基于HMM的转录因子结合位点识别方法研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-8页 |
| 第一章 引言 | 第8-13页 |
| ·生物信息学背景知识 | 第8-9页 |
| ·转录因子结合位点识别方法的研究目的与意义 | 第9-10页 |
| ·转录因子结合位点预测理论的研究现状 | 第10-11页 |
| ·本文主要内容 | 第11-13页 |
| 第二章 基本概念与原理 | 第13-19页 |
| ·基因表达和调控 | 第13-14页 |
| ·转录调控 | 第14-18页 |
| ·转录因子 | 第15-16页 |
| ·转录因子结合位点 | 第16-17页 |
| ·转录因子的类型 | 第17-18页 |
| ·本章小结 | 第18-19页 |
| 第三章 隐马尔科夫模型及其应用 | 第19-30页 |
| ·马尔可夫模型 | 第19-20页 |
| ·隐马尔可夫模型 | 第20-22页 |
| ·隐马尔可夫模型的基本问题和算法 | 第22-27页 |
| ·前向算法和后向算法 | 第22-24页 |
| ·Viterbi 算法 | 第24-25页 |
| ·Baum-Welch（EM）算法 | 第25-27页 |
| ·隐马尔可夫模型生物信息学中应用 | 第27-29页 |
| ·剖面隐马尔科夫模型（profile HMM） | 第27-28页 |
| ·隐马尔科夫模型在识别基因上的应用 | 第28-29页 |
| ·隐马尔科夫模型的优缺点 | 第29页 |
| ·本章小结 | 第29-30页 |
| 第四章基于HMM 的转录因子结合位点识别 | 第30-40页 |
| ·数据的选取 | 第30-31页 |
| ·新隐马尔科夫模型框架的构建 | 第31-32页 |
| ·相关位置得分函数 | 第32-36页 |
| ·碱基相关性的表示计算方法 | 第32-35页 |
| ·本文采用的碱基相关性计算标准 | 第35-36页 |
| ·应用新模型识别转录因子结合位点 | 第36-39页 |
| ·算法流程 | 第36-37页 |
| ·实验结果统计分析 | 第37-39页 |
| ·本章小结 | 第39-40页 |
| 第五章 结论 | 第40-42页 |
| ·总结 | 第40页 |
| ·展望 | 第40-42页 |
| 参考文献 | 第42-46页 |
| 致谢 | 第46-47页 |
| 在学期间公开发表论文及著作情况 | 第47页 |
