| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-14页 |
| 第一章 RNA 序列与结构 | 第14-28页 |
| ·RNA 与生物信息学 | 第14-16页 |
| ·生物信息学的内涵 | 第14-15页 |
| ·生物信息学中的RNA 研究 | 第15-16页 |
| ·RNA 的生物学背景 | 第16-22页 |
| ·RNA 的组成 | 第16-18页 |
| ·RNA 的分类与功能 | 第18-19页 |
| ·RNA 的结构特性 | 第19-22页 |
| ·RNA 的二级结构 | 第22-26页 |
| ·RNA 二级结构与假结 | 第22-24页 |
| ·RNA 二级结构的图形表示方式 | 第24-25页 |
| ·RNA 二级结构的实验测定 | 第25-26页 |
| ·论文工作与安排 | 第26-28页 |
| 第二章 RNA 二级结构预测模型 | 第28-47页 |
| ·比较序列分析模型 | 第28-34页 |
| ·模型的分类 | 第28-29页 |
| ·共变模型 | 第29-32页 |
| ·随机上下文无关语法模型 | 第32-34页 |
| ·最小自由能算法 | 第34-39页 |
| ·Nussinov 的最大碱基配对算法 | 第34-36页 |
| ·Zuker 的最小自由能算法 | 第36-39页 |
| ·组合优化算法的解决方案 | 第39-43页 |
| ·螺旋区堆积法 | 第39-41页 |
| ·遗传算法 | 第41-42页 |
| ·神经网络算法 | 第42-43页 |
| ·模型总结及现有资源 | 第43-45页 |
| ·对现有模型的总结 | 第43页 |
| ·现有的RNA 结构预测软件及相关数据库 | 第43-45页 |
| ·本章小结 | 第45-47页 |
| 第三章 RNA 的遗传模拟退火算法模型 | 第47-70页 |
| ·模拟退火算法 | 第47-57页 |
| ·基本模拟退火算法 | 第47-50页 |
| ·模拟退火的渐近行为 | 第50-53页 |
| ·冷却进度表的有关问题 | 第53-56页 |
| ·模拟退火算法的改进和变型 | 第56-57页 |
| ·遗传算法 | 第57-64页 |
| ·基本遗传算法 | 第57-59页 |
| ·模式理论 | 第59-61页 |
| ·遗传算法实现的技术问题 | 第61-63页 |
| ·遗传模拟退火算法 | 第63-64页 |
| ·基于遗传模拟退火算法的RNA 二级结构预测 | 第64-69页 |
| ·RNA 二级结构的编码 | 第64-66页 |
| ·RNA 的遗传模拟退火算法实现 | 第66-67页 |
| ·预测结果与讨论 | 第67-69页 |
| ·本章小结 | 第69-70页 |
| 第四章 RNA 的动态权重匹配模型 | 第70-97页 |
| ·最大权重匹配方法 | 第70-75页 |
| ·RNA 的最大权重匹配算法模型 | 第70-72页 |
| ·碱基配对权重值的确定 | 第72-74页 |
| ·改进的最大权重匹配模型 | 第74-75页 |
| ·最大权重匹配算法的理论基础 | 第75-86页 |
| ·基本概念和定理 | 第75-78页 |
| ·非二分图的最大基数匹配算法 | 第78-81页 |
| ·非二分图的最大权重匹配算法 | 第81-86页 |
| ·基于动态权重匹配算法的RNA 折叠 | 第86-96页 |
| ·动态权重的由来 | 第86-88页 |
| ·RNA 的动态权重匹配算法实现 | 第88-90页 |
| ·预测结果与讨论 | 第90-96页 |
| ·本章小结 | 第96-97页 |
| 第五章 MicroRNA 基因的计算机筛选和预测 | 第97-112页 |
| ·MicroRNA 的生物背景 | 第97-99页 |
| ·MicroRNA 的功能及特点 | 第97-98页 |
| ·MicroRNA 的计算机识别 | 第98-99页 |
| ·miRdetector 系统实现及其在水稻miRNA 基因筛选中的应用 | 第99-111页 |
| ·基于水稻全基因组的miRdetector 算法流程及实现 | 第99-102页 |
| ·识别参数的选取 | 第102-104页 |
| ·测试数据集和评价指标 | 第104-106页 |
| ·预测结果与讨论 | 第106-111页 |
| ·本章小结 | 第111-112页 |
| 第六章 总结与展望 | 第112-117页 |
| ·论文总结 | 第112-115页 |
| ·存在的问题和今后的工作 | 第115-117页 |
| 参考文献 | 第117-124页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第124-125页 |
| 致谢 | 第125-126页 |
| 博硕士学位论文同意发表声明 | 第126-127页 |
| 发表意见书 | 第127页 |