| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-20页 |
| ·研究课题的背景 | 第10-11页 |
| ·剪接过程与可变剪接简介 | 第11-14页 |
| ·剪接位点和剪接反应 | 第11-12页 |
| ·可变剪接 | 第12-14页 |
| ·剪接位点及其侧翼竞争者预测研究现状 | 第14-16页 |
| ·目前主要的剪接位点预测方法 | 第14-15页 |
| ·存在的问题 | 第15页 |
| ·目前报道的已知剪接位点侧翼竞争者预测主要方法 | 第15-16页 |
| ·最大信息原理及其理论生物学应用简述 | 第16-17页 |
| ·最大信息原理介绍 | 第16页 |
| ·最大信息原理的理论生物学应用简述 | 第16-17页 |
| ·剪接位点片段所涉及的反应自由能概念 | 第17-18页 |
| ·论文的研究内容与安排 | 第18-20页 |
| 第二章 传统最大信息原理在剪接位点预测中应用的研究 | 第20-33页 |
| ·引言 | 第20页 |
| ·根据最大信息原理推导出反应自由能表达式 | 第20-24页 |
| ·受约束保守位点范围的估计 | 第24-25页 |
| ·反应自由能表达式在剪接位点预测中的应用 | 第25-32页 |
| ·数据集 | 第26页 |
| ·伪计数方法 | 第26-27页 |
| ·预测模型的评估和预测规则 | 第27-29页 |
| ·参与预测的位点范围估计 | 第29-30页 |
| ·预测结果 | 第30-32页 |
| ·小结 | 第32-33页 |
| 第三章 剪接位点片段反应自由能估计方法的改进 | 第33-44页 |
| ·引言 | 第33页 |
| ·使用改进的自由能加性假设和最大信息原理导出反应自由能表达式 | 第33-38页 |
| ·改进后的反应自由能表达式在剪接位点预测中的应用 | 第38-42页 |
| ·等式(3-13)中最优k值的估计 | 第38页 |
| ·预测结果与讨论 | 第38-42页 |
| ·小结 | 第42-44页 |
| 第四章 使用估计的反应自由能预测可变和组成性剪接位点及其侧翼竞争者 | 第44-54页 |
| ·引言 | 第44页 |
| ·数据集 | 第44-45页 |
| ·结果与讨论 | 第45-53页 |
| ·(3-14)式中最优k值的估计 | 第46-47页 |
| ·可变和组成性剪接位点的预测结果与比较 | 第47-48页 |
| ·和其它方法的比较 | 第48-50页 |
| ·预测已知剪接位点的侧翼竞争者 | 第50-53页 |
| ·小结 | 第53-54页 |
| 第五章 选择压力指数在剪接位点预测中的应用 | 第54-65页 |
| ·引言 | 第54页 |
| ·选择压力指数表达式的一般推导过程 | 第54-56页 |
| ·运用选择压力指数预测剪接位点 | 第56-64页 |
| ·剪接位点保守片段的选择压力指数 | 第57-58页 |
| ·剪接位点侧翼序列中k-mer的选择压力指数 | 第58-61页 |
| ·二次判别分析法简介 | 第61页 |
| ·三个指标用二次判别法综合后的预测结果及讨论 | 第61-64页 |
| ·小结 | 第64-65页 |
| 第六章 剪接位点及其侧翼竞争者的进一步预测和分析 | 第65-76页 |
| ·引言 | 第65页 |
| ·信息差异指数的定义以及在剪接位点预测中的应用 | 第65-69页 |
| ·反映编码区各相位非均匀性的信息差异指数 | 第65-67页 |
| ·使用信息差异指数预测剪接位点 | 第67-69页 |
| ·剪接位点侧翼序列中k-mer所受选择情况的选择压力指数分析 | 第69-72页 |
| ·七个指标用二次判别法综合后对竞争者的预测结果及讨论 | 第72-75页 |
| ·小结 | 第75-76页 |
| 第七章 总结与展望 | 第76-79页 |
| ·本文工作总结 | 第76-78页 |
| ·工作展望 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-90页 |
| 附录 | 第90-96页 |
| 致谢 | 第96-97页 |
| 攻读博士学位期间发表和完成的学术论文 | 第97页 |
