| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 引言 | 第10-18页 |
| §1.1 组蛋白的概述 | 第10-11页 |
| §1.1.1 组蛋白简介 | 第10页 |
| §1.1.2 组蛋白折叠构成核小体 | 第10-11页 |
| §1.2 组蛋白翻译后修饰 | 第11-16页 |
| §1.2.1 组蛋白乙酰化 | 第12-13页 |
| §1.2.2 组蛋白乙酰化和去乙酰化 | 第13-14页 |
| §1.2.3 AF9 YEATS特异性识别并结合H3K9ac | 第14-16页 |
| §1.2.4 Taf14特异性识别并结合乙酰化组蛋白 | 第16页 |
| §1.3 研究目的及内容 | 第16-18页 |
| 第二章 理论基础与研究方法 | 第18-28页 |
| §2.1 引言 | 第18页 |
| §2.2 分子动力学基本理论 | 第18-22页 |
| §2.3 常用分子力场简述 | 第22-24页 |
| §2.4 分子动力学模拟的初始条件 | 第24-25页 |
| §2.5 分子对接方法 | 第25-26页 |
| §2.6 结合自由能计算 | 第26-27页 |
| §2.6.1 MM-PB/GBSA方法基本原理 | 第26-27页 |
| §2.7 AMBER软件简介 | 第27-28页 |
| 第三章 AF9 YEATS识别乙酰化组蛋白H3K9ac机制的分子动力学模拟研究 | 第28-48页 |
| §3.1 引言 | 第28页 |
| §3.2 计算细节 | 第28-31页 |
| §3.2.1 初始结构及分子动力学模拟 | 第28-30页 |
| §3.2.2 结合自由能计算 | 第30-31页 |
| §3.3 结果与讨论 | 第31-47页 |
| §3.3.1 整体结构分析 | 第31-34页 |
| §3.3.2 YEATS AF9-H3K9ac复合物的结合自由能分析 | 第34-36页 |
| §3.3.3 残基分解能分析 | 第36-39页 |
| §3.3.4 相互作用分析 | 第39-43页 |
| §3.3.4.1 氢键相互作用分析 | 第39-41页 |
| §3.3.4.2 疏水相互作用分析 | 第41-43页 |
| §3.3.5 Taf14与乙酰化组蛋白H3K9ac之间的结合细节 | 第43-47页 |
| §3.4 本章小结 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-51页 |
| 个人简介及攻读学位期间发表论文 | 第51-52页 |
| 致谢 | 第52页 |
