| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 1 绪论 | 第8-12页 |
| 1.1 背景知识 | 第8-10页 |
| 1.1.1 蛋白质和肽 | 第8-9页 |
| 1.1.2 蛋白质磷酸化和磷酸化模式挖掘 | 第9-10页 |
| 1.2 相关技术 | 第10-12页 |
| 1.2.1 常用的显著性表达度量 | 第10页 |
| 1.2.2 Power和FDR | 第10页 |
| 1.2.3 频繁模式挖掘算法 | 第10-12页 |
| 2 相关工作 | 第12-17页 |
| 2.1 磷酸化模式挖掘的数据集构建方法 | 第12-13页 |
| 2.2 磷酸化模式挖掘相关工作 | 第13-15页 |
| 2.3 本文贡献 | 第15-17页 |
| 3 条件磷酸化模式挖掘(C-Motif) | 第17-31页 |
| 3.1 方法描述 | 第17-24页 |
| 3.1.1 基本术语 | 第17-19页 |
| 3.1.2 问题定义 | 第19-20页 |
| 3.1.3 有方法在新定义下的分类 | 第20-22页 |
| 3.1.4 C-Motif算法设计 | 第22-24页 |
| 3.2 实验结果 | 第24-27页 |
| 3.2.1 数据 | 第24-25页 |
| 3.2.2 C-Motif实验结果 | 第25-27页 |
| 3.3 仿真结果 | 第27-31页 |
| 3.3.1 数据 | 第27-28页 |
| 3.3.2 C-Motif仿真结果 | 第28-31页 |
| 4 基于置换检验的磷酸化模式挖掘 | 第31-51页 |
| 4.1 算法描述 | 第31-41页 |
| 4.1.1 相关基本术语 | 第31页 |
| 4.1.2 z-value | 第31-32页 |
| 4.1.3 FP-growth | 第32-33页 |
| 4.1.4 标准置换检验概述 | 第33页 |
| 4.1.5 标准置换(SP) | 第33-34页 |
| 4.1.6 自适应边缘效应置换(AMEP) | 第34-39页 |
| 4.1.7 改进的自适应边缘效应置换(MAMEP) | 第39-41页 |
| 4.2 实验结果 | 第41-45页 |
| 4.2.1 DSP和ISP的运行时间比较 | 第41-43页 |
| 4.2.2 磷酸化模式的报告数量 | 第43-45页 |
| 4.3 仿真结果 | 第45-51页 |
| 4.3.1 SP与AMEP的仿真比较 | 第45-48页 |
| 4.3.2 SP,AMEP,MAMEP与Motif-All的仿真结果 | 第48-51页 |
| 结论 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-56页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第56-57页 |
| 致谢 | 第57-58页 |