| 第一章 引言 | 第1-12页 |
| 第二章 生物序列相似性的比较问题及算法 | 第12-22页 |
| ·分子生物学中的几个基本概念 | 第12-14页 |
| ·DNA | 第12-13页 |
| ·染色体和基因 | 第13-14页 |
| ·RNA | 第14页 |
| ·变异 | 第14页 |
| ·序列相似性比较的生物学的动机和问题的定义 | 第14-16页 |
| ·序列联配的有关概念 | 第15页 |
| ·序列联配问题的定义与分类 | 第15-16页 |
| ·全局联配 | 第16-19页 |
| ·全局最优联配原始算法 | 第17页 |
| ·动态规划的思想在全局联配中的应用 | 第17-19页 |
| ·局部联配(Local Alignment) | 第19-21页 |
| ·动态规划在局部联配中的应用 | 第20页 |
| ·包括空位处罚的局部最优联配动态规划算法 | 第20-21页 |
| ·小结 | 第21-22页 |
| 第三章 序列联配算法的加速方法 | 第22-36页 |
| ·并行算法实现的类型 | 第22-24页 |
| ·启发式算法 | 第22页 |
| ·并行计算方法 | 第22-23页 |
| ·硬件加速计算方法 | 第23-24页 |
| ·硬件加速的典型工作 | 第24-35页 |
| ·Splash 和Splash-2 | 第24-28页 |
| ·BISP 和SAMBA | 第28-30页 |
| ·BioScan | 第30-31页 |
| ·Kestrel 系统 | 第31-33页 |
| ·TimeLogic 公司DeCypher 系列产品 | 第33-34页 |
| ·近期的其他相关工作 | 第34-35页 |
| ·小结 | 第35-36页 |
| 第四章 全局联配算法的硬件实现 | 第36-48页 |
| ·Altera Stratix FPGA 的原理与结构 | 第36-39页 |
| ·Stratix 体系结构 | 第36-37页 |
| ·查找表（Look-Up-Table)的原理与结构 | 第37-38页 |
| ·逻辑单元LE 的结构 | 第38-39页 |
| ·编辑距离的计算方法 | 第39-40页 |
| ·编辑距离算法到逻辑的映射 | 第40-42页 |
| ·编辑距离算法处理单元PE | 第42-44页 |
| ·编辑距离算法脉动阵列 | 第44-45页 |
| ·编辑距离算法核心逻辑电路 | 第45-46页 |
| ·小结 | 第46-48页 |
| 第五章 算法可重构加速卡的设计 | 第48-60页 |
| ·两种加速卡的特点比较 | 第48页 |
| ·Matrix-DIMM 型加速卡 | 第48-55页 |
| ·DDR SDRAM 接口设计 | 第49-53页 |
| ·ZBT SRAM 接口设计 | 第53-54页 |
| ·Matrix-DIMM 加速卡FPGA 设计与实现 | 第54-55页 |
| ·Matrix-PCI 型加速卡 | 第55-59页 |
| ·PCI-X 总线接口的设计与实现 | 第55-57页 |
| ·FPGA 内部总线的设计与实现 | 第57-58页 |
| ·Matrix-PCI 加速卡FPGA 设计与实现 | 第58-59页 |
| ·小结 | 第59-60页 |
| 第六章 可重构加速卡的计算过程及其性能测试 | 第60-72页 |
| ·编辑距离算法在可重构硬件加速卡上的计算过程 | 第60-61页 |
| ·编辑距离算法在可重构硬件加速卡上的性能测试 | 第61-66页 |
| ·编辑距离算法在可重构硬件加速卡上的测试结果分析 | 第66-67页 |
| ·ClustalW 多序列联配算法在加速卡上的的性能测试 | 第67-70页 |
| ·小结 | 第70-72页 |
| 第七章 局部最优序列联配算法设计 | 第72-78页 |
| ·蛋白质序列的局部联配 | 第72-73页 |
| ·仿射空位处罚模型的局部最优序列联配算法 | 第73-74页 |
| ·序列局部联配算法PE 设计 | 第74-75页 |
| ·序列局部联配算法PE 在FPGA 中的实现 | 第75-76页 |
| ·小结 | 第76-78页 |
| 第八章 结论和展望 | 第78-80页 |
| 参考文献 | 第80-84页 |
| 致谢 | 第84-86页 |
| 作者简历 | 第86-88页 |
