| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-28页 |
| ·代谢网络 | 第11-17页 |
| ·代谢数据库资源 | 第11-15页 |
| ·代谢网络建模 | 第15-17页 |
| ·课题的研究意义 | 第17-18页 |
| ·相关的研究工作 | 第18-25页 |
| ·代谢网络的重构 | 第19-21页 |
| ·代谢网络的分解方法 | 第21-23页 |
| ·代谢网络的进化距离研究 | 第23-24页 |
| ·代谢网络保守模式挖掘研究 | 第24-25页 |
| ·论文的主要研究内容 | 第25-26页 |
| ·论文的结构 | 第26-28页 |
| 第二章 发现交叠社团的快速层次化算法 | 第28-40页 |
| ·复杂网络概述 | 第28-32页 |
| ·复杂网络的拓扑结构特性 | 第28-30页 |
| ·社团发现算法 | 第30-32页 |
| ·发现交叠社团的快速层次化算法F-HOC | 第32-35页 |
| ·实验结果与分析 | 第35-38页 |
| ·算法的精度 | 第35-36页 |
| ·算法的运行效率 | 第36-38页 |
| ·交叠点的识别度 | 第38页 |
| ·本章小结 | 第38-40页 |
| 第三章 基于社团连通性的代谢网络分解算法 | 第40-57页 |
| ·数据准备与网络重构 | 第40-41页 |
| ·代谢网络的拓扑特征分析 | 第41-45页 |
| ·度分布与无标度性 | 第41-43页 |
| ·聚集系数与模块性 | 第43-44页 |
| ·特征路径长度与小世界性 | 第44-45页 |
| ·基于社团连通性的代谢网络分解算法CMD | 第45-47页 |
| ·实验结果与分析 | 第47-56页 |
| ·参数设置对结果的影响 | 第47-49页 |
| ·算法的敏感度和特异性 | 第49-51页 |
| ·与代谢网络数据库中已知功能模块比较分析 | 第51-56页 |
| ·本章小结 | 第56-57页 |
| 第四章 代谢网络节点中心性分析及网络比较方法 | 第57-75页 |
| ·代谢网络的节点中心性 | 第57-59页 |
| ·主成分分析 | 第59-63页 |
| ·选取主成分 | 第60-62页 |
| ·主成分数据的序列化 | 第62-63页 |
| ·小波分析与相似性比较 | 第63-64页 |
| ·小波分析 | 第63-64页 |
| ·主成分特征相似性 | 第64页 |
| ·基于主成分分析和小波变换的代谢网络比较方法MWD | 第64-66页 |
| ·实验 | 第66-73页 |
| ·实验设计 | 第66-67页 |
| ·实验结果及分析 | 第67-69页 |
| ·与模式生物的进化距离比较分析 | 第69-73页 |
| ·本章小结 | 第73-75页 |
| 第五章 代谢网络闭合频繁子图挖掘算法 | 第75-89页 |
| ·相关知识 | 第75-77页 |
| ·图同构及子图同构 | 第75-76页 |
| ·频繁子图挖掘 | 第76-77页 |
| ·模型及问题描述 | 第77-78页 |
| ·闭合频繁子图高效挖掘算法MaxFP | 第78-85页 |
| ·FP-树 | 第79-82页 |
| ·MaxFP算法 | 第82-84页 |
| ·数据后处理 | 第84-85页 |
| ·实验结果与分析 | 第85-88页 |
| ·本章小结 | 第88-89页 |
| 第六章 总结 | 第89-93页 |
| ·主要贡献和创新点 | 第89-91页 |
| ·展望 | 第91-93页 |
| 参考文献 | 第93-105页 |
| 致谢 | 第105-107页 |
| 攻读博士学位期间主要的研究成果 | 第107页 |