| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-26页 |
| 1.1 人群与地区分布状况 | 第11-12页 |
| 1.2 胃癌病理诊断、分型及分期 | 第12-16页 |
| 1.2.1 胃癌诊断及早期诊断 | 第12-13页 |
| 1.2.2 胃癌的组织病理学分型 | 第13页 |
| 1.2.3 TNM 分期 | 第13-15页 |
| 1.2.4 分子分期与分子分型 | 第15-16页 |
| 1.3 治疗方法 | 第16-18页 |
| 1.3.1 早期胃癌治疗方法 | 第16-17页 |
| 1.3.2 进展期胃癌的治疗现状 | 第17-18页 |
| 1.3.2.1 手术治疗 | 第17页 |
| 1.3.2.2 非手术治疗 | 第17-18页 |
| 1.4 胃癌相关研究进展 | 第18-19页 |
| 1.5 基因芯片技术在胃癌研究中的应用 | 第19-21页 |
| 1.5.1 基因表达谱与基因芯片技术 | 第19-20页 |
| 1.5.2 芯片数据的分析 | 第20-21页 |
| 1.5.3 DNA 微阵列技术在胃癌中的应用 | 第21页 |
| 1.6 胃癌的预后与生存率 | 第21-22页 |
| 1.7 系统生物学与胃癌研究 | 第22-26页 |
| 第二章 材料与方法 | 第26-44页 |
| 2.1 研究思路 | 第26-27页 |
| 2.2 样本收集 | 第27-28页 |
| 2.3 材料与软件 | 第28-29页 |
| 2.3.1 实验仪器 | 第28页 |
| 2.3.2 实验试剂 | 第28页 |
| 2.3.3 生物信息学软件及网站 | 第28-29页 |
| 2.3.3.1 主要软件 | 第28-29页 |
| 2.3.3.2 主要网站 | 第29页 |
| 2.4 实验步骤 | 第29-44页 |
| 2.4.1 RNA 的抽提与纯化 | 第29-30页 |
| 2.4.2 样品 RNA 的标记 | 第30页 |
| 2.4.3 芯片杂交 | 第30-32页 |
| 2.4.4 结果扫描 | 第32页 |
| 2.4.5 原始数据标准化 | 第32页 |
| 2.4.6 差异表达基因筛选 | 第32-35页 |
| 2.4.7 聚类分析 | 第35-36页 |
| 2.4.8 功能分析 | 第36-37页 |
| 2.4.9 WGCNA 加权基因共表达网络 | 第37-44页 |
| 第三章 实验结果 | 第44-98页 |
| 3.1 基因芯片质量控制 | 第44-46页 |
| 3.1.1 组织样品中 RNA 纯度检测 | 第44-45页 |
| 3.1.2 芯片扫描和箱线图 | 第45-46页 |
| 3.2 差异表达基因筛选 | 第46-53页 |
| 3.2.1 芯片实验火山图 | 第46-48页 |
| 3.2.2 差异表达基因初筛结果 | 第48-53页 |
| 3.3 GO 分析 | 第53-61页 |
| 3.4 聚类分析 | 第61-62页 |
| 3.5 通路分析 | 第62-81页 |
| 3.5.1 粘着连接通路（adherens junction pathway） | 第66-67页 |
| 3.5.2 白细胞跨内皮转移（leukocyte transendothelial migration） | 第67-68页 |
| 3.5.3 粘着斑途径(focal adhesion pathway) | 第68-73页 |
| 3.5.4 粘着斑途径与胃癌分期及生存率关系 | 第73-81页 |
| 3.6 分子分期与预后 | 第81-83页 |
| 3.6.1 分子分期标记物的筛选 | 第81-82页 |
| 3.6.2 分子分期标记预后分析 | 第82-83页 |
| 3.7 WGCNA 加权基因共表达网络构建 | 第83-97页 |
| 3.7.1 胃癌原发灶共表达网络 | 第84-86页 |
| 3.7.2 共表达模块与表型关联分析 | 第86-88页 |
| 3.7.3 正常胃黏膜共表达网络 | 第88-92页 |
| 3.7.4 胃癌分子标记物的筛选 | 第92-97页 |
| 3.8 结果讨论 | 第97-98页 |
| 参考文献 | 第98-104页 |
| 致谢 | 第104-105页 |
| 攻读硕士学位期间主要研究成果 | 第105-107页 |
