| 内容提要 | 第1-7页 |
| 第1章 前言 | 第7-14页 |
| ·计算机模拟概述 | 第7-9页 |
| ·蛋白质结构预测 | 第9-10页 |
| ·研究受体与配体相互作用的主要方法 | 第10-12页 |
| ·分子对接 | 第11页 |
| ·分子动力学 | 第11-12页 |
| ·论文主要研究内容 | 第12-14页 |
| 第2章 理论计算方法简介 | 第14-24页 |
| ·同源模建 | 第14-15页 |
| ·分子对接 | 第15-16页 |
| ·力场 | 第16-18页 |
| ·Born-Oppenheimer 近似 | 第16-17页 |
| ·力场的组成和定义 | 第17页 |
| ·能量表示 | 第17-18页 |
| ·力场参数化 | 第18页 |
| ·分子力学 | 第18-21页 |
| ·优化的概念 | 第19页 |
| ·优化算法 | 第19-20页 |
| ·优化中要注意的几点 | 第20-21页 |
| ·分子动力学 | 第21-24页 |
| ·基本原理 | 第21-22页 |
| ·分子动力学的局限和优越性 | 第22-24页 |
| 第3章 CDMMP26 的结构预测及其与小分子分子对接，分子动力学研究 | 第24-45页 |
| ·引言 | 第24-27页 |
| ·理论方法和步骤 | 第27-29页 |
| ·cdMMP26 氨基酸序列 | 第27页 |
| ·cdMMP26 三维结构的同源模建 | 第27-28页 |
| ·cdMMP26 三维结构的优化与评估 | 第28页 |
| ·受体与配体的分子对接（docking） | 第28-29页 |
| ·分子动力学模拟 | 第29页 |
| ·结构与讨论 | 第29-42页 |
| ·cdMMP26 三维结构模建 | 第29-35页 |
| ·分子对接研究 | 第35-40页 |
| ·分子动力学研究 | 第40-42页 |
| ·小结 | 第42-45页 |
| 参考文献 | 第45-53页 |
| 附录 | 第53-58页 |
| 致谢 | 第58-59页 |
| 中文摘要 | 第59-61页 |
| ABSTRACT | 第61-63页 |