| 摘要 | 第8-12页 |
| ABSTRACT | 第12-15页 |
| 符号说明 | 第16-18页 |
| 第一章 文献综述 | 第18-38页 |
| 1.1 达托霉素及其它脂肽类抗生素 | 第18-24页 |
| 1.1.1 达托霉素的发现及其抗菌作用机制 | 第18-19页 |
| 1.1.2 达托霉素的生物合成 | 第19-21页 |
| 1.1.3 与达托霉素结构类似的环脂肽类抗生素 | 第21-23页 |
| 1.1.4 联苯脂肽类抗生素—arylomycin | 第23-24页 |
| 1.2 脂肽类抗生素与细菌脂肪酸生物合成 | 第24-29页 |
| 1.2.1 FAS Ⅱ催化脂肪酸合成过程 | 第25-26页 |
| 1.2.2 FabH的底物特异性决定脂肪酸链的结构 | 第26-27页 |
| 1.2.3 支链脂肪酸合成前体的来源 | 第27-29页 |
| 1.3 微生物次级代谢产物的生物合成途径及基因组挖掘 | 第29-35页 |
| 1.3.1 微生物次级代谢产物的生物合成途径 | 第29-32页 |
| 1.3.2 基因组挖掘 | 第32-35页 |
| 1.4 转录组分析在微生物次级代谢产物合成研究中的应用 | 第35-36页 |
| 1.5 本课题的研究目的与内容 | 第36-38页 |
| 第二章 链霉菌HCCB10043基因组草图测序及次级代谢产物生物合成基因簇挖掘 | 第38-56页 |
| 2.1 前言 | 第38页 |
| 2.2 实验材料 | 第38-41页 |
| 2.2.1 菌种 | 第38页 |
| 2.2.2 引物 | 第38-39页 |
| 2.2.3 培养基 | 第39-40页 |
| 2.2.4 主要试剂 | 第40页 |
| 2.2.5 主要仪器 | 第40-41页 |
| 2.3 试验方法 | 第41-43页 |
| 2.3.1 链霉菌HCCB10043的培养 | 第41页 |
| 2.3.2 链霉菌HCCB10043基因组DNA提取 | 第41页 |
| 2.3.3 链霉菌HCCB10043基因组测序、拼接及注释 | 第41-42页 |
| 2.3.4 NRPS及PKS分析 | 第42页 |
| 2.3.5 链霉菌HCCB10043总RNA提取 | 第42页 |
| 2.3.6 RT-PCR | 第42-43页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第43-54页 |
| 2.4.1 获得链霉菌HCCB10043基因组DNA | 第43-44页 |
| 2.4.2 链霉菌HCCB10043基因组测序结果 | 第44-45页 |
| 2.4.3 链霉菌HCCB10043蛋白功能分类 | 第45-46页 |
| 2.4.4 链霉菌HCCB10043 KEGG通路分析 | 第46-47页 |
| 2.4.5 链霉菌HCCB10043基因组中的次级代谢产物生物合成基因簇 | 第47-53页 |
| 2.4.6 次级代谢产物生物合成基因簇中相关基因的转录分析 | 第53-54页 |
| 2.5 本章小结 | 第54-56页 |
| 第三章 N4基因簇代谢产物鉴定及其基因功能研究 | 第56-92页 |
| 3.1 前言 | 第56页 |
| 3.2 实验材料 | 第56-62页 |
| 3.2.1 菌种与质粒 | 第56-58页 |
| 3.2.2 引物 | 第58-60页 |
| 3.2.3 培养基 | 第60-61页 |
| 3.2.4 主要试剂 | 第61页 |
| 3.2.5 主要溶液 | 第61页 |
| 3.2.6 主要仪器 | 第61-62页 |
| 3.3 实验方法 | 第62-68页 |
| 3.3.1 链霉菌HCCB10043及相关突变株培养 | 第62页 |
| 3.3.2 PCR反应 | 第62页 |
| 3.3.3 DNA片段与载体连接 | 第62-63页 |
| 3.3.4 质粒酶切反应 | 第63页 |
| 3.3.5 E.coli DH5α化学转化 | 第63页 |
| 3.3.6 E.coli ET12567/pUZ8002电转法感受态制备与转化 | 第63-64页 |
| 3.3.7 大肠杆菌-链霉菌接合转移 | 第64页 |
| 3.3.8 基因敲除突变株的筛选与验证 | 第64-65页 |
| 3.3.9 Southern杂交 | 第65-66页 |
| 3.3.10 发酵液处理与目标产物检测 | 第66-67页 |
