| 第一章 引言 | 第1-23页 |
| 第一节 分子系统学的发展趋势 | 第14-15页 |
| 第二节 分子序列数据的特点 | 第15-16页 |
| 第三节 序列分析技术和基因组时代的分子系统学 | 第16-19页 |
| 第四节 实验和计算的关系 | 第19-20页 |
| 第五节 建立分子进化和系统发育分析平台的目的 | 第20-23页 |
| 第二章 分子进化和系统发育分析平台的建立 | 第23-29页 |
| 第一节 分析平台的开发 | 第23-24页 |
| 第二节 系统结构和服务内容 | 第24-29页 |
| 第三章 专业数据库的使用 | 第29-40页 |
| 第四章 分析技术简介 | 第40-57页 |
| 第一节 系统发育树重建 | 第40-47页 |
| 1 序列替代模型 | 第40-43页 |
| 2 最大似然法和似然比检验 | 第43-45页 |
| 3 贝叶斯推测 | 第45-47页 |
| 4 系统发育重建方法的比较 | 第47页 |
| 第二节 分子进化速率和分歧时间的估计 | 第47-50页 |
| 第三节 性状进化的假说检验 | 第50-52页 |
| 第四节 祖先分布区的重建 | 第52页 |
| 第五节 密码子水平适应性进化的检测 | 第52-57页 |
| 1 基因重复和适应性进化 | 第52-53页 |
| 2 密码子替代模型 | 第53-54页 |
| 3 分支间可变选择压力模型的似然比检验 | 第54-55页 |
| 4 位点间可变选择压力模型的似然比检验 | 第55-56页 |
| 5 分支-位点间可变选择压力模型的似然比检验 | 第56-57页 |
| 第五章 分析技术的实现 | 第57-103页 |
| 第一节 PAUP软件包的重要命令和分析模块 | 第57-85页 |
| 1 PAUP软件包的重要命令 | 第57-58页 |
| 2 PAUP软件包的分析模块 | 第58-83页 |
| 3 PAUP软件包的界面和分析模块的应用 | 第83-85页 |
| 第二节 Modeltest程序的命令 | 第85-89页 |
| 第三节 Seq-Gen程序的命令和分析模块 | 第89-91页 |
| 1 Seq-Gen程序的命令 | 第89页 |
| 2 Seq-Gen程序的分析模块 | 第89-91页 |
| 第四节 MrBayes程序的重要命令和分析模块 | 第91-95页 |
| 1 MrBayes程序的重要命令 | 第91-92页 |
| 2 MrBayes程序的分析模块 | 第92-95页 |
| 第五节 r8s程序的重要命令和分析模块 | 第95-99页 |
| 1 r8s程序的重要命令 | 第95-96页 |
| 2 r8s程序的分析模块 | 第96-99页 |
| 第六节 DIVA程序的分析模块 | 第99-103页 |
| 第六章 系统发育重建方法的应用实例--杨梅科的系统位置和间隔性状的系统学价值 | 第103-111页 |
| 1 引言 | 第103-104页 |
| 2 材料和分析方法 | 第104-105页 |
| 3 结果和讨论 | 第105-111页 |
| 第七章 扩散-替代分析方法的应用实例--壳斗目植物地理分布历史的重建 | 第111-117页 |
| 1 引言 | 第111页 |
| 2 材料和分析方法 | 第111页 |
| 3 结果和讨论 | 第111-117页 |
| 第八章 罚分似然法的应用实例--壳斗目科间分歧时间的估计 | 第117-125页 |
| 1 引言 | 第117页 |
| 2 材料和分析方法 | 第117-119页 |
| 3 结果和讨论 | 第119-125页 |
| 第九章 密码子水平适应性进化检测的应用实例--SARS冠状病毒S基因正选择的检测 | 第125-130页 |
| 1 引言 | 第125页 |
| 2 材料和分析方法 | 第125-127页 |
| 3 结果和讨论 | 第127-130页 |
| 参考文献 | 第130-144页 |
| 致谢 | 第144-145页 |
| 发表论文 | 第145-186页 |
