| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 绪论 | 第8-14页 |
| 1.1 DNA绑定残基的研究背景 | 第8-9页 |
| 1.2 DNA绑定残基的研究现状 | 第9-13页 |
| 1.2.1 DNA绑定残基预测方法的特征使用现状 | 第9-11页 |
| 1.2.2 DNA绑定残基的预测方法概况 | 第11-13页 |
| 1.3 本文的主要工作 | 第13-14页 |
| 第二章 数据集的构建 | 第14-23页 |
| 2.1 样本数据库 | 第14-16页 |
| 2.2 数据文件格式规范 | 第16-18页 |
| 2.3 样本数据库的去冗余 | 第18-19页 |
| 2.4 DNA绑定残基的界定标准 | 第19页 |
| 2.5 训练集的构建 | 第19-20页 |
| 2.6 测试集的构建 | 第20-21页 |
| 2.7 本章小结 | 第21-23页 |
| 第三章 DNA绑定残基的进化保守性分析 | 第23-33页 |
| 3.1 生物的进化与蛋白质序列的保守性 | 第23-24页 |
| 3.2 DNA绑定与非绑定残基的进化保守性 | 第24-26页 |
| 3.2.1 位置特异性得分矩阵 | 第24-25页 |
| 3.2.2 DNA绑定残基与非DNA绑定残基的进化保守性分析 | 第25-26页 |
| 3.3 DNA绑定与非绑定残基的相对进化保守性 | 第26-28页 |
| 3.3.1 相对位置特异性得分矩阵 | 第26-28页 |
| 3.3.2 DNA绑定残基的相对进化保守性分析 | 第28页 |
| 3.4 DNA绑定残基的协同进化保守性 | 第28-32页 |
| 3.4.1 协同进化保守性描述符 | 第28-30页 |
| 3.4.2 DNA绑定残基的协同进化保守性分析 | 第30-32页 |
| 3.5 本章小结 | 第32-33页 |
| 第四章 DNA绑定残基的预测算法设计 | 第33-39页 |
| 4.1 特征空间的创建 | 第33-34页 |
| 4.2 支持向量机 | 第34-36页 |
| 4.3 基于待测序列的动态建模算法 | 第36-38页 |
| 4.4 本章小结 | 第38-39页 |
| 第五章 DNA绑定残基的预测结果与讨论 | 第39-47页 |
| 5.1 评价指标 | 第39-40页 |
| 5.2 PDNA-62 测试集的测试结果及讨论 | 第40页 |
| 5.3 不同预设的序列相似性阈值下的动态模型效果对比 | 第40-42页 |
| 5.4 DNA_T测试集的测试结果及讨论 | 第42-43页 |
| 5.5 PDNA-41 测试集的测试结果及讨论 | 第43-44页 |
| 5.6 在线预测服务器 | 第44-46页 |
| 5.7 本章小结 | 第46-47页 |
| 第六章 总结与展望 | 第47-49页 |
| 参考文献 | 第49-54页 |
| 致谢 | 第54-55页 |
| 在学期间公开发表论文及著作情况 | 第55页 |