ECPF：高效的聚簇同源蛋白质家族拓展算法
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第10-15页 |
| 1.1 课题的提出背景 | 第10-12页 |
| 1.1.1 蛋白质的形成和数据集 | 第10-11页 |
| 1.1.2 蛋白质聚类的研究现状 | 第11-12页 |
| 1.2 课题的研究意义 | 第12页 |
| 1.3 论文的研究内容 | 第12-13页 |
| 1.4 论文的结构 | 第13-15页 |
| 第2章 相关工作 | 第15-24页 |
| 2.1 数据集与数据处理 | 第15-16页 |
| 2.2 蛋白质的网络拓扑结构 | 第16-18页 |
| 2.3 聚类算法 | 第18-22页 |
| 2.3.1 SiLiX算法描述 | 第18-20页 |
| 2.3.2 MCL算法描述 | 第20-21页 |
| 2.3.3 其他聚类算法 | 第21-22页 |
| 2.4 聚类效果 | 第22-23页 |
| 2.5 本章小结 | 第23-24页 |
| 第3章 ECPF算法 | 第24-33页 |
| 3.1 蛋白质家族间连接 | 第24-25页 |
| 3.2 蛋白质家族拓展 | 第25-28页 |
| 3.2.1 蛋白质序列比对评分 | 第26-27页 |
| 3.2.2 选择蛋白质家族间最优连接的过程 | 第27-28页 |
| 3.2.3 拓展后蛋白质家族分布统计 | 第28页 |
| 3.3 内部连接的优化 | 第28-32页 |
| 3.3.1 模块度的定义 | 第29页 |
| 3.3.2 发现蛋白质家族内部的社区 | 第29-32页 |
| 3.4 本章小结 | 第32-33页 |
| 第4章 实验结果与讨论 | 第33-46页 |
| 4.1 在GOLD数据集上对聚类算法进行评估 | 第33页 |
| 4.2 在大型数据集上对ECPF进行评估 | 第33-39页 |
| 4.2.1 SiLiX聚类表现 | 第35-36页 |
| 4.2.2 MCL聚类表现 | 第36-38页 |
| 4.2.3 ECPF拓展表现 | 第38-39页 |
| 4.3 ECPF算法的执行效率 | 第39-40页 |
| 4.4 ECPF算法在不同阀值下的表现 | 第40页 |
| 4.5 ECPF生成的拓扑网络 | 第40-45页 |
| 4.5.1 拓扑网络结构 | 第41-42页 |
| 4.5.2 发现潜在关联蛋白质序列 | 第42-45页 |
| 4.6 本章小结 | 第45-46页 |
| 第5章 总结与展望 | 第46-48页 |
| 5.1 工作总结 | 第46页 |
| 5.2 工作展望 | 第46-48页 |
| 参考文献 | 第48-52页 |
| 作者简介 | 第52-53页 |
| 致谢 | 第53页 |
