| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 目录 | 第5-9页 |
| 第一章 前言 | 第9-15页 |
| ·论文的研究背景 | 第9-14页 |
| ·肌肉的组成 | 第9页 |
| ·肌肉的收缩 | 第9-10页 |
| ·肌巨蛋白 | 第10-11页 |
| ·肌巨蛋白PEVK富含域的研究进展 | 第11-14页 |
| ·PEVK富含域的氨基酸序列分析 | 第11-12页 |
| ·PEVK富含域的构象 | 第12-13页 |
| ·PEVK富含域的功能与作用机制的初探 | 第13-14页 |
| ·论文的研究内容和意义 | 第14-15页 |
| 第二章 PEVK富含域的序列来源及结构研究现状 | 第15-25页 |
| ·蛋白质空间结构预测 | 第16-17页 |
| ·同源模型化方法 | 第16页 |
| ·线索化方法(折叠识别方法) | 第16-17页 |
| ·理论分析方法或从头算方法 | 第17页 |
| ·肌巨蛋白PEVK富含域的序列来源 | 第17-23页 |
| ·肌巨蛋白PEVK富含域的同源模建 | 第23-25页 |
| 第三章 模型四肽EVPK的合成及2D—NMR结构测定 | 第25-36页 |
| ·蛋白质的化学合成 | 第25-27页 |
| ·蛋白质的液相合成 | 第25-27页 |
| ·液相合成的基本原理 | 第25页 |
| ·基团的保护与保护基的去除 | 第25-27页 |
| ·羧基的活化与肽键的形成 | 第27页 |
| ·蛋白质的固相合成 | 第27页 |
| ·模型四肽EVPK的固相合成 | 第27-28页 |
| ·试剂 | 第27-28页 |
| ·肽链的合成 | 第28页 |
| ·质谱鉴定 | 第28-31页 |
| ·质谱在肽和蛋白质分析中的应用 | 第28-29页 |
| ·实验结果 | 第29-31页 |
| ·NMR测定 | 第31-35页 |
| ·二维NMR的基本原理和特点 | 第31页 |
| ·二维核磁共振谱的分类 | 第31-33页 |
| ·同核位移相关谱 | 第32页 |
| ·总相关谱 | 第32页 |
| ·核欧沃豪斯效应相关谱 | 第32-33页 |
| ·二维核磁测定蛋白质溶液构象的一般步骤 | 第33页 |
| ·实验结果 | 第33-35页 |
| ·自旋系统识别 | 第33-34页 |
| ·残基序列识别 | 第34-35页 |
| ·结论 | 第35-36页 |
| 第四章 模型四肽EVPK构象的理论研究 | 第36-66页 |
| ·分子模拟方法和步骤 | 第36-40页 |
| ·量子力学方法 | 第36-37页 |
| ·分子力学方法 | 第37-38页 |
| ·蒙特卡罗法 | 第38-39页 |
| ·分子动力学模拟 | 第39页 |
| ·分子模拟一般步骤 | 第39-40页 |
| ·构象搜索方法 | 第40-43页 |
| ·系统构象搜索 | 第41页 |
| ·随机构象搜索 | 第41页 |
| ·模拟退火 | 第41-42页 |
| ·混合蒙特卡罗法 | 第42-43页 |
| ·蛋白质相关的生物化学知识 | 第43-48页 |
| ·蛋白质分子构象的立体化学原则 | 第43-45页 |
| ·蛋白质分子的结构等级和层次 | 第45-46页 |
| ·稳定蛋白质构象的作用力 | 第46-48页 |
| ·蛋白质折叠 | 第48页 |
| ·已知结构蛋白质中有关EVPK片段的立体结构 | 第48-49页 |
| ·模型分子EVPK的构象搜索 | 第49-57页 |
| ·初始构象 | 第49-50页 |
| ·构象搜索方法 | 第50-51页 |
| ·随机构象搜索 | 第50页 |
| ·分子动力学模拟退火 | 第50页 |
| ·混合蒙特卡罗法 | 第50-51页 |
| ·构象分析结果 | 第51-54页 |
| ·构象稳定性研究 | 第54页 |
| ·不同力场下构象搜索的比较 | 第54-57页 |
| ·模型四肽分子的量子化学计算 | 第57-65页 |
| ·几何构型 | 第58-61页 |
| ·原子电荷分布 | 第61-62页 |
| ·自然键轨道分析 | 第62-65页 |
| ·结论 | 第65-66页 |
| 第五章 肌巨蛋白PEVK富含域中PP Ⅱ基序的构象研究 | 第66-81页 |
| ·基序PVAP的构象研究 | 第66-76页 |
| ·初始构象 | 第66-67页 |
| ·构象搜索方法 | 第67页 |
| ·构象分析结果 | 第67-71页 |
| ·构建分子时起始构象的比较 | 第71页 |
| ·不同力场下构象搜索的比较 | 第71-74页 |
| ·溶剂化作用对构象搜索的影响 | 第74-76页 |
| ·其他PPⅡ MOTIF的构象搜索 | 第76-80页 |
| ·基序PKKP的构象搜索结果 | 第76-78页 |
| ·基序PEVP的构象搜索结果 | 第78-80页 |
| ·结论 | 第80-81页 |
| 第六章 肌巨蛋白PEVK富含域中重复单元及其子片段的构象研究 | 第81-102页 |
| ·子片段PR1(KVPEPPKEVVPK)的构象搜索 | 第83-86页 |
| ·初始构象 | 第83-84页 |
| ·构象搜索方法 | 第84页 |
| ·随机构象搜索 | 第84页 |
| ·分子动力学模拟退火 | 第84页 |
| ·混合蒙特卡罗法 | 第84页 |
| ·构象搜索结果 | 第84-86页 |
| ·子片段PR2(VPEKKAPVAPPK)的构象搜索 | 第86-89页 |
| ·初始构象 | 第86-87页 |
| ·构象搜索方法 | 第87页 |
| ·构象搜索结果 | 第87-89页 |
| ·子片段PR3(KPEVPPVKV)的构象搜索 | 第89-91页 |
| ·初始构象 | 第89-90页 |
| ·构象搜索万法 | 第90页 |
| ·构象搜索结果 | 第90-91页 |
| ·子片段的构象结果分析 | 第91-93页 |
| ·PR(PEPPKEVVPEKKAPVAPPKKPEVPPVKV)的构象搜索 | 第93-95页 |
| ·实始构象 | 第93-94页 |
| ·构象搜索方法 | 第94页 |
| ·构象分析结果 | 第94-95页 |
| ·PR、PR1、PR2、PR3的分子动力学模拟 | 第95-101页 |
| ·结论 | 第101-102页 |
| 总结 | 第102-103页 |
| 参考文献 | 第103-107页 |
| 致谢 | 第107页 |
