| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 中文摘要 | 第12-14页 |
| ABBREVIATIONS AND ACRONYMS | 第14-15页 |
| 1 INTRODUCTION | 第15-27页 |
| 1.1 Origin of the research question | 第15页 |
| 1.2 Melanogenesis | 第15-17页 |
| 1.2.1 Definition of Melanogenesis | 第15-16页 |
| 1.2.2 Melanin synthesis | 第16-17页 |
| 1.3 Research progress on candidate genes associated with black and white plumage pigmentation in ducks | 第17-20页 |
| 1.4 MicroRNA | 第20-25页 |
| 1.4.1 The Discovery of miRNA Regulation | 第21页 |
| 1.4.2 MiRNA biogenesis | 第21-23页 |
| 1.4.3 MiRNA profiling | 第23页 |
| 1.4.4 MiRNA identified in ducks | 第23-24页 |
| 1.4.5 MicroRNA and pigmentation | 第24-25页 |
| 1.5 Development and application of high throughput sequencing technology | 第25-27页 |
| 1.5.1 Next Generation Sequencing and miRNA Study | 第25-26页 |
| 1.5.2 Analysis tools for NGS data | 第26页 |
| 1.5.3 miRNA Target Prediction | 第26-27页 |
| 1.6 Aim of thesis | 第27页 |
| 1.7 Significance of the research | 第27页 |
| 2 MATERIAL AND METHODS | 第27-42页 |
| 2.1 Materials | 第27-31页 |
| 2.1.1 Experimental animals | 第27-28页 |
| 2.1.2 Software and hardware | 第28-29页 |
| 2.1.3 Major reagents | 第29-31页 |
| 2.2 Methods | 第31-42页 |
| 2.2.1 Preparation of main reagents | 第31-32页 |
| 2.2.2 Sample collection,small library preparation | 第32-33页 |
| 2.2.3 Sequencing | 第33页 |
| 2.2.4 Data analysis | 第33-34页 |
| 2.2.4.1 Raw data processing and obtaining clean reads | 第33-34页 |
| 2.2.4.2 Identification of conserved and novel miRNAs | 第34页 |
| 2.2.4.3 Differential expression analysis | 第34页 |
| 2.2.5 Experimental validation of sequencing data by stem loop qPCR | 第34-36页 |
| 2.2.6 Tissue profiling of miR-204-5p | 第36页 |
| 2.2.7 MiRNA target predictions,pathway analysis and GO analysis | 第36-37页 |
| 2.2.8 Gene expression analysis and validation of miRNA and target gene interaction. | 第37-42页 |
| 2.2.8.1 qPCR | 第37页 |
| 2.2.8.2 Dual luciferase reporter assay | 第37-41页 |
| 2.2.8.3 Western blotting | 第41-42页 |
| 3 RESULTS | 第42-57页 |
| 3.1 Overview of sequencing results | 第42-43页 |
| 3.2 Identification of Conserved and Novel miRNAs | 第43-46页 |
| 3.3 The first nucleotide bias of miRNA in duck feather bulbs | 第46页 |
| 3.4 Identification of miRNAs Isoform | 第46-47页 |
| 3.5 Identification of differentially expressed miRNAs | 第47-48页 |
| 3.6 Experimental validation of sequenced data | 第48-49页 |
| 3.7 Tissue expression pattern of miR-204 | 第49-50页 |
| 3.8 MicroRNAs target predictions,KEGG pathway and GO analysis | 第50-53页 |
| 3.9 Expression analysis of miRNA target genes by qPCR | 第53页 |
| 3.10 Duck miR-27-3pand MITF gene interaction | 第53-57页 |
| 3.10.1 Dual luciferase reporter assay | 第53-56页 |
| 3.10.2 Western blotting | 第56-57页 |
| 4 DISCUSSION | 第57-60页 |
| 4.1 MiRNAs identified in black and white feather bulbs library of ducks | 第57-58页 |
| 4.2 Identification of differentially expressed miRNAs between the feather bulbs | 第58页 |
| 4.3 MiRNA target prediction | 第58-60页 |
| 5 SUMMARY | 第60-62页 |
| 5.1 The main findings of this study | 第60页 |
| 5.2 The innovative points of this research | 第60-61页 |
| 5.3 Limitations of the study | 第61页 |
| 5.4 Further research suggestions | 第61-62页 |
| CONCLUSION | 第62-63页 |
| REFERENCES | 第63-74页 |
| PUBLICATIONS | 第74-75页 |
| APPENDIX | 第75-79页 |
| ACKNOWLEDGEMENT | 第79-80页 |
