| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 前言 | 第8-17页 |
| 一. 保加利亚乳酸杆菌 | 第8-11页 |
| 二. 基因组测序技术 | 第11-16页 |
| 三. 比较基因组学发展 | 第16-17页 |
| 第一章. 保加利亚乳酸杆菌2038株的基因组测序 | 第17-26页 |
| 一. 细菌培养和基因组抽提 | 第17页 |
| 二. 文库构建 | 第17-19页 |
| 1. pUC18质粒文库的构建 | 第17-18页 |
| 2. pSMART-LCKan文库的构建 | 第18-19页 |
| 三. 测序和拼装 | 第19-20页 |
| 四. Gap closing | 第20-24页 |
| 1. 填补Sequence Gap | 第20页 |
| 2. 填补物理Gap | 第20-23页 |
| 3. 低值区域重测 | 第23-24页 |
| 五. 讨论 | 第24-26页 |
| 1. 文库构建 | 第24页 |
| 2. PCR | 第24-25页 |
| 3. 重复序列 | 第25-26页 |
| 第二章. 保加利亚乳酸杆菌2038株的基因组学分析 | 第26-66页 |
| 一. 基因预测和注释 | 第26-27页 |
| 二. 保加利亚乳酸杆菌2038的基因组基本特征 | 第27-42页 |
| 1. 蛋白功能分类 | 第28-31页 |
| 2. 复制起始点和终止点 | 第31页 |
| 3. 原噬菌体和IS element(insertion sequence elements) | 第31-34页 |
| 4. 转运系统 | 第34-37页 |
| 5. 蛋白水解系统 | 第37-41页 |
| 6. 分泌系统 | 第41-42页 |
| 三. 保加利亚乳酸杆菌2038株的糖代谢 | 第42-48页 |
| 1. 糖酵解 | 第42-43页 |
| 2. 丙酮酸转化 | 第43-45页 |
| 3. 三羧酸循环 | 第45页 |
| 4. 磷酸戊糖途径 | 第45-46页 |
| 5. 乙酰CoA的产生 | 第46-48页 |
| 四. 保加利亚乳酸杆菌2038株的氨基酸合成 | 第48-53页 |
| 1. 天冬氨酸和天冬酰胺合成 | 第48页 |
| 2. 苏氨酸和赖氨酸合成 | 第48-49页 |
| 3. N固定 | 第49页 |
| 4. 谷氨酸和天冬氨酸的作用 | 第49-51页 |
| 5. 甲硫氨酸合成 | 第51页 |
| 6. 丝氨酸,半胱氨酸合成 | 第51-52页 |
| 7. 其它的氨基酸合成酶基因 | 第52-53页 |
| 五. 保加利亚乳酸杆菌2038株的嘌呤、嘧啶和辅因子合成 | 第53-58页 |
| 六. 保加利亚乳酸杆菌2038株的抗逆能力 | 第58-60页 |
| 1. 氧气耐受能力 | 第58页 |
| 2. 酸耐受能力 | 第58-59页 |
| 3. 其它抗逆反应 | 第59-60页 |
| 七. 风味物质产生 | 第60-61页 |
| 八. 保加利亚乳酸杆菌2038株与嗜热链球菌的协同作用 | 第61-63页 |
| 1. 半乳糖利用 | 第61页 |
| 2. 氧气耐受 | 第61-62页 |
| 3. 酸耐受 | 第62-63页 |
| 九. 讨论 | 第63-66页 |
| 1. 基因预测 | 第63-64页 |
| 2. 密码子使用指数分析 | 第64页 |
| 3. 基因组特征 | 第64-66页 |
| 第三章. 保加利亚乳酸杆菌的比较基因组学分析 | 第66-88页 |
| 一. 特有的赖氨酸合成能力 | 第68-70页 |
| 二. 特有的蛋白酶系统 | 第70页 |
| 三. 转化天冬氨酸进入碳循环 | 第70-71页 |
| 四. 产甲酸能力 | 第71页 |
| 五. 胞外多糖合成 | 第71-75页 |
| 六. Ⅱ型限制修饰系统 | 第75-77页 |
| 七. 错配修复基因 | 第77页 |
| 八. 耐酸能力 | 第77-78页 |
| 九. 讨论 | 第78-88页 |
| 1. 比较基因组学 | 第78-80页 |
| 2. 特有基因 | 第80-88页 |
| 第四章. 保加利亚乳酸杆菌2038株基因组的进化分析 | 第88-94页 |
| 一. 基因进化速率分析 | 第88-91页 |
| 二. 基于基因关系网络的系统发育学分析 | 第91-93页 |
| 三. 讨论 | 第93-94页 |
| 总结 | 第94-95页 |
| 参考文献 | 第95-100页 |
| 在读期间发表论文 | 第100-101页 |
| 致谢 | 第101-102页 |
