数据系统发育信号和进化树的可靠性与置信度的检验 | 第25-27页 |
| ·数据组总体系统发育信号检验 | 第25-26页 |
| ·进化树分支可靠性和置信度的检验 | 第26页 |
| ·似然率检验(LRT) | 第26-27页 |
| ·线粒体假基因(Numts)对分子进化和分子系统学研究的影响 | 第27-29页 |
| ·Numts的存在对分子和进化研究的干扰 | 第28-29页 |
| ·Numts带来的研究新方向 | 第29页 |
| 4 本课题研究的目的和意义 | 第29-30页 |
| 第二部分 实验材料与方法 | 第30-39页 |
| 1 实验材料和方法 | 第30-35页 |
| ·实验材料 | 第30-31页 |
| ·实验试剂 | 第30页 |
| ·设备及耗材 | 第30-31页 |
| ·标本的采集、鉴定、保存与整理 | 第31页 |
| ·实验方法 | 第31-35页 |
| ·提取DNA所用的试剂 | 第31-32页 |
| ·总DNA提取 | 第32-33页 |
| ·基因组DNA的检测方法 | 第33页 |
| ·PCR扩增mtDNA目的基因片段 | 第33-35页 |
| 2 实验数据处理和分析 | 第35-39页 |
| ·序列编辑及比对 | 第35页 |
| ·序列组成分析 | 第35页 |
| ·数据组信号检测 | 第35-36页 |
| ·建树 | 第36-38页 |
| ·简约法建树 | 第36-37页 |
| ·距离法建树 | 第37页 |
| ·极似然法建树 | 第37页 |
| ·贝叶斯系统发育推论法(Bayesian inference of phylogeny) | 第37-38页 |
| ·四种建树方法得到的系统树的比较和总结 | 第38-39页 |
| 第三部分 结果分析 | 第39-63页 |
| 1 基因组总DNA的提取、PCR扩增及序列的测定 | 第39页 |
| ·基因组总DNA提取 | 第39页 |
| ·引物的应用和PCR扩增结果 | 第39页 |
| ·PCR产物测序 | 第39页 |
| 2 实验数据处理和分析 | 第39-56页 |
| ·序列编辑和序列比对结果 | 第39页 |
| ·数据集序列组成分析 | 第39-42页 |
| ·核苷酸组成分析 | 第39-40页 |
| ·密码子使用频率与氨基酸组成分析 | 第40页 |
| ·碱基替换分析 | 第40-42页 |
| ·数据组系统发育信号检验 | 第42-52页 |
| ·p距离与R值的关系14 species | 第42页 |
| ·碱基替换饱和性分析 | 第42-43页 |
| ·PAUP中数据组系统发育信号检验(gl和PTP检验) | 第43页 |
| ·遗传距离分析 | 第43-52页 |
| ·系统发育重建 | 第52-56页 |
| ·简约法建树 | 第52-53页 |
| ·距离法建树 | 第53-54页 |
| ·极大似然法建树 | 第54页 |
| ·贝叶斯系统发育推论结果 | 第54-56页 |
| ·以翻译得到的氨基酸序列构建系统发育树 | 第56页 |
| 3 分析和讨论 | 第56-63页 |
| ·蜻科14种昆虫COI基因部分片段的序列组成和分子进化特征 | 第56-57页 |
| ·COI基因序列数据系统发育信号评估 | 第57-59页 |
| ·四种系统发育推断方法建树结果及比较 | 第59-61页 |
| ·不同基因在蜻科属间系统发育关系分析有效性的讨论 | 第61-62页 |
| ·外群的选择 | 第62-63页 |
| 第四部分 结论 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-72页 |
| 致谢 | 第72-73页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第73页 |
