结核分枝杆菌基因组重注释研究
| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-16页 |
| 1.1 研究背景与研究意义 | 第10-12页 |
| 1.1.1 结核分枝杆菌基因组学的研究发展 | 第10-11页 |
| 1.1.2 基因组重注释 | 第11-12页 |
| 1.1.3 基因组重注释自动化工具 | 第12页 |
| 1.1.4 研究意义 | 第12页 |
| 1.2 与本文相关的生物学知识 | 第12-14页 |
| 1.3 本文研究内容和组织结构 | 第14-16页 |
| 第二章 排除结核分枝杆菌基因组非编码ORFs | 第16-30页 |
| 2.1 数据来源 | 第16-17页 |
| 2.2 基因组大小与基因数目间的线性关系 | 第17-19页 |
| 2.3 排除非编码ORFs | 第19-21页 |
| 2.3.1 基因分类 | 第19页 |
| 2.3.2 ORFs判定 | 第19-21页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第21-29页 |
| 2.5 小结 | 第29-30页 |
| 第三章 查找结核分枝杆菌基因组新基因 | 第30-39页 |
| 3.1 数据来源 | 第30页 |
| 3.2 工具介绍 | 第30-33页 |
| 3.2.1 Prodigal | 第30-32页 |
| 3.2.2 Zcurve 2.0 | 第32页 |
| 3.2.3 Blast | 第32-33页 |
| 3.3 查找新基因方法 | 第33-35页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第35-38页 |
| 3.5 小结 | 第38-39页 |
| 第四章 基因组重注释自动化工具设计与开发 | 第39-49页 |
| 4.1 基因组重注释自动化工具总体设计 | 第39-42页 |
| 4.1.1 工具框架设计 | 第39-41页 |
| 4.1.2 服务流程设计 | 第41-42页 |
| 4.2 基因组重注释自动化工具框架与服务实现 | 第42-44页 |
| 4.2.1 用户交互界面实现 | 第42页 |
| 4.2.2 重注释服务功能实现 | 第42-44页 |
| 4.3 基因组重注释自动化工具运行与效果 | 第44-48页 |
| 4.4 小结 | 第48-49页 |
| 第五章 总结与展望 | 第49-51页 |
| 5.1 总结 | 第49-50页 |
| 5.2 展望 | 第50-51页 |
| 致谢 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-55页 |
| 附录 Ⅰ | 第55-58页 |
| 附录 Ⅱ | 第58-71页 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 | 第71-72页 |