| 3.3.11 MIC测定 | 第67页 |
| 3.3.12 扫描电镜样品制备 | 第67-68页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第68-90页 |
| 3.4.1 △n4-1、△n1-1、△np2-1及△p2-1突变株的构建 | 第68-71页 |
| 3.4.2 △n4-1、△n1-1、△np2-1及△p2-1突变株发酵产物分析 | 第71-73页 |
| 3.4.3 Arylomycin生物合成基因簇(N4簇)编码NRPSs蛋白功能分析 | 第73-74页 |
| 3.4.4 aryF、aryG及aryH功能研究 | 第74-76页 |
| 3.4.5 aryC功能研究 | 第76-83页 |
| 3.4.6 aryI及aryJ功能研究 | 第83-89页 |
| 3.4.7 Arylomycin的生物合成过程 | 第89-90页 |
| 3.5 本章小结 | 第90-92页 |
| 第四章 fabH及bkd在A21978C和arylomycin脂肪酸侧链合成中的作用研究 | 第92-112页 |
| 4.1 前言 | 第92-93页 |
| 4.2 材料 | 第93-98页 |
| 4.2.1 菌种与质粒 | 第93-94页 |
| 4.2.2 引物 | 第94-97页 |
| 4.2.3 培养基 | 第97页 |
| 4.2.4 主要试剂 | 第97页 |
| 4.2.5 主要仪器 | 第97-98页 |
| 4.3 方法 | 第98页 |
| 4.3.1 链霉菌HCCB10043及相关突变株培养与发酵 | 第98页 |
| 4.3.2 发酵液处理与产物检测 | 第98页 |
| 4.3.3 载体去磷酸化 | 第98页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第98-110页 |
| 4.4.1 fab簇外fabH缺失突变株的构建与发酵 | 第98-101页 |
| 4.4.2 fab簇内fabH基因的替换 | 第101-104页 |
| 4.4.3 bkd缺失突变株构建及发酵产物分析 | 第104-108页 |
| 4.4.4 bkdA1B1C1回补及AbkdA1B1C1补料发酵 | 第108-110页 |
| 4.5 本章小结 | 第110-112页 |
| 第五章 A21978C产量差异突变株的转录组分析及相关差异基因的验证 | 第112-128页 |
| 5.1 前言 | 第112-113页 |
| 5.2 材料 | 第113-116页 |
| 5.2.1 菌种与质粒 | 第113页 |
| 5.2.2 引物 | 第113-115页 |
| 5.2.3 培养基 | 第115页 |
| 5.2.4 主要试剂 | 第115-116页 |
| 5.2.5 主要仪器 | 第116页 |
| 5.3 方法 | 第116-117页 |
| 5.3.1 链霉菌培养与发酵 | 第116页 |
| 5.3.2 RNA提取 | 第116页 |
| 5.3.3 RNA-seq及数据分析 | 第116页 |
| 5.3.4 RT-PCR | 第116页 |
| 5.3.5 发酵液处理与产物检测 | 第116页 |
| 5.3.6 链霉菌MIC测定 | 第116-117页 |
| 5.4 结果与讨论 | 第117-125页 |
| 5.4.1 C4及A9的A21978C产生趋势及RNA提取 | 第117-118页 |
| 5.4.2 RNA-seq结果分析 | 第118-120页 |
| 5.4.3 A21978C相关生物合成基因转录分析 | 第120-122页 |
| 5.4.4 RNA-seq结果验证 | 第122-123页 |
| 5.4.5 ssgG及glpK基因缺失对A21978C产量的影响 | 第123-124页 |
| 5.4.6 链霉菌C4及A9 SNV分析 | 第124-125页 |
| 5.5 本章小结 | 第125-128页 |
| 第六章 结论与展望 | 第128-132页 |
| 6.1 本研究的主要结论与创新点 | 第128-129页 |
| 6.2 展望 | 第129-132页 |
| 参考文献 | 第132-144页 |
| 附录 | 第144-174页 |
| 致谢 | 第174-176页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文与申请的专利 | 第176页 |
