| 摘要 | 第9-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 第一章 前言 | 第16-34页 |
| 1.1 种群概念 | 第16页 |
| 1.2 种群变异 | 第16-17页 |
| 1.3 种群变异的分布格局 | 第17-27页 |
| 1.3.1 距离隔离 | 第18-20页 |
| 1.3.2 适应性隔离 | 第20-22页 |
| 1.3.3 适应性的检验方法 | 第22-25页 |
| 1.3.4 种群变异分布格局的形成机制 | 第25-27页 |
| 1.4 普通野生稻相关研究简述 | 第27-32页 |
| 1.4.1 普通野生稻的生物学特性 | 第27-28页 |
| 1.4.2 表型多态性 | 第28页 |
| 1.4.3 交配系统 | 第28页 |
| 1.4.4 遗传变异性与种群结构 | 第28-29页 |
| 1.4.5 普通野生稻种群分布格局以及研究进展 | 第29-32页 |
| 1.5 本研究的内容、目的与意义 | 第32-34页 |
| 第二章 全分布区普通野生稻表型变异的地理分布格局 | 第34-62页 |
| 2.1 引言 | 第34-35页 |
| 2.2 材料与方法 | 第35-38页 |
| 2.2.1 取样与同质园构建 | 第35-36页 |
| 2.2.2 气候数据 | 第36页 |
| 2.2.3 统计分析 | 第36-38页 |
| 2.3 结果 | 第38-53页 |
| 2.3.1 气候变量的影响 | 第38-40页 |
| 2.3.2 同质园间性状差异 | 第40-44页 |
| 2.3.3 相对适合度 | 第44-46页 |
| 2.3.4 表型性状与气候因子的关系 | 第46-50页 |
| 2.3.5 异速分配 | 第50-53页 |
| 2.4 讨论 | 第53-59页 |
| 2.4.1 普通野生稻的表型可塑性 | 第54-55页 |
| 2.4.2 相对适合度 | 第55-56页 |
| 2.4.3 表型性状的遗传分化 | 第56-58页 |
| 2.4.4 异速轨迹的变化 | 第58-59页 |
| 2.5 小结 | 第59-62页 |
| 第三章 全分布区普通野生稻遗传变异分布格局 | 第62-74页 |
| 3.1 引言 | 第62-63页 |
| 3.2 材料与方法 | 第63-64页 |
| 3.2.1 材料选取与DNA提取 | 第63页 |
| 3.2.2 PCR扩增与产物检测 | 第63页 |
| 3.2.3 统计分析 | 第63-64页 |
| 3.3 结果 | 第64-70页 |
| 3.3.1 遗传多样性与遗传结构 | 第64-68页 |
| 3.3.2 Qst-Fst检验与表型的适应性分化 | 第68-70页 |
| 3.4 讨论 | 第70-72页 |
| 3.4.1 普通野生稻种群的遗传结构与分化式样 | 第70-71页 |
| 3.4.2 适应性分化的主要性状 | 第71-72页 |
| 3.5 小结 | 第72-74页 |
| 第四章 北缘分布区种群遗传变异性 | 第74-100页 |
| 4.1 引言 | 第74-76页 |
| 4.2 材料与方法 | 第76-80页 |
| 4.2.1 种群调查与取样 | 第76页 |
| 4.2.2 样品处理与DNA提取 | 第76-77页 |
| 4.2.3 PCR扩增与电泳 | 第77-78页 |
| 4.2.4 数据分析 | 第78-80页 |
| 4.3 结果 | 第80-93页 |
| 4.3.1 遗传多样性 | 第80-82页 |
| 4.3.2 空间遗传结构 | 第82-87页 |
| 4.3.3 基因散布半径距离,邻域大小与Sp统计 | 第87页 |
| 4.3.4 有效种群大小 | 第87-91页 |
| 4.3.5 交配系统 | 第91页 |
| 4.3.6 遗传变异、异交率与环境因子的关系 | 第91-93页 |
| 4.4 讨论 | 第93-97页 |
| 4.4.1 精细遗传结构 | 第93-95页 |
| 4.4.2 有效种群大小 | 第95页 |
| 4.4.3 交配系统 | 第95-97页 |
