| 中文摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 英文缩写词表 | 第10-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-18页 |
| 1.1 前言 | 第11-12页 |
| 1.2 前列腺癌与转录组学研究 | 第12-14页 |
| 1.2.1 转录组学技术 | 第12-13页 |
| 1.2.2 前列腺癌中的转录组研究进展 | 第13-14页 |
| 1.3 WGCNA理论基础 | 第14-16页 |
| 1.4 GO以及KEGG生物学富集分析 | 第16-17页 |
| 1.4.1 GO功能注释 | 第16页 |
| 1.4.2 KEGG通路分析 | 第16-17页 |
| 1.5 论文结构和研究的目的 | 第17-18页 |
| 第二章 前列腺癌症RNA-seq数据预处理和差异分析 | 第18-23页 |
| 2.1 数据来源 | 第18页 |
| 2.2 数据预处理 | 第18-19页 |
| 2.3 样本差异分析 | 第19-21页 |
| 2.4 差异基因的富集分析结果 | 第21-22页 |
| 2.5 小结 | 第22-23页 |
| 第三章 权重基因共表达网络分析 | 第23-63页 |
| 3.1 权重基因共表达网络分析 | 第23-26页 |
| 3.1.1 去除离群值 | 第23页 |
| 3.1.2 选择无尺度分布参数 | 第23-24页 |
| 3.1.3 计算拓扑重叠矩阵以及剪切模块 | 第24-25页 |
| 3.1.4 权重基因共表达网络与临床信息的联系 | 第25页 |
| 3.1.5 选定模块的枢纽基因 | 第25-26页 |
| 3.2 发生风险相关权重基因共表达网络分析结果 | 第26-48页 |
| 3.2.1 离群值剔除 | 第26-27页 |
| 3.2.2 软阈值筛选 | 第27-29页 |
| 3.2.3 基因模块确定 | 第29-30页 |
| 3.2.4 发生风险权重基因共表达网络与临床信息的联系 | 第30-31页 |
| 3.2.5 发生风险显著相关模块的富集分析 | 第31-41页 |
| 3.2.6 模块显著性分析 | 第41-42页 |
| 3.2.7 发生风险模块的基因显著性与模块身份的关联性 | 第42-43页 |
| 3.2.8 发生风险模块的枢纽基因的筛选 | 第43-45页 |
| 3.2.9 发生风险模块的枢纽基因的验证 | 第45-48页 |
| 3.2.10 小结 | 第48页 |
| 3.3 进展风险相关基因表达网络分析结果 | 第48-60页 |
| 3.3.1 离群值剔除 | 第48-49页 |
| 3.3.2 软阈值筛选 | 第49-50页 |
| 3.3.3 基因模块确定 | 第50-52页 |
| 3.3.4 进展风险权重基因共表达网络与临床信息的联系 | 第52-53页 |
| 3.3.5 进展风险显著相关模块的富集分析 | 第53-55页 |
| 3.3.6 进展风险显著相关模块枢纽基因的筛选 | 第55-56页 |
| 3.3.7 进展风险显著相关模块枢纽基因的验证 | 第56-57页 |
| 3.3.8 进展风险显著相关模块枢纽基因预后分析 | 第57-59页 |
| 3.3.9 小结 | 第59-60页 |
| 3.4 联合分析发生风险模块和进展风险相关模块 | 第60-63页 |
| 3.4.1 前列腺癌发生和进展共有基因的富集分析结果 | 第60-62页 |
| 3.4.2 小结 | 第62-63页 |
| 第四章 结论 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-69页 |
| 作者简介及在学期间所取得的科研成果 | 第69-70页 |
| 致谢 | 第70页 |
