| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第12-17页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第12-15页 |
| 1.1.1 miRNA的发现 | 第12-13页 |
| 1.1.2 miRNA的概念和特点 | 第13页 |
| 1.1.3 miRNA的产生过程 | 第13-14页 |
| 1.1.4 miRNA的功能 | 第14-15页 |
| 1.2 miRNA测序研究概述 | 第15页 |
| 1.3 存在的主要问题 | 第15-16页 |
| 1.4 本文的工作及组织结构 | 第16-17页 |
| 第二章 基于Galaxy平台及miRspring的测序数据分析方法 | 第17-23页 |
| 2.1 Galaxy平台 | 第17-18页 |
| 2.2 miRspring测序分析方法 | 第18-19页 |
| 2.2.1 测序数据分析概述 | 第18-19页 |
| 2.2.2 测序数据分析方法 | 第19页 |
| 2.2.3 测序数据文档可视化方法 | 第19页 |
| 2.2.4 miRNA测序加工计算方法 | 第19页 |
| 2.3 基于Galaxy平台的miRspring集成分析方法 | 第19-21页 |
| 2.4 本章小结 | 第21-23页 |
| 第三章 基于Galaxy平台及miRspring的测序数据分析系统 | 第23-35页 |
| 3.1 系统概述 | 第23-25页 |
| 3.1.1 系统使用环境 | 第23-24页 |
| 3.1.2 系统总体架构 | 第24-25页 |
| 3.2 数据预处理模块 | 第25-27页 |
| 3.2.1 切掉衔接子 | 第25-26页 |
| 3.2.2 比对miRBase数据库 | 第26-27页 |
| 3.2.3 转化为二进制文件 | 第27页 |
| 3.2.4 排序及索引化 | 第27页 |
| 3.3 集成Galaxy平台与miRspring模块 | 第27-28页 |
| 3.3.1 程序说明文件 | 第27-28页 |
| 3.3.2 工具配置文件 | 第28页 |
| 3.4 对比分析模块 | 第28-30页 |
| 3.4.1 5 'isomiRs与3’isomoRs | 第29页 |
| 3.4.2 miRNA长度与偏置 | 第29页 |
| 3.4.3 非规范处理 | 第29页 |
| 3.4.4 miRNA编辑 | 第29-30页 |
| 3.4.5 样本片段统计结果 | 第30页 |
| 3.5 可视化结果呈现模块 | 第30-32页 |
| 3.6 用户管理模块 | 第32-34页 |
| 3.6.1 数字签名 | 第32-33页 |
| 3.6.2 用户管理 | 第33-34页 |
| 3.7 本章小结 | 第34-35页 |
| 第四章 系统测试及分析 | 第35-48页 |
| 4.1 测试环境 | 第35页 |
| 4.2 测试数据及预处理 | 第35-36页 |
| 4.2.1 切掉衔接子 | 第35-36页 |
| 4.2.2 比对miRBase数据库 | 第36页 |
| 4.2.3 转化为二进制文件 | 第36页 |
| 4.2.4 排序及索引化 | 第36页 |
| 4.3 实验测试 | 第36-37页 |
| 4.4 测试结果对比 | 第37-45页 |
| 4.4.1 正常样本分析结果 | 第37-39页 |
| 4.4.2 癌症样本分析结果 | 第39-41页 |
| 4.4.3 癌旁样本分析结果 | 第41-43页 |
| 4.4.4 样本片段对比 | 第43-45页 |
| 4.5 实验结果分析 | 第45-46页 |
| 4.6 测试结论 | 第46-47页 |
| 4.6.1 系统实现的功能 | 第46页 |
| 4.6.2 系统存在的问题 | 第46-47页 |
| 4.7 本章小结 | 第47-48页 |
| 第五章 总结与展望 | 第48-50页 |
| 5.1 论文的总结 | 第48-49页 |
| 5.2 展望 | 第49-50页 |
| 致谢 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-53页 |
| 作者简介 | 第53页 |