| 4.4.4 种群遗传多样性与交配系统的适应性分化 | 第97页 |
| 4.5 小结 | 第97-100页 |
| 第五章 北缘分布区种群分化形成机制 | 第100-132页 |
| 5.1 前言 | 第100-101页 |
| 5.2 材料与方法 | 第101-110页 |
| 5.2.1 材料采集和DNA提取 | 第101-102页 |
| 5.2.2 同质园实验设计 | 第102页 |
| 5.2.3 引物筛选与PCR扩增 | 第102页 |
| 5.2.4 统计分析 | 第102-110页 |
| 5.3 结果 | 第110-127页 |
| 5.3.1 微卫星标记中性检验 | 第110页 |
| 5.3.2 遗传变异 | 第110页 |
| 5.3.3 瓶颈效应和有效种群大小 | 第110-115页 |
| 5.3.4 基因渐渗 | 第115页 |
| 5.3.5 种群间遗传分化 | 第115-118页 |
| 5.3.6 种群历史和遗传参数的ABC建模 | 第118页 |
| 5.3.7 历史和现代基因流 | 第118页 |
| 5.3.8 IBD和IBA | 第118-119页 |
| 5.3.9 种群间的表型性状分化 | 第119-127页 |
| 5.4 讨论 | 第127-131页 |
| 5.4.1 生境破碎化对遗传分化的影响 | 第127-128页 |
| 5.4.2 IBD对遗传分化的影响 | 第128-129页 |
| 5.4.3 IBA对种群遗传分化的影响 | 第129-130页 |
| 5.4.4 分子标记的中性检验在种群遗传学研究中的意义 | 第130-131页 |
| 5.5 小结 | 第131-132页 |
| 第六章 普通野生稻种群中Hd1与Hd3a基因变异性分布格局 | 第132-142页 |
| 6.1 引言 | 第132-133页 |
| 6.2 材料与方法 | 第133-135页 |
| 6.2.1 基因组DNA提取 | 第133-134页 |
| 6.2.2 引物设计与PCR扩增测序 | 第134页 |
| 6.2.3 数据分析 | 第134-135页 |
| 6.3 结果 | 第135-139页 |
| 6.4 讨论 | 第139-140页 |
| 6.4.1 光周期调控相关基因的多态性变化 | 第139页 |
| 6.4.2 普通野生稻光周期调控网络 | 第139-140页 |
| 6.5 小结 | 第140-142页 |
| 第七章 基因组水平上普通野生稻种群变异分布格局 | 第142-156页 |
| 7.1 引言 | 第142-144页 |
| 7.2 材料与方法 | 第144-147页 |
| 7.2.1 取样与DNA提取 | 第144-145页 |
| 7.2.2 SOLiD测序 | 第145页 |
| 7.2.3 数据组装 | 第145页 |
| 7.2.4 系统发生学分析 | 第145-146页 |
| 7.2.5 遗传结构 | 第146页 |
| 7.2.6 种群遗传参数 | 第146页 |
| 7.2.7 选择性SNP位点检测 | 第146页 |
| 7.2.8 候选SNP位点注释和功能基因挖掘 | 第146-147页 |
| 7.3 结果 | 第147-153页 |
| 7.3.1 测序与SNP鉴定 | 第147页 |
| 7.3.2 普通野生稻的遗传结构 | 第147-149页 |
| 7.3.3 中国普通野生稻种群南北分化的遗传机制 | 第149-153页 |
| 7.4 讨论 | 第153-155页 |
| 7.4.1 高通量测序在普通野生稻种群遗传学上的运用 | 第153-154页 |
| 7.4.2 普通野生稻基因组的异质性分化 | 第154-155页 |
| 7.5 小结 | 第155-156页 |
| 第八章 结论与展望 | 第156-158页 |
| 8.1 主要结论 | 第156页 |
| 8.2 研究展望 | 第156-158页 |
| 参考文献 | 第158-182页 |
| 附件 | 第182-206页 |
| 已发表论文 | 第206页 |
| 拟发表论文 | 第206-208页 |
| 致谢 | 第208-210页 |
